Analyse av molekylære biomarkører i periokulære adneksale svulster

Formålet med denne forskningen er å prospektivt og retrospektivt samle talgkarsinomer fra Fondazione Policlinico Gemelli, undersøke dem immunopatologisk og morfologisk, og etablere en korrelasjon mellom disse egenskapene og molekylærgenetiske faktorer. Gjennomføring av denne forskningen vil bidra til å belyse og fremme en tverrfaglig terapeutisk-diagnostisk vei. Studien vil benytte kirurgiske prøver, uavhengig av sykdomsstadiet, som er formalinfiksert og parafininnstøpt. Disse prøvene ble tidligere samlet inn for klinisk praksis ved Ocular Oncology of Fondazione Policlinico A. Gemelli IRCCS. Det informerte samtykke fra pasientene angående bruk av disse prøvene til forskningsformål ble innhentet på forhånd. Hver prøve vil bli gjenstand for en omfattende mikroskopisk undersøkelse, etterfulgt ved presis underklassifisering i henhold til WHO-klassifiseringen og immunfenotypisk karakterisering. En uttømmende samling av konvensjonelt standardiserte histopatologiske prognostiske attributter for talgkarsinomer vil bli satt sammen. Etter dette sendes vevsprøver for enkelt og/eller flere IHC. Tumorvev vil bli utsatt for automatisert digital kvantifisering i forbindelse med multiparametrisk cellelinjeevaluering. Integrering av IHC med digital automatisering av analyse. Exome-sekvensering vil bli utført på DNA ekstrahert fra parafininnstøpte seksjoner for å oppdage varianter som er spesifikke for svulster.

For hver svulst vil tre til ni seksjoner (10 mikrometer i tykkelse) bli brukt som DNA-kilde. Etter identifisering og separasjon av tumorvev fra normalt vev av patologen, vil de to DNA-ene bli sekvensert uavhengig. Det vil bli gjort en sammenligning mellom varianter avledet fra tumor og normalt vev, med kontrasterende resultater. Forventede utfall inkluderer 1) somatiske eller tumorspesifikke varianter, som ikke eksisterer i sunt vev, og 2) varianter som går tapt under utviklingen av svulsten som et resultat av segmentell kromosomal delesjon eller andre mekanismer som induserer tap av heterozygositet. I løpet av prosjektets prospektive fase vil nyutviklede svulster bli bevart. Videre vil denne ressursen legge til rette for metylomanalyse, som kommer i tillegg til eksomanalyse.