Mise en place d'une biobanque nationale de PD avec WGS et évaluation fonctionnelle de l'héritage polygénique par la technologie iPSC

Le projet est une étude observationnelle multicentrique. Les institutions concernées sont :

IRCCS Hospital San Raffaele, Milan Italie (coordinator Operating Unit (OU1)) IRCCS INM Neuromed, Pozzilli, (IS) Italy (Operating Unit (OU2)) IRCCS San Raffaele Roma, (Operating Unit (OU3)) disponibilité d'une large collection d'échantillons de MP (~800) MP de cas familiers et sporadiques, recrutés à l'IRCCS Neuromed, pour lesquels nous avons déjà collecté et stocké des informations cliniques, des données génétiques ainsi que de l'ADN, du sérum, du plasma et des cellules mononucléaires du sang périphérique ( PBMC) pour l'ensemble de la cohorte de l'étude.

Les activités de l'IRCCS INM Neuromed sont :

1. standardisation du reporting clinique, du prélèvement, du stockage et de l'identification des échantillons entre les centres ;
2. recrutement de 100 patients PD, 30 patients RBD et 100 sujets sains (épouses/époux des patients), à réaliser lors des visites ambulatoires programmées pour ces patients ;
3. séquençage du génome entier (WGS) et analyse bioinformatique (en collaboration avec OU1) d'une cohorte sélectionnée de patients parkinsoniens (200 échantillons), négatifs pour les mutations/variants dans les gènes candidats de la MP ;
4. Analyse WGS des patients prodromiques du trouble du comportement en sommeil paradoxal (RBD) comme modèle pour identifier un biomarqueur précoce de la MP ;
5. développement d'un protocole innovant pour le diagnostic précoce de la MP basé sur la co-hérédité de multiples variantes délétères rares dans les gènes de la MP ;
6. génération de lignées cellulaires pluripotentes induites (iPSC) en reprogrammant les PBMC de patients parkinsoniens et de donneurs sains familiers.

Après avoir signé le consentement éclairé, les patients seront évalués pour la progression de la maladie (Stadio di Hoehn et Yahr, MDS-UPDRS partie III, test MOCA, aucun symptôme moteur, thérapie et apparition de LID, maladie du comportement du sommeil). Chaque patient et témoin sera soumis à un prélèvement de sang périphérique pour l'isolement de l'ADN, du plasma, du sérum, des PBMC. Pour un sous-ensemble de patients, des cellules souches pluripotentes induites (iPSC) seront générées à partir de PBMC.

L'approche de séquençage du génome entier sera utilisée pour identifier de nouveaux variants associés.

Une analyse informatique approfondie sera prévue pour cartographier les SNP aux régions régulatrices contrôlant l'expression de gènes sélectionnés. Cet effort fournira les connaissances initiales pour rédiger l'association entre des SNP génomiques particuliers et leurs combinaisons avec la MP sporadique. Cet effort est essentiel pour faire progresser notre compréhension des racines génétiques de la MP et est conforme aux études internationales en cours analogues avec lesquelles nous chercherons à coordonner nos efforts. Le succès de cette recherche fournira les moyens de développer des tests génétiques prédictifs et de conseiller les patients atteints de MP et leurs familles.

Pour augmenter la puissance des données d'analyse seront analysées notamment les données WES d'une cohorte de 800 patients parkinsoniens et 300 sujets sains déjà disponibles à l'IRCCS INM Neuromed.