Rollen til multipleks PCR i CAP

Lungebetennelse er fortsatt et verdensomspennende helseproblem med høy sykelighet og dødelighet. Identifisering av mikrobielle patogener som forårsaker lungebetennelse er et viktig område for optimal klinisk behandling av lungebetennelsespasienter og er en stor utfordring for konvensjonelle mikrobiologiske metoder. Utviklingen og implementeringen av molekylærdiagnostiske tester for lungebetennelse har vært et stort fremskritt i den mikrobiologiske diagnostiseringen av respiratoriske patogener de siste årene. Målrettet antibiotikaseleksjon og mer effektiv deeskalering og forbedret forvaltning for lungebetennelsespasienter.

PCR er en enkel, men elegant, enzymatisk analyse, som muliggjør amplifisering av et spesifikt DNA-fragment fra en kompleks samling av DNA. Bare spormengder av DNA er nødvendig for at PCR skal generere nok kopier til å bli analysert ved bruk av konvensjonelle laboratoriemetoder. Av denne grunn er PCR en sensitiv analyse.

Hver PCR-analyse krever tilstedeværelse av mal-DNA, primere, nukleotider og DNA-polymerase. DNA-polymerasen er nøkkelenzymet som kobler individuelle nukleotider sammen for å danne PCR-produktet. Nukleotidene inkluderer de fire basene - adenin, tymin, cytosin og guanin (A, T, C, G) - som finnes i DNA. Disse fungerer som byggesteinene som brukes av DNA-polymerasen for å lage det resulterende PCR-produktet. Primerne i reaksjonen spesifiserer det eksakte DNA-produktet som skal amplifiseres. Primerne er korte DNA-fragmenter med en definert sekvens komplementær til mål-DNAet som skal påvises og amplifiseres. Disse fungerer som et forlengelsespunkt for DNA-polymerasen å bygge videre på. Det er flere fordeler med PCR. For det første er det en enkel teknikk å forstå og bruke, og den gir resultater raskt. Det er en svært sensitiv teknikk med potensial til å produsere millioner til milliarder av kopier av et spesifikt produkt for sekvensering, kloning og analyse. Selv om PCR er en verdifull teknikk, har den begrensninger. Fordi PCR er en svært sensitiv teknikk, kan enhver form for kontaminering av prøven med selv spor av DNA gi misvisende resultater. I tillegg, for å designe primere for PCR, er det nødvendig med noen tidligere sekvensdata. Derfor kan PCR bare brukes til å identifisere tilstedeværelse eller fravær av et kjent patogen eller gen