Validering af en molekylær test for risiko-stratificering af patienter med højrisiko intestinal metaplasi (GCEP2-undersøgelse)

Mål:

Hovedformålet med denne undersøgelse er at afgøre, om en tilpasset molekylær test kan identificere prospektivt, inden for patienter med tarmmetaplasi (IM), en undergruppe af patienter med meget høj risiko for dysplasi eller gastrisk cancer (GC). De sekundære mål med denne undersøgelse er at validere den prædiktive værdi af et panel af blodmikroRNA-biomarkører til at forudsige risikoen for GC, samt at bestemme nøjagtigheden af ​​påvisning af Helicobacter pylori-infektion ved hjælp af næste generations sekventering og sammenligne den med den nuværende guldstandard, urea udåndingstest.

Studere design:

En international, multi-center kohorte til at evaluere den kliniske nytte af en tilpasset molekylær test til at identificere en undergruppe af IM-patienter med meget høj risiko for GC. Målrekruttering er 500 emner med IM af OLGIM trin 2 til 4.

Da den opdaterede Sydney-biopsiprotokol ikke rutinemæssigt udføres til kliniske formål, og de fleste forsøgspersoner vil blive rekrutteret før bekræftelse af deres OLGIM-stadie ved baseline, vil nogle forsøgspersoner blive trukket tilbage fra undersøgelsen, hvis de opdages at have ingen IM, eller IM vurderes at være OLGIM trin 1, ved baseline OGD.

Samarbejdssteder anmodes om at give følgende prøver med tilhørende demografiske og klinikpatologiske data (som angivet i Case Report Form): Snap-frosset væv og FFPE-væv fra antrum-stedet til DNA-ekstraktion, serum til H. pylori-antistoftest og miRNA-profilering og buffy coat til DNA-ekstraktion.

Tilmelding:

Patienter, der ses af efterforskere under klinikker, vil blive overvejet til tilmelding.

For at minimere antallet af forsøgspersoner, der seponeres efter baseline-endoskopi på grund af manglende påvisning af mindst trin 2-4 OLGIM ved baseline, kan patienter med en historie med moderat eller svær IM ved enten antrum eller krop prioriteres til rekruttering.

Baseline:

1. Spørgeskemaemnerne vil blive bedt om at udfylde et baseline-spørgeskema, der giver oplysninger om demografi, personlig sygehistorie, livsstil og familiehistorie for GC. Kliniske data og identifikatorer vil blive registreret.
2. Urea Breath Test Personer vil faste i 6 timer eller natten over, før de gennemgår Urea