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IPSC 기술에 의한 다유전자 유전의 기능 평가 및 WGS로 국립 PD 바이오뱅크 구현

2023년 2월 13일 업데이트: Teresa Esposito, Neuromed IRCCS

전체 게놈 분석 및 iPSC 기술에 의한 다유전자 유전의 기능적 평가를 통해 유전성, 산발성 및 전구성 파킨슨병의 국립 바이오뱅크 구현

파킨슨병(PD)의 산발적 형태의 유전적 복잡성과 이질성은 직접적인 분자적 원인을 풀기 위해 만만치 않은 도전을 제기하고 있습니다. 이 연구를 발전시키기 위해 표준화되고 통합된 국가 자원을 생성하는 PD 생물학적 표본의 지역 생물 저장소를 조정할 계획입니다. 이 프레임워크에서 추가 산발적 PD 사례에서 더 많은 샘플을 수집하고 샘플링을 REM 수면 행동 질환이 있는 환자로 확장할 계획입니다. 우리는 약 200명의 환자를 포함하는 전체 게놈 시퀀싱의 대규모 캠페인을 계획하여 이러한 질병과 그럴듯하게 관련된 희귀 게놈 변이를 식별합니다. 또한 과학계에서 사용할 수 있도록 iPSC 라인의 생성 및 품질 관리를 표준화할 것입니다. 마지막으로, 우리는 iPSC 기술과 유전자 편집을 결합하여 선택된 산발적 PD 사례에서 이전에 확인된 다유전자 특성으로 함께 유전되는 코딩 영역에서 희귀 변이체의 상대적 영향을 기능적으로 평가할 것입니다.

연구 개요

상태

아직 모집하지 않음

상세 설명

이 프로젝트는 다중 중심 관찰 연구입니다. 관련된 기관은 다음과 같습니다.

IRCCS Hospital San Raffaele, Milan Italy (코디네이터 Operating Unit (OU1)) IRCCS INM Neuromed, Pozzilli, (IS) Italy (Operating Unit (OU2)) IRCCS San Raffaele Roma, (Operating Unit (OU3)) 이 프로젝트는 IRCCS Neuromed에 모집된 친숙하고 산발적인 사례의 PD 샘플(~800개)의 대량 수집 가용성 PD는 이미 임상 정보, 유전 데이터, DNA, 혈청, 혈장 및 말초 혈액 단핵 세포를 수집하고 저장했습니다. 전체 연구 코호트에 대한 PBMC).

IRCCS INM Neuromed의 활동은 다음과 같습니다.

  1. 센터 간 임상 보고, 샘플 수집, 보관 및 식별의 표준화;
  2. 100명의 PD 환자, 30명의 RBD 환자 및 100명의 건강한 피험자(환자의 아내/남편)를 모집하여 이들 환자를 위한 예정된 외래 방문 기간 동안 수행합니다.
  3. 전체 게놈 시퀀싱(WGS) 및 선택된 PD 환자 코호트 코호트(200개 샘플)의 생물정보학 분석(OU1과 협력), PD 후보 유전자의 돌연변이/변이에 대해 음성;
  4. PD에 대한 초기 바이오마커를 식별하기 위한 모델로서 REM 수면 행동 장애(RBD) 전구증상 환자의 WGS 분석;
  5. PD 유전자의 여러 희귀 유해 변이체의 공동 유전에 기초한 PD의 조기 진단을 위한 혁신적인 프로토콜 개발;
  6. PD 환자 및 친숙한 건강한 기증자로부터 PBMC를 재프로그래밍하여 유도 만능 세포주(iPSC) 생성.

사전 동의서에 서명한 후 환자는 질병 진행(Stadio di Hoehn 및 Yahr, MDS-UPDRS 파트 III, MOCA 테스트, 운동 증상 없음, 치료 및 LID 발생, 수면 행동 질환)에 대해 평가됩니다. 각 환자와 대조군은 DNA, 혈장, 혈청, PBMC를 분리하기 위해 말초 혈액 샘플링을 받게 됩니다. 환자의 하위 집합에 대해 유도 만능 줄기 세포(iPSC)는 PBMC에서 시작하여 생성됩니다.

