Longmicrobiota bij patiënten met chronische obstructieve longziekte gekoloniseerd met P. Aeruginosa resistent tegen Imipenem (MiPAD)

Patiënten: Ernstige COPD-patiënten (FEV/Forced vital capacity (FVC)<70% en in FEV<50% na bronchusverwijding) opgenomen in de afdeling pulmonologie van het Academisch Ziekenhuis van Reims. Bij opname moeten patiënten stabiel zijn. Het opnemen van 20 patiënten die in totaal 100 patiënten nodig hebben, zal 24 maanden vergen. De studie van geassocieerde factoren met kolonisatie naar PA en PA-mutant OprD zal alleen worden uitgevoerd voor patiënten waarvan bekend is dat ze geen PA-drager zijn. Microbiota-karakterisering zal worden uitgevoerd op alle patiënten die gekoloniseerd zijn met PA en op niet-PA-gekoloniseerde patiënten die willekeurig worden geselecteerd. De analyse van de invloed van PA-kolonisatie op de ontwikkeling van COPD zal 12 maanden na de bemonstering worden uitgevoerd voor alle geïncludeerde patiënten.

Evaluatiecriteria:

• Aanwezigheid van P. aeruginosa-resistentie tegen imipenem (OprD-mutatie)
• Pulmonale microbiota: bepaling van de bacteriële belasting (totaal aantal bacteriën) en de diversiteit van de bacteriële gemeenschap. Vervolgens zal de relatieve abundantie van de Operationele Taxonomische Eenheid (OTU) worden geanalyseerd op stam-, klasse-, orde- en familieniveau.
• Factoren geassocieerd met kolonisatie met PA en PA-mutant OprD: antibiotica, corticosteroïden, ziekenhuisopname gedurende het jaar voorafgaand aan opname, ernst van COPD, respiratoire symptomen van hoesten en slijm, inspanningsdyspneu beoordeeld door vragenlijst de gemodificeerde Respiratory Medical Council (MMRC), co- ziekten.
• PA-portering Invloed en PA-mutant OprD op veranderingen tot 12 maanden: het aantal exacerbaties, de ernst van de exacerbaties, het aantal ziekenhuisopnames, de kwaliteit van leven beoordeeld door de St. George's respiratoire vragenlijst, overlijden, evolutie van ademhalingsstoornissen obstructief.

Onderzoek:

• Voorstel voor deelname aan alle in aanmerking komende patiënten op een consultatie longarts
• Indien deelname aan acceptatie (ondertekend toestemmingsformulier): 3 bacteriologische monsters: Sputum (meestal gedaan), oraal wassen met water voor het wassen (speciaal gemaakt voor dit onderzoek). Geen verandering in de medische zorg van de patiënt (behandeling, monitoring, enz ...). Verzameling van klinische gegevens: criteria voor COPD, longfunctie, kortademigheid en sputumsymptomen, beoordeeld door de MMRC-schaal, kwaliteit van leven beoordeeld door St George's respiratoire vragenlijst, antibioticatherapie en ziekenhuisopname in de voorgaande 12 maanden. Herwaardering 12 maanden na bemonstering als onderdeel van de regelmatige monitoring van patiënten (idem zoals voorheen). Alle monsters worden naar het klinisch laboratorium voor bacteriologie (CHU Reims) gestuurd, zoals gewoonlijk voor monsters: scheiding van het monster in 2 delen: 1 deel opgeslagen bij -80 ° C en 1 deel algemeen geanalyseerd. Vervolgens worden patiënten geclassificeerd als PA of PA niet-gekoloniseerd op basis van sputumanalyse. Mutatie in oprD zal gekarakteriseerd worden in een tweede stap om patiënten te classificeren als PA of PA OprD mutant dragers. Monsters van alle met PA gekoloniseerde patiënten en van willekeurig geselecteerde niet-PA-gekoloniseerde patiënten die bij -80°C zijn bewaard, zullen naar het "PEGASE"-plateau van het Institut Pasteur de Lille worden gestuurd. Karakterisering van pulmonale microbiota zal worden uitgevoerd door high-throughput sequencing op Illumina "MiSeq", waardoor 24 miljoen reads in 2x300 bp paired-end kunnen worden bereikt.