Løsning af udfordrende diagnoser gennem ultralang læsesekvensering (SCHeDULeRS)

Den diagnostiske ydeevne af LRS, ved at anvende Oxford Nanopore Technology (ONT), vil blive evalueret gennem en real-time målrettet tilgang og generering af ultralange læsninger, til identifikation af patogenetiske varianter i genetiske lidelser med en aktuelt udfordrende diagnose pga. tilstedeværelse af pseudogener (1) og til den præcise kortlægning af SV-brudpunkter identificeret af aCGH til definition af deres kliniske betydning (2).

1. Patienter med en etableret molekylær diagnose vil blive indsamlet for hver af følgende lidelser: 10 med autosomal dominant polycystisk nyresygdom (ADPKD) og 10 med CYP21-mangel. Cases med tvetydige resultater for at teste mulige ONT-forbedringer i form af tid til resultater og præcis molekylær karakterisering vil blive inkluderet. Hele rækken af ​​mutationer, der påvirker hvert forårsagende gen (henholdsvis PKD1 og CYP21A2), som globalt dækker alle de mulige typer af ændringer (missense, nonsens, indels, exoniske og gendeletioner) vil blive inkluderet.
2. Indsamling af andre 10 patienter med kopinummervarianter (CNV'er) med aCGH-definerede brudpunkter kortlægning tæt på sygdomsgener, der muligvis er ansvarlige for det observerede kliniske billede.

Hovedformålet med dette forslag er at evaluere ONT-effektiviteten til at løse diagnostiske udfordringer i den kliniske genomik-rutine, i situationer, hvor en præcis molekylær diagnose ofte er umulig eller vanskelig og ekstremt tidskrævende med nuværende genetiske tests. Sanger-sekventering, NGS-paneler og MLPA bruges rutinemæssigt til at identificere patogene varianter og CNV'er, der er ansvarlige for mange monogene lidelser og til analyse gennem aCGH-patienter med isoleret eller syndromisk intellektuelt handicap uden en specifik klinisk mistænkt. Disse analyser er lange, teknisk besværlige og ofte ikke individuelt afgørende, fordi tekniske begrænsninger kan føre til tvetydige resultater og forhindre en sikker diagnose. Hensigten er at demonstrere, at ONT gennem en målrettet realtidstilgang til at øge dækningen i klinisk relevante regioner under sekventering udkonkurrerer de nuværende diagnostiske værktøjer med hensyn til hurtighed og følsomhed, hvilket betydeligt forbedrer effektiviteten af ​​den diagnostiske proces. Succesen med den foreslåede mål-ONT-tilgang vil give et principbevis for at implementere denne strategi til diagnosticering af et bredere spektrum af lidelser, der allerede er undersøgt i vores laboratorium