Rol van multiplex-PCR bij CAP

Longontsteking blijft een wereldwijd gezondheidsprobleem met een hoge morbiditeit en mortaliteit. Identificatie van microbiële pathogenen die pneumonie veroorzaken is een belangrijk gebied voor een optimale klinische behandeling van pneumoniepatiënten en vormt een grote uitdaging voor conventionele microbiologische methoden. De ontwikkeling en implementatie van moleculaire diagnostische tests voor pneumonie is de afgelopen jaren een belangrijke vooruitgang geweest in de microbiologische diagnose van ademhalingspathogenen. Gerichte selectie van antibiotica en effectievere de-escalatie en verbeterd beheer voor longontstekingpatiënten.

PCR is een eenvoudige maar elegante enzymatische test die de amplificatie van een specifiek DNA-fragment uit een complexe verzameling DNA mogelijk maakt. Er zijn slechts sporen van DNA nodig om met PCR voldoende kopieën te genereren die met conventionele laboratoriummethoden kunnen worden geanalyseerd. Om deze reden is PCR een gevoelige test.

Elke PCR-test vereist de aanwezigheid van matrijs-DNA, primers, nucleotiden en DNA-polymerase. Het DNA-polymerase is het sleutelenzym dat individuele nucleotiden met elkaar verbindt om het PCR-product te vormen. De nucleotiden omvatten de vier basen - adenine, thymine, cytosine en guanine (A, T, C, G) - die in DNA worden aangetroffen. Deze fungeren als de bouwstenen die door het DNA-polymerase worden gebruikt om het resulterende PCR-product te creëren. De primers in de reactie specificeren het exacte DNA-product dat moet worden geamplificeerd. De primers zijn korte DNA-fragmenten met een gedefinieerde sequentie die complementair is aan het doel-DNA dat moet worden gedetecteerd en geamplificeerd. Deze dienen als uitbreidingspunt waarop het DNA-polymerase kan voortbouwen. PCR heeft meerdere voordelen. Ten eerste is het een eenvoudige techniek om te begrijpen en te gebruiken, en deze levert snel resultaten op. Het is een zeer gevoelige techniek met het potentieel om miljoenen tot miljarden kopieën van een specifiek product te produceren voor sequencing, klonen en analyse. Hoewel PCR een waardevolle techniek is, kent deze wel beperkingen. Omdat PCR een zeer gevoelige techniek is, kan elke vorm van besmetting van het monster met zelfs maar sporen van DNA misleidende resultaten opleveren. Om primers voor PCR te ontwerpen, zijn bovendien enkele eerdere sequentiegegevens nodig. Daarom kan PCR alleen worden gebruikt om de aanwezigheid of afwezigheid van een bekend pathogeen of gen te identificeren