Role multiplexní PCR v CAP

Pneumonie zůstává celosvětovým zdravotním problémem s vysokou mírou nemocnosti a úmrtnosti. Identifikace mikrobiálních patogenů, které způsobují pneumonii, je důležitou oblastí pro optimální klinickou léčbu pacientů s pneumonií a je velkou výzvou pro konvenční mikrobiologické metody. Vývoj a implementace molekulárně diagnostických testů pro pneumonii představuje v posledních letech velký pokrok v mikrobiologické diagnostice respiračních patogenů. Cílený výběr antibiotik a účinnější deeskalace a lepší péče o pacienty s pneumonií.

PCR je jednoduchý, ale elegantní enzymatický test, který umožňuje amplifikaci specifického fragmentu DNA z komplexní zásoby DNA. Pro PCR jsou zapotřebí pouze stopová množství DNA k vytvoření dostatečného množství kopií, které lze analyzovat běžnými laboratorními metodami. Z tohoto důvodu je PCR citlivý test.

Každý PCR test vyžaduje přítomnost templátové DNA, primerů, nukleotidů a DNA polymerázy. DNA polymeráza je klíčovým enzymem, který spojuje jednotlivé nukleotidy dohromady za vzniku produktu PCR. Nukleotidy zahrnují čtyři báze - adenin, thymin, cytosin a guanin (A, T, C, G) - které se nacházejí v DNA. Ty fungují jako stavební bloky, které používá DNA polymeráza k vytvoření výsledného produktu PCR. Primery v reakci specifikují přesný produkt DNA, který má být amplifikován. Primery jsou krátké fragmenty DNA s definovanou sekvencí komplementární k cílové DNA, která má být detekována a amplifikována. Ty slouží jako extenzní bod pro DNA polymerázu, na které může stavět. PCR má mnoho výhod. Za prvé, je to jednoduchá technika na pochopení a použití, která přináší výsledky rychle. Je to vysoce citlivá technika s potenciálem produkovat miliony až miliardy kopií konkrétního produktu pro sekvenování, klonování a analýzu. Přestože je PCR cenná technika, má svá omezení. Protože PCR je vysoce citlivá technika, jakákoli forma kontaminace vzorku i stopovým množstvím DNA může vést k zavádějícím výsledkům. Navíc, aby bylo možné navrhnout primery pro PCR, jsou zapotřebí některá předchozí sekvenční data. Proto lze PCR použít pouze k identifikaci přítomnosti nebo nepřítomnosti známého patogenu nebo genu