전체 게놈 시퀀싱 접근 방식을 사용하여 새로운 연관 vatiants를 식별합니다.

SNP를 선택된 유전자의 발현을 제어하는 ​​조절 영역에 매핑하기 위해 광범위한 전산 분석이 계획될 것입니다. 이러한 노력은 특정 게놈 SNP와 산발적 PD와의 조합 사이의 연관성을 초안하기 위한 초기 지식을 제공할 것입니다. 이러한 노력은 PD의 유전적 뿌리에 대한 우리의 이해를 발전시키는 데 매우 중요하며, 조정을 모색할 유사한 진행 중인 국제 연구와 일치합니다. 이 연구의 성공은 예측 유전자 검사를 개발하고 파킨슨병 환자와 그 가족의 상담을 위한 수단을 제공할 것입니다.

전력 분석 데이터를 늘리기 위해 IRCCS INM Neuromed에서 이미 사용 가능한 800명의 PD 환자 코호트와 300명의 건강한 피험자의 WES 데이터를 포함하여 분석할 것입니다.

연구 유형

관찰

등록 (예상)

230

연락처 및 위치

이 섹션에서는 연구를 수행하는 사람들의 연락처 정보와 이 연구가 수행되는 장소에 대한 정보를 제공합니다.

연구 장소

참여기준

연구원은 적격성 기준이라는 특정 설명에 맞는 사람을 찾습니다. 이러한 기준의 몇 가지 예는 개인의 일반적인 건강 상태 또는 이전 치료입니다.

자격 기준

공부할 수 있는 나이

18년 이상 (성인, 고령자)

건강한 자원 봉사자를 받아들입니다

연구 대상 성별

모두

샘플링 방법

확률 샘플

연구 인구

이 연구에는 100명의 PD 환자, 30명의 RBD 및 100명의 연령/성별 대조군이 포함됩니다. 모든 파킨슨병 환자는 IRCCS Neuromed에서 진단을 받고 질병 진행에 대한 후속 조치(최소 3년 동안)를 받게 됩니다.

설명

포함 기준 PD 환자:

  • 4가지 기본 징후(떨림, 경직, 운동완서, 비대칭 발병) 중 적어도 2개가 존재하며 그 중 하나는 떨림 또는 운동완만이어야 합니다.
  • i) 초기 자세 불안정, 얼어붙는 현상, 인지 장애, 환각, 병적 불수의 운동, 수직 시선 마비와 같은 비정형 증상의 부재; ii) 2차 파킨슨증의 확인된 원인(국소 병변, 약물, 독성 물질);
  • L-도파 또는 도파민 작용제 사용에 대한 문서화된 반응(또는 L-도파 또는 도파민 작용제로 적절한 치료 시도의 부족).

포함 기준 RBD 환자:

• 가장 최근의 국제 수면 장애 분류 기준(ICSD-3)에 따라 선택될 특발성 RBD의 영향을 받는 피험자.

제외 기준:

  • 기존의 정신 질환;
  • 다발성 경화증, 근위축성 측삭 경화증, 알츠하이머병, 신경근 병리, 간질과 같은 신경퇴행성 신경 질환;
  • 치매진단;
  • 우울증;
  • 항불안제, 항우울제, 항정신병약, 최면제, 인지 자극제의 장기간 섭취

공부 계획

이 섹션에서는 연구 설계 방법과 연구가 측정하는 내용을 포함하여 연구 계획에 대한 세부 정보를 제공합니다.

연구는 어떻게 설계됩니까?

디자인 세부사항

연구는 무엇을 측정합니까?

