Implementando um Biobanco Nacional de DP com WGS e Avaliação Funcional de Herança Poligênica por Tecnologia iPSC

O projeto é um estudo observacional multicêntrico. As instituições envolvidas são:

IRCCS Hospital San Raffaele, Milão Itália (coordenador da Unidade Operacional (OU1)) IRCCS INM Neuromed, Pozzilli, (IS) Itália (Unidade Operacional (OU2)) IRCCS San Raffaele Roma, (Unidade Operacional (OU3)) O projeto aproveita as disponibilidade de uma grande coleção de amostras de DP (~800) DP de casos familiares e esporádicos, recrutados no IRCCS Neuromed, para os quais já coletamos e armazenamos informações clínicas, dados genéticos, bem como DNA, soro, plasma e células mononucleares do sangue periférico ( PBMCs) para toda a coorte do estudo.

As atividades do IRCCS INM Neuromed são:

1. padronização do laudo clínico, coleta, armazenamento e identificação das amostras entre os centros;
2. recrutamento de 100 pacientes com DP, 30 pacientes com RBD e 100 indivíduos saudáveis ​​(esposas/maridos dos pacientes), a serem realizados durante as consultas ambulatoriais agendadas para esses pacientes;
3. sequenciamento completo do genoma (WGS) e análise bioinformática (em colaboração com OU1) de uma coorte selecionada de pacientes com DP (200 amostras), negativa para mutações/variantes em genes candidatos à DP;
4. Análise WGS de pacientes prodrômicos com distúrbio comportamental do sono REM (RBD) como um modelo para identificar biomarcador precoce para DP;
5. desenvolvimento de um protocolo inovador para o diagnóstico precoce da DP baseado na co-herança de múltiplas variantes deletérias raras nos genes da DP;
6. geração de linhas celulares pluripotentes induzidas (iPSC) por meio da reprogramação de PBMCs de pacientes com DP e doadores familiares saudáveis.

Após a assinatura do consentimento informado, os pacientes serão avaliados quanto à progressão da doença (Stadio di Hoehn and Yahr, MDS-UPDRS parte III, teste MOCA, sem sintomas motores, terapia e ocorrência de LID, doença comportamental do sono). Cada paciente e controle serão submetidos a coleta de sangue periférico para isolamento de DNA, plasma, soro, PBMC. Para um subconjunto de pacientes, células-tronco pluripotentes induzidas (iPSC) serão geradas a partir de PBMC.

A abordagem de sequenciamento do genoma inteiro será usada para identificar novas variantes associadas.

Extensas análises computacionais serão planejadas para mapear os SNPs para regiões regulatórias que controlam a expressão de genes selecionados. Esse esforço fornecerá o conhecimento inicial para elaborar a associação entre SNPs genômicos específicos e suas combinações com DP esporádica. Este esforço é fundamental para avançar nossa compreensão das raízes genéticas da DP e está de acordo com estudos internacionais análogos em andamento com os quais buscaremos coordenação. O sucesso desta pesquisa fornecerá os meios para o desenvolvimento de testes genéticos preditivos e aconselhamento de pacientes com DP e suas famílias.

Para aumentar o poder de análise, os dados serão analisados, incluindo dados WES de uma coorte de 800 pacientes com DP e 300 indivíduos saudáveis ​​já disponíveis no IRCCS INM Neuromed.