Rolle af multiplex PCR i CAP

Lungebetændelse er fortsat et verdensomspændende sundhedsproblem med høj sygelighed og dødelighed. Identifikation af mikrobielle patogener, der forårsager lungebetændelse, er et vigtigt område for optimal klinisk håndtering af lungebetændelsespatienter og er en stor udfordring for konventionelle mikrobiologiske metoder. Udviklingen og implementeringen af ​​molekylære diagnostiske tests for lungebetændelse har været et stort fremskridt i den mikrobiologiske diagnosticering af respiratoriske patogener i de senere år. Målrettet antibiotikaudvælgelse og mere effektiv deeskalering og forbedret forvaltning af lungebetændelsespatienter.

PCR er et simpelt, men elegant, enzymatisk assay, som muliggør amplifikation af et specifikt DNA-fragment fra en kompleks DNA-pool. Kun spormængder af DNA er nødvendige for at PCR kan generere nok kopier til at blive analyseret ved hjælp af konventionelle laboratoriemetoder. Af denne grund er PCR et følsomt assay.

Hvert PCR-assay kræver tilstedeværelsen af ​​template-DNA, primere, nukleotider og DNA-polymerase. DNA-polymerasen er nøgleenzymet, der forbinder individuelle nukleotider sammen for at danne PCR-produktet. Nukleotiderne omfatter de fire baser - adenin, thymin, cytosin og guanin (A, T, C, G) - som findes i DNA. Disse fungerer som byggestenene, der bruges af DNA-polymerasen til at skabe det resulterende PCR-produkt. Primerne i reaktionen specificerer det nøjagtige DNA-produkt, der skal amplificeres. Primerne er korte DNA-fragmenter med en defineret sekvens komplementær til mål-DNA'et, der skal påvises og amplificeres. Disse tjener som et forlængelsespunkt for DNA-polymerasen at bygge videre på. Der er flere fordele ved PCR. For det første er det en simpel teknik at forstå og bruge, og den giver resultater hurtigt. Det er en meget følsom teknik med potentiale til at producere millioner til milliarder af kopier af et specifikt produkt til sekventering, kloning og analyse. Selvom PCR er en værdifuld teknik, har den begrænsninger. Fordi PCR er en meget følsom teknik, kan enhver form for kontaminering af prøven med selv spormængder af DNA give vildledende resultater. Derudover er nogle forudgående sekvensdata nødvendige for at designe primere til PCR. Derfor kan PCR kun bruges til at identificere tilstedeværelsen eller fraværet af et kendt patogen eller gen