Lungmikrobiota hos patienter med kronisk obstruktiv lungsjukdom koloniserad med P. Aeruginosa som är resistent mot Imipenem (MiPAD)

Patienter: Patienter med svår KOL (FEV/Forced Vital Capacitet (FVC)<70% och i FEV<50% efter bronkodilation) inlagda på lungavdelningen vid Reims Teaching Hospital. Vid inkluderingen ska patienterna vara stabila. Inkludering av 20 patienter som behöver 100 patienter totalt kommer att kräva 24 månader. Studien av associerade faktorer med kolonisering till PA och PA mutant OprD kommer endast att utföras för patienter som är kända för att inte vara PA-bärare. Mikrobiotakarakterisering kommer att utföras på alla patienter koloniserade med PA och på icke PA koloniserade patienter slumpmässigt utvalda. Analysen av PA-koloniseringens inverkan på KOL-utvecklingen kommer att göras 12 månader efter provtagning för alla inkluderade patienter.

Evalutionskriterie:

• Närvaro av P. aeruginosa-resistens mot imipenem (OprD-mutation)
• Lungmikrobiota: Bestämning av bakteriemängden (totalt antal bakterier) och bakteriesamhällets mångfald. Sedan kommer den relativa mängden Operional Taxonomic Unit (OTU) att analyseras på filum-, klass-, ordnings- och familjenivå.
• Faktorer associerade med kolonisering med PA och PA mutant OprD: antibiotika, kortikosteroider, sjukhusvistelse under året före inklusionen, svårighetsgraden av KOL, andningssymtom på hosta och UPPHOSTNING, ansträngningsdyspné bedömd med frågeformulär, modifierade Respiratory Medical Council (MMRC), co- sjukligheter.
• PA-portering Inflytande och PA-mutant OprD på förändringar till 12 månader: antalet exacerbationer, svårighetsgraden av exacerbationer, antal sjukhusvistelser, livskvalitet bedömd av St George's respiratoriska frågeformulär, död, utveckling av andningsstörningar obstruktiva.

Undersökning:

• Förslag om deltagande till alla behöriga patienter vid en lungkonsultation
• Om deltagande av acceptans (undertecknad formulär för informerat samtycke): 3 bakteriologiska prover: Sputum (vanligtvis gjort), oral tvätt med vatten före tvätt (gjord speciellt för denna studie). Ingen förändring av patientens medicinska vård (behandling, övervakning, etc ...). Klinisk datainsamling: kriterier för KOL, lungfunktion, dyspné och sputumsymtom, utvärderade enligt MMRC-skalan, livskvalitet utvärderad med St George's respiratoriska frågeformulär, antibiotikabehandling och sjukhusvistelse under de senaste 12 månaderna. Omvärdering 12 månader efter provtagning som en del av den regelbundna övervakningen av patienter (idem som tidigare). Alla prover kommer att skickas till det kliniska bakteriologiska laboratoriet (CHU Reims) som vanligtvis görs för prover: separering av provet i 2 delar: 1 del lagras vid -80 ° C och 1 del som vanligtvis analyseras. Därefter kommer patienter att klassificeras som PA eller PA icke koloniserade baserat på sputumanalys. Mutation i oprD kommer att karakteriseras i ett andra steg för att klassificera patienter som PA eller PA OprD mutant bärare. Prover av alla patienter som koloniserats med PA och på icke PA koloniserade patienter som slumpmässigt valts ut och som har förvarats vid -80°C kommer att skickas till "PEGASE"-plattformen för Institut Pasteur de Lille. Karakterisering av lungmikrobiota kommer att utföras genom sekvensering med hög genomströmning på Illumina "MiSeq" vilket gör det möjligt att nå 24 miljoner avläsningar i 2x300 bp parad-end.