Zánět a pooperační fibrilace síní v kardiochirurgii

Pooperační fibrilace síní (POAF) po kardiochirurgické operaci Pooperační fibrilace síní je častou komplikací po kardiochirurgickém výkonu, která se vyznačuje nepravidelnou a často rychlou srdeční frekvencí. Je spojena se zvýšenou nemocností, prodlouženými pobyty v nemocnici a vyššími náklady na zdravotní péči. Patofyziologie POAF je komplexní a multifaktoriální, zahrnuje strukturální a elektrickou remodelaci síní, zánět a autonomní dysregulaci.

Zánět a zánět epikardiálního tuku hraje významnou roli ve vývoji POAF. Chirurgické trauma a kardiopulmonální bypass spouští systémovou zánětlivou reakci, uvolňují cytokiny a další zánětlivé mediátory. Epikardiální tuk, zásobárna viscerálního tuku kolem srdce, je aktivní endokrinní orgán vylučující prozánětlivé cytokiny a adipokiny. Zvýšená tloušťka epikardiálního tuku je spojena s vyšší úrovní zánětu a je zapojena do patogeneze fibrilace síní.

Izolace a sekvenování RNA Sekvenování RNA (RNA-seq) lze použít ke zkoumání genové exprese v epikardiálním tuku několika účinnými způsoby. RNA-seq dokáže profilovat genovou expresi k identifikaci aktivních genů v epikardiálním tuku a jejich expresních úrovní, čímž odhalí klíčové geny zapojené do zánětu a metabolismu. Porovnáním genové exprese mezi skupinami, jako jsou pacienti s POAF a bez něj, může RNA-seq identifikovat odlišně exprimované geny spojené s fibrilací síní.

Analýzy RNA-seq Soubory s údaji o sekvenování RNA byly porovnány s referenčním genomem hg38 pomocí zarovnávače sestřihnutých transkriptů podle referenčního (STAR) a byly kvantifikovány počty přečtených v genech. Výsledná datová matice s nenormalizovanými počty byla načtena do RStudio spolu s informacemi o metadatech pacienta (např. věk, pohlaví, BMI, kouření). Analýzy diferenciální exprese byly provedeny s DESeq2 s použitím úpravy pro různé proměnné, včetně typu tkáně, věku pacientů, pohlaví a BMI.

Hypotéza Předpokládáme, že POAF může být kromě zánětu způsobeného chirurgickým traumatem ovlivněna již existujícím zánětem v epikardiálním tuku.

Objektivní:

Porovnat expresi zánětlivých genů v epikardiálním tuku mezi pacienty, u kterých se vyvinul POAF, a těmi, u kterých po elektivním srdečním výkonu nedochází.

Studovat design:

Prospektivní kohortová studie zahrnující pacienty podstupující první elektivní srdeční operaci.

Účastníci:

Kritéria zařazení: Pacienti podstupující první elektivní kardiochirurgický výkon. Kritéria vyloučení: Pacienti s předchozími srdečními operacemi nebo urgentními operacemi.

Skupiny:

Skupina POAF: Pacienti, u kterých se rozvine POAF. Skupina bez POAF: Pacienti, u kterých se nevyvine POAF.

Kolekce vzorků:

Vzorky epikardiálního tuku budou odebírány během operace.

Izolace a sekvenování RNA:

Homogenizujte tukovou tkáň v TRIzolu pomocí keramických kuliček (Fastprep 24, MPBio). Purifikujte RNA pomocí EconoSpin kolon (Epoch). Připravte knihovny RNA pomocí sady NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit for Illumina. Proveďte párové sekvenování na platformě NovaSeq 6000 (Illumina).

Analýza dat:

Srovnejte data RNA-seq s genomem hg38 pomocí STAR aligneru. Kvantifikujte počty genů a proveďte diferenciální expresní analýzu pomocí DESeq2. Upravte podle proměnných, jako je typ tkáně, věk, pohlaví a BMI.

Měření výsledku:

Porovnejte profily exprese zánětlivých genů mezi skupinami POAF a non-POAF v době operace.