Analýza molekulárních biomarkerů u nádorů periokulárních adnex

Účelem tohoto výzkumu je prospektivně a retrospektivně shromáždit sebeceózní karcinomy z Fondazione Policlinico Gemelli, vyšetřit je imunopatologicky a morfologicky a stanovit korelaci mezi těmito charakteristikami a molekulárně genetickými faktory. Provedení tohoto výzkumu přispěje k objasnění a rozvoji multidisciplinární terapeuticko-diagnostické cesty. Studie bude využívat chirurgické vzorky, bez ohledu na stádium onemocnění, které byly fixovány ve formalínu a zalité v parafínu. Tyto vzorky byly dříve odebrány pro klinickou praxi na oční onkologii Fondazione Policlinico A. Gemelli IRCCS Informovaný souhlas pacientů ohledně použití těchto vzorků pro výzkumné účely byl získán předem. Každý vzorek bude podroben komplexnímu mikroskopickému vyšetření a následně přesnou subklasifikací v souladu s klasifikací WHO a imunofenotypovou charakterizací. Bude sestaven vyčerpávající soubor konvenčně standardizovaných histopatologických prognostických atributů pro mazové karcinomy. Poté jsou vzorky tkáně odeslány na jednu a/nebo více IHC. Nádorové tkáně budou podrobeny automatizované digitální kvantifikaci ve spojení s multiparametrickým hodnocením buněčné linie. Integrace IHC s digitální automatizací analýzy. Exome sekvenování bude provedeno na DNA extrahované z parafínových řezů za účelem detekce variant, které jsou specifické pro nádory.

Pro každý nádor bude jako zdroj DNA použito tři až devět řezů (tloušťka 10 mikrometrů). Po identifikaci a oddělení nádorové tkáně od normální tkáně patologem budou tyto dvě DNA sekvenovány nezávisle. Bude provedeno srovnání mezi variantami odvozenými z nádorové a normální tkáně s kontrastními výsledky. Očekávané výsledky zahrnují 1) somatické nebo nádorově specifické varianty, které se ve zdravé tkáni nevyskytují, a 2) varianty, které jsou ztraceny během evoluce nádoru v důsledku segmentální chromozomální delece nebo jiných mechanismů, které indukují ztrátu heterozygotnosti. Během prospektivní fáze projektu budou zachovány nově vzniklé nádory. Kromě toho tento zdroj usnadní analýzu methylomu, která je navíc k analýze exomu.