Microbiote pulmonaire chez les patients atteints de maladie pulmonaire obstructive chronique colonisés par P. aeruginosa résistant à l'imipenem (MiPAD)

Patients : Patients BPCO sévères (VEMS/Capacité vitale forcée (CVF)<70% et en VEMS<50% après bronchodilatation) hospitalisés dans le service de pneumologie du CHU de Reims. A l'inclusion, les patients doivent être stables. L'inclusion de 20 patients nécessitant 100 patients au total nécessitera 24 mois. L'étude des facteurs associés à la colonisation par le PA et le mutant PA OprD ne sera réalisée que pour les patients connus non porteurs du PA. La caractérisation du microbiote sera effectuée sur tous les patients colonisés par l'AP et sur les patients non colonisés par l'AP sélectionnés au hasard. L'analyse de l'influence de la colonisation de l'AP sur l'évolution de la BPCO se fera 12 mois après le prélèvement pour tous les patients inclus.

Critère d'évaluation:

• Présence de résistance de P. aeruginosa à l'imipénème (mutation OprD)
• Microbiote pulmonaire : Détermination de la charge bactérienne (nombre total de bactéries) et de la diversité des communautés bactériennes. Ensuite, l'abondance relative des unités taxonomiques opérationnelles (OTU) sera analysée au niveau du phylum, de la classe, de l'ordre et de la famille.
• Facteurs associés à la colonisation par PA et PA mutant OprD : antibiotiques, corticoïdes, hospitalisation dans l'année précédant l'inclusion, sévérité de la BPCO, symptômes respiratoires de toux et expectoration, dyspnée d'effort évaluée par questionnaire du Respiratory Medical Council (MMRC) modifié, co- morbidités.
• Influence du portage PA et du mutant PA OprD sur l'évolution à 12 mois : du nombre d'exacerbations, de la sévérité des exacerbations, du nombre d'hospitalisations, de la qualité de vie évaluée par le questionnaire respiratoire de St George, du décès, de l'évolution des troubles ventilatoires obstructifs.

Enquête:

• Proposition de participation à tous les patients éligibles à une consultation de pneumologie
• Si participation d'acceptation (formulaire de consentement éclairé signé) : 3 prélèvements bactériologiques : crachat (généralement fait), lavage buccal à l'eau avant lavage (fait spécifiquement pour cette étude). Pas de changement dans la prise en charge médicale du patient (traitement, suivi, etc...). Collecte de données cliniques : critères de MPOC, fonction pulmonaire, dyspnée et symptômes d'expectoration, évalués par l'échelle MMRC, qualité de vie évaluée par le questionnaire respiratoire de St George, antibiothérapie et hospitalisation au cours des 12 derniers mois. Réévaluation 12 mois après prélèvement dans le cadre du suivi régulier des patients (idem comme précédemment). Tous les prélèvements seront envoyés au laboratoire clinique de bactériologie (CHU Reims) comme on le fait habituellement pour les prélèvements : séparation du prélèvement en 2 parties : 1 partie conservée à -80°C et 1 partie couramment analysée. Ensuite, les patients seront classés comme PA ou PA non colonisés sur la base de l'analyse des expectorations. La mutation dans oprD sera caractérisée dans un second temps pour classer les patients comme porteurs de PA ou PA OprD mutant. Des échantillons de tous les patients colonisés par PA et de patients colonisés non PA tirés au sort et conservés à -80°C seront envoyés à la plateforme "PEGASE" de l'Institut Pasteur de Lille. La caractérisation du microbiote pulmonaire sera réalisée par séquençage haut débit sur Illumina "MiSeq" permettant d'atteindre 24 millions de reads en 2x300 bp paired-end.