Lungemikrobiota hos patienter med kronisk obstruktiv lungesygdom koloniseret med P. Aeruginosa resistent over for Imipenem (MiPAD)

Patienter: Patienter med svær KOL (FEV/Forseret vitalkapacitet (FVC)<70% og i FEV<50% efter bronkodilatation) indlagt på lungeafdelingen på Reims Undervisningshospital. Ved inklusion skal patienterne være stabile. Inkludering af 20 patienter, der har behov for 100 patienter i alt, vil kræve 24 måneder. Undersøgelsen af ​​associerede faktorer med kolonisering til PA og PA mutant OprD vil kun blive udført for patienter, der vides ikke at være PA-bærere. Mikrobiota karakterisering vil blive udført på alle patienter koloniseret med PA og på ikke PA koloniserede patienter tilfældigt udvalgt. Analysen af ​​PA-koloniseringens indflydelse på KOL-udviklingen vil blive udført 12 måneder efter prøvetagning for alle inkluderede patienter.

Evalueringskriterie:

• Tilstedeværelse af P. aeruginosa-resistens over for imipenem (OprD-mutation)
• Pulmonal mikrobiota: Bestemmelse af bakteriemængden (samlet antal bakterier) og bakteriesamfundsdiversitet. Derefter vil den relative overflod af Operional Taxonomic Unit (OTU) blive analyseret på phylum-, klasse-, ordens- og familieniveau.
• Faktorer forbundet med kolonisering med PA og PA mutant OprD: antibiotika, kortikosteroider, hospitalsindlæggelse i løbet af året før inklusion, sværhedsgraden af ​​KOL, luftvejssymptomer på hoste og opspyt, anstrengelsesdyspnø vurderet ved spørgeskema, det modificerede Respiratory Medical Council (MMRC), co- sygeligheder.
• PA-portering Indflydelse og PA-mutant OprD på ændringer til 12 måneder: antallet af eksacerbationer, sværhedsgraden af ​​eksacerbationer, antal hospitalsindlæggelser, livskvalitet vurderet ved St. George's respiratoriske spørgeskema, død, udvikling af respiratoriske lidelser obstruktiv.

Efterforskning:

• Forslag om deltagelse til alle berettigede patienter ved en lungekonsultation
• Hvis deltagelse af accept (underskrevet informeret samtykkeformular): 3 bakteriologiske prøver: Sputum (normalt udført), oral vask med vand før vask (lavet specielt til denne undersøgelse). Ingen ændring i patientens medicinske behandling (behandling, overvågning osv. ...). Klinisk dataindsamling: kriterier for KOL, lungefunktion, dyspnø og sputumsymptomer, vurderet ved MMRC-skalaen, livskvalitet vurderet ved St. George's respiratoriske spørgeskema, antibiotikabehandling og hospitalsindlæggelse i de foregående 12 måneder. Revurdering 12 måneder efter prøvetagning som led i den regelmæssige monitorering af patienter (idem som tidligere). Alle prøver vil blive sendt til det kliniske bakteriologiske laboratorium (CHU Reims) som normalt for prøver: adskillelse af prøve i 2 dele: 1 del opbevaret ved -80 ° C og 1 del almindeligt analyseret. Derefter vil patienter blive klassificeret som PA eller PA ikke koloniseret baseret på sputumanalyse. Mutation i oprD vil blive karakteriseret i et andet trin for at klassificere patienter som PA eller PA OprD mutant bærere. Prøver af alle patienter koloniseret med PA og tilfældigt udvalgte ikke-PA koloniserede patienter, som er blevet opbevaret ved -80°C, vil blive sendt til "PEGASE"-platformen for Institut Pasteur de Lille. Karakterisering af pulmonal mikrobiota vil blive udført ved high-throughput sekventering på Illumina "MiSeq", hvilket gør det muligt at nå 24 millioner aflæsninger i 2x300 bp parret ende.