Multiplex PCR:n rooli CAP:ssä

Keuhkokuume on edelleen maailmanlaajuinen terveysongelma, jolla on korkea sairastuvuus ja kuolleisuus. Keuhkokuumetta aiheuttavien mikrobipatogeenien tunnistaminen on tärkeä osa keuhkokuumepotilaiden optimaalista kliinistä hoitoa ja suuri haaste tavanomaisille mikrobiologisille menetelmille. Keuhkokuumeen molekyylidiagnostisten testien kehittäminen ja käyttöönotto on viime vuosina ollut merkittävä edistysaskel hengityselinten patogeenien mikrobiologisessa diagnosoinnissa. Kohdennettu antibioottien valinta ja tehokkaampi eskaloinnin eskalointi ja parempi hoito keuhkokuumepotilaille.

PCR on yksinkertainen, mutta tyylikäs, entsymaattinen määritys, joka mahdollistaa spesifisen DNA-fragmentin monistamisen monimutkaisesta DNA-poolista. Vain pieniä määriä DNA:ta tarvitaan PCR:ään, jotta saadaan tarpeeksi kopioita analysoitavaksi tavanomaisilla laboratoriomenetelmillä. Tästä syystä PCR on herkkä määritys.

Jokainen PCR-määritys edellyttää templaatti-DNA:n, alukkeiden, nukleotidien ja DNA-polymeraasin läsnäoloa. DNA-polymeraasi on avainentsyymi, joka yhdistää yksittäiset nukleotidit yhteen PCR-tuotteen muodostamiseksi. Nukleotidit sisältävät neljä emästä - adeniini, tymiini, sytosiini ja guaniini (A, T, C, G), joita löytyy DNA:sta. Nämä toimivat rakennuspalikoina, joita DNA-polymeraasi käyttää tuloksena olevan PCR-tuotteen luomiseen. Reaktion alukkeet määrittävät tarkan monistettavan DNA-tuotteen. Alukkeet ovat lyhyitä DNA-fragmentteja, joilla on määritelty sekvenssi, joka on komplementaarinen havaittavalle ja monistettavalle kohde-DNA:lle. Nämä toimivat jatkopisteenä DNA-polymeraasin rakentamiselle. PCR:llä on useita etuja. Ensinnäkin se on yksinkertainen tekniikka ymmärtää ja käyttää, ja se tuottaa tuloksia nopeasti. Se on erittäin herkkä tekniikka, jolla on mahdollisuus tuottaa miljoonia tai miljardeja kopioita tietystä tuotteesta sekvensointia, kloonausta ja analysointia varten. Vaikka PCR on arvokas tekniikka, sillä on rajoituksia. Koska PCR on erittäin herkkä tekniikka, kaikenlainen näytteen kontaminaatio jopa pienillä DNA-määrillä voi tuottaa harhaanjohtavia tuloksia. Lisäksi alukkeiden suunnittelemiseksi PCR:ää varten tarvitaan joitain aikaisempia sekvenssitietoja. Siksi PCR:ää voidaan käyttää vain tunnistamaan tunnetun patogeenin tai geenin läsnäolo tai puuttuminen