Microbiota polmonare in pazienti con broncopneumopatia cronica ostruttiva colonizzati da P. aeruginosa resistente all'imipenem (MiPAD)

Pazienti: Pazienti con BPCO grave (FEV/capacità vitale forzata (FVC) <70% e FEV <50% dopo broncodilatazione) ricoverati presso il Dipartimento di pneumologia dell'Ospedale didattico di Reims. All'inclusione, i pazienti dovrebbero essere stabili. L'inclusione di 20 pazienti che necessitano di 100 pazienti in totale richiederà 24 mesi. Lo studio dei fattori associati alla colonizzazione da PA e PA mutante OprD sarà eseguito solo per i pazienti noti per non essere portatori di PA. La caratterizzazione del microbiota sarà eseguita su tutti i pazienti colonizzati da PA e su pazienti non colonizzati da PA selezionati casualmente. L'analisi dell'influenza della colonizzazione PA sull'evoluzione della BPCO sarà effettuata 12 mesi dopo il campionamento per tutti i pazienti inclusi.

Criteri di valutazione:

• Presenza di resistenza di P. aeruginosa all'imipenem (mutazione OprD)
• Microbiota polmonare: Determinazione della carica batterica (numero totale di batteri) e diversità della comunità batterica. Quindi, l'abbondanza relativa dell'unità tassonomica operativa (OTU) sarà analizzata a livello di phylum, classe, ordine e famiglia.
• Fattori associati alla colonizzazione con OprD mutante PA e PA: antibiotici, corticosteroidi, ricovero nell'anno precedente l'inclusione, gravità della BPCO, sintomi respiratori di tosse ed espettorazione, dispnea da sforzo valutata dal questionario del Respiratory Medical Council (MMRC) modificato, co- morbilità.
• PA porting Influence e PA mutante OprD sulle variazioni a 12 mesi: numero di riacutizzazioni, gravità delle riacutizzazioni, numero di ricoveri, qualità della vita valutata dal questionario respiratorio di San Giorgio, morte, evoluzione dei disturbi ventilatori ostruttivi.

Indagine:

• Proposta di partecipazione a tutti i pazienti idonei a una consultazione pneumologica
• Se partecipazione di accettazione (modulo di consenso informato firmato): 3 campioni batteriologici: espettorato (di solito fatto), lavaggio orale con acqua prima del lavaggio (realizzato appositamente per questo studio). Nessun cambiamento nelle cure mediche del paziente (trattamento, monitoraggio, ecc...). Raccolta dati clinici: criteri per BPCO, funzionalità polmonare, dispnea e sintomi dell'espettorato, valutati dalla scala MMRC, qualità della vita valutata dal questionario respiratorio di San Giorgio, terapia antibiotica e ricovero nei 12 mesi precedenti. Rivalutazione 12 mesi dopo il campionamento nell'ambito del regolare monitoraggio dei pazienti (idem come in precedenza). Tutti i campioni verranno inviati al laboratorio clinico di batteriologia (CHU Reims) come di consueto per i campioni: separazione del campione in 2 parti: 1 parte conservata a -80 ° C e 1 parte comunemente analizzata. Quindi, i pazienti saranno classificati come PA o PA non colonizzati in base all'analisi dell'espettorato. La mutazione in oprD sarà caratterizzata in una seconda fase per classificare i pazienti come portatori del mutante PA o PA OprD. Campioni di tutti i pazienti colonizzati da PA e di pazienti non colonizzati da PA selezionati casualmente che sono stati conservati a -80°C saranno inviati alla piattaforma "PEGASE" dell'Institut Pasteur de Lille. La caratterizzazione del microbiota polmonare sarà eseguita mediante sequenziamento high-throughput su Illumina "MiSeq" che consente di raggiungere 24 milioni di letture in 2x300 bp paired-end.