Løsning af udfordrende diagnoser gennem ultralang læsesekvensering (SCHeDULeRS)
Studieoversigt
Status
Status
Betingelser
Betingelser
Intervention / Behandling
Intervention / Behandling
Detaljeret beskrivelse
Den diagnostiske ydeevne af LRS, ved at anvende Oxford Nanopore Technology (ONT), vil blive evalueret gennem en real-time målrettet tilgang og generering af ultralange læsninger, til identifikation af patogenetiske varianter i genetiske lidelser med en aktuelt udfordrende diagnose pga. tilstedeværelse af pseudogener (1) og til den præcise kortlægning af SV-brudpunkter identificeret af aCGH til definition af deres kliniske betydning (2).
- Patienter med en etableret molekylær diagnose vil blive indsamlet for hver af følgende lidelser: 10 med autosomal dominant polycystisk nyresygdom (ADPKD) og 10 med CYP21-mangel. Cases med tvetydige resultater for at teste mulige ONT-forbedringer i form af tid til resultater og præcis molekylær karakterisering vil blive inkluderet. Hele rækken af mutationer, der påvirker hvert forårsagende gen (henholdsvis PKD1 og CYP21A2), som globalt dækker alle de mulige typer af ændringer (missense, nonsens, indels, exoniske og gendeletioner) vil blive inkluderet.
- Indsamling af andre 10 patienter med kopinummervarianter (CNV'er) med aCGH-definerede brudpunkter kortlægning tæt på sygdomsgener, der muligvis er ansvarlige for det observerede kliniske billede.
Hovedformålet med dette forslag er at evaluere ONT-effektiviteten til at løse diagnostiske udfordringer i den kliniske genomik-rutine, i situationer, hvor en præcis molekylær diagnose ofte er umulig eller vanskelig og ekstremt tidskrævende med nuværende genetiske tests. Sanger-sekventering, NGS-paneler og MLPA bruges rutinemæssigt til at identificere patogene varianter og CNV'er, der er ansvarlige for mange monogene lidelser og til analyse gennem aCGH-patienter med isoleret eller syndromisk intellektuelt handicap uden en specifik klinisk mistænkt. Disse analyser er lange, teknisk besværlige og ofte ikke individuelt afgørende, fordi tekniske begrænsninger kan føre til tvetydige resultater og forhindre en sikker diagnose. Hensigten er at demonstrere, at ONT gennem en målrettet realtidstilgang til at øge dækningen i klinisk relevante regioner under sekventering udkonkurrerer de nuværende diagnostiske værktøjer med hensyn til hurtighed og følsomhed, hvilket betydeligt forbedrer effektiviteten af den diagnostiske proces. Succesen med den foreslåede mål-ONT-tilgang vil give et principbevis for at implementere denne strategi til diagnosticering af et bredere spektrum af lidelser, der allerede er undersøgt i vores laboratorium
Undersøgelsestype
Undersøgelsestype
Tilmelding (Faktiske)
Tilmelding
Fase
Fase
- Ikke anvendelig
Kontakter og lokationer
Studiesteder
-
-
Bologna
-
Bologna, Bologna, Italien, 40138
- IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna
-
-
Deltagelseskriterier
Berettigelseskriterier
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
- Barn
- Voksen
- Ældre voksen
Tager imod sunde frivillige
Beskrivelse
Inklusionskriterier
- Patienter med patogene ændringer i PKD1-genet, i alderen mellem 30 og 70 år
- Patienter med patogene ændringer i CYP21A2-genet eller med en ikke klart defineret genotype, i alderen mellem en måned og 50 år
- Patienter med potentielt patogene CNV'er (f. nyopstået og/eller i nærheden af sygdomsassocierede gener), i alderen mellem en måned og op til 70 år
- Tilgængelighed af en passende blodprøve på IRCCS Medical Genetics Unit AOUBO
- Indhentning af informeret samtykke.
Eksklusionskriterier
- Ingen
Studieplan
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
- Primært formål: Diagnostisk
- Tildeling: Ikke-randomiseret
- Interventionel model: Parallel tildeling
- Maskning: Ingen (Åben etiket)
Antal våben
Våben og indgreb
Deltagergruppe / ArmDeltagergruppe / Arm |
Intervention / BehandlingIntervention / Behandling |
|---|---|
|
Eksperimentel: Mål
Sekventering i prøver med ændringer i PKD1- eller CYP21A2-generne eller med deletioner identificeret af aCGH, vil LRS være begrænset til generne/loci af interesse.
|
Den udførte teknologi tilhører tredje generations sekventeringsstrategier og er i stand til at analysere meget lange DNA- og RNA-fragmenter.
|
|
Eksperimentel: Genomik
Hele genomet vil blive analyseret i prøver med duplikationer for præcist at identificere de genomiske regioner, hvori de duplikerede dele er indsat
|
Den udførte teknologi tilhører tredje generations sekventeringsstrategier og er i stand til at analysere meget lange DNA- og RNA-fragmenter.
|
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Genetiske anomali
Tidsramme: 24 måneder
|
For at bestemme følsomheden af LRS til at påvise genetiske varianter i svært analyserbare genomiske regioner og for at muliggøre præcis kortlægning af ubalancerede genomiske ændringer identifieret ved rutinemæssige diagnostiske teknikker.
|
24 måneder
|
Sekundære resultatmål
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Kortlægning af brudpunkter for CNV'er
Tidsramme: 24 måneder
|
For at verificere, om den nye sekventeringsteknologi påvirker analysen og rapporteringstiderne.
|
24 måneder
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Sponsor
Sponsor
Efterforskere
Efterforskere
- Ledende efterforsker: Pamela Magini, Biologist, IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna, Policlinico di Sant'Orsola
Datoer for undersøgelser
Studer store datoer
Studiestart (Faktiske)
Studiestart
Primær færdiggørelse (Faktiske)
Primær færdiggørelse
Studieafslutning (Anslået)
Studieafslutning
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
Først indsendt
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
Først opslået (Faktiske)
Først opslået
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (Faktiske)
Sidste opdatering sendt
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
Sidst verificeret
Sidst verificeret
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Andre undersøgelses-id-numre
Andre undersøgelses-id-numre
- SCHeDULeRS
- Horizon 2020 (Andet bevillings-/finansieringsnummer: European Commission)
Plan for individuelle deltagerdata (IPD)
Planlægger du at dele individuelle deltagerdata (IPD)?
Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter
Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt
Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .