Lungemikrobiota hos pasienter med kronisk obstruktiv lungesykdom kolonisert med P. Aeruginosa resistent mot Imipenem (MiPAD)

Pasienter: Alvorlige KOLS-pasienter (FEV/Forsert vitalkapasitet (FVC)<70 % og i FEV<50 % etter bronkodilatasjon) innlagt på lungeavdelingen ved Reims undervisningssykehus. Ved inkluderingen skal pasientene være stabile. Inkludering av 20 pasienter som trenger 100 pasienter totalt vil kreve 24 måneder. Studiet av assosierte faktorer med kolonisering til PA og PA mutant OprD vil kun utføres for pasienter som er kjent for ikke å være PA-bærere. Mikrobiotakarakterisering vil bli utført på alle pasienter kolonisert med PA og på ikke PA koloniserte pasienter tilfeldig utvalgt. Analysen av PA-koloniseringspåvirkning på KOLS-utviklingen vil bli gjort 12 måneder etter prøvetaking for alle inkluderte pasienter.

Evalueringskriterier:

• Tilstedeværelse av P. aeruginosa-resistens mot imipenem (OprD-mutasjon)
• Lungemikrobiota: Bestemmelse av bakteriemengden (totalt antall bakterier) og bakteriesamfunnsmangfold. Deretter vil den relative overfloden av Operional Taxonomic Unit (OTU) bli analysert på filum, klasse, orden og familienivå.
• Faktorer assosiert med kolonisering med PA- og PA-mutant OprD: antibiotika, kortikosteroider, sykehusinnleggelse i løpet av året før inkluderingen, alvorlighetsgraden av KOLS, luftveissymptomer på hoste og oppspytt, anstrengelsesdyspné vurdert ved spørreskjema det modifiserte Respiratory Medical Council (MMRC), co- sykelighet.
• PA-portering Innflytelse og PA-mutant OprD på endringer til 12 måneder: antall forverringer, alvorlighetsgrad av eksacerbasjoner, antall sykehusinnleggelser, livskvalitet vurdert av St. George's respiratoriske spørreskjema, død, utvikling av ventilasjonsforstyrrelser obstruktiv.

Etterforskning:

• Forslag om deltakelse til alle kvalifiserte pasienter på lungekonsultasjon
• Ved deltakelse av aksept (signert skjema for informert samtykke): 3 bakteriologiske prøver: Sputum (vanligvis utført), oral vask med vann før vask (laget spesielt for denne studien). Ingen endring i pasientens medisinske behandling (behandling, overvåking, etc ...). Klinisk datainnsamling: kriterier for KOLS, lungefunksjon, dyspné og sputumsymptomer, vurdert ved MMRC-skalaen, livskvalitet vurdert ved St. George's respiratoriske spørreskjema, antibiotikabehandling og sykehusinnleggelse de siste 12 månedene. Revaluering 12 måneder etter prøvetaking som del av regelmessig overvåking av pasienter (idem som tidligere). Alle prøvene vil bli sendt til det kliniske bakteriologiske laboratorium (CHU Reims) som vanligvis gjøres for prøver: separering av prøve i 2 deler: 1 del lagret ved -80 ° C og 1 del vanligvis analysert. Deretter vil pasienter bli klassifisert som PA eller PA ikke kolonisert basert på sputumanalyse. Mutasjon i oprD vil bli karakterisert i et andre trinn for å klassifisere pasienter som PA eller PA OprD mutant bærere. Prøver av alle pasienter kolonisert med PA og på ikke-PA koloniserte pasienter tilfeldig utvalgt som har blitt lagret ved -80°C vil bli sendt til "PEGASE"-plattformen til Institut Pasteur de Lille. Karakterisering av lungemikrobiota vil bli utført ved sekvensering med høy gjennomstrømning på Illumina "MiSeq" som tillater å nå 24 millioner avlesninger i 2x300 bp paret ende.