주요 결과 측정

결과 측정
측정값 설명
기간
PD 및 RBD 환자의 운동 및 비운동 증상은 MDS-UPDRS로 평가됩니다.
기간: 2 년
MDS-UPDRS는 네 부분, 즉 I: 일상 생활의 비운동 경험; II: 일상 생활의 운동 경험; III: 운동 검사; IV: 모터 합병증. 환자/간병인이 20개의 질문을 작성합니다.
2 년
PD 및 RBD 환자의 수면 장애 임상 평가
기간: 2 년
수면 장애의 존재는 MUPS(Munich Parasomnia Screening)에 의해 평가됩니다.
2 년
Polysomnography에 의한 PD 및 RBD 환자의 수면 장애 임상 평가
기간: 2 년
수면 미세구조는 NREM 수면 불안정성의 마커인 교대 순환 패턴(CAP) 분석을 통해 평가됩니다.
2 년
MoCA 시험 점수에 의한 PD 및 RBD 환자의 인지 장애 임상 평가
기간: 2 년
몬트리올 인지 평가(MoCA)는 의료 서비스 제공자가 기억 상실 또는 기타 인지 저하 증상이 있는 사람을 평가하기 위해 사용하는 테스트입니다. MoCA에는 30개의 질문이 포함되어 있으며 다양한 유형의 인지 또는 사고 능력을 확인합니다. 여기에는 오리엔테이션, 단기 기억/지연 회상, 실행 기능/시공간 능력, 시계 그리기 테스트가 포함됩니다.
2 년
PD 환자에서 레보도파 유발 운동이상증(LID)의 임상 평가
기간: 2 년
LID 발생은 레보도파 용량 및 치료 시간과 관련이 있습니다.
2 년
PD의 표현형 발현과의 연관성
기간: 2 년
하나 이상의 변이의 존재는 진행 및 예후에 대한 변이 부담 효과를 평가하기 위해 PD의 표현형 징후(운동, 비운동 및 인지 징후뿐만 아니라 발병 연령, LID 및 신경영상 변화)와의 연관성에 대해 테스트될 것입니다. 질병의
2 년
PD 및 RBD 환자의 운동 증상은 Hoehn 및 Yahr(HY) 점수로 평가됩니다.
기간: 2 년
Hoehn 및 Yahr 척도는 파킨슨병의 증상이 어떻게 진행되는지와 장애 수준을 측정하는 데 사용됩니다. 여기에는 1~5단계가 포함됩니다. 2기 = 균형 장애가 없는 양측성 질환; 3기 = 경증 내지 중등도 양측 질환; 약간의 자세 불안정; 물리적으로 독립적입니다. 4단계 = 심각한 장애; 여전히 도움 없이 걷거나 서 있을 수 있습니다. 5단계 = 도움을 받지 않는 한 휠체어에 묶여있거나 누워만 있습니다.
2 년
변종/돌연변이 식별
기간: 2 년
다수의 희귀(Minor allele 빈도, MAF<0.01) PD 유전자의 해로운(미스센스, 넌센스, 프레임시프트 및 스플라이싱) 변이는 PD 환자 및 관련 없는 건강한 대상에서 계산됩니다. 케이스-컨트롤 연관 연구는 PD 위험을 평가할 것이다
2 년

공동 작업자 및 조사자

여기에서 이 연구와 관련된 사람과 조직을 찾을 수 있습니다.

스폰서

연구 기록 날짜

이 날짜는 ClinicalTrials.gov에 대한 연구 기록 및 요약 결과 제출의 진행 상황을 추적합니다. 연구 기록 및 보고된 결과는 공개 웹사이트에 게시되기 전에 특정 품질 관리 기준을 충족하는지 확인하기 위해 국립 의학 도서관(NLM)에서 검토합니다.

연구 주요 날짜

연구 시작 (예상)

2023년 6월 1일

기본 완료 (예상)

2025년 5월 1일

연구 완료 (예상)

2025년 5월 1일

연구 등록 날짜

최초 제출

2023년 1월 30일

QC 기준을 충족하는 최초 제출

2023년 2월 8일

처음 게시됨 (실제)

2023년 2월 10일

연구 기록 업데이트

마지막 업데이트 게시됨 (실제)

2023년 2월 15일

QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출

2023년 2월 13일

마지막으로 확인됨

2023년 2월 1일

추가 정보

이 연구와 관련된 용어

개별 참가자 데이터(IPD) 계획

개별 참가자 데이터(IPD)를 공유할 계획입니까?

미정

IPD 계획 설명

유전자 데이터

약물 및 장치 정보, 연구 문서

미국 FDA 규제 의약품 연구

아니

미국 FDA 규제 기기 제품 연구

아니

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전체 게놈 시퀀싱에 대한 임상 시험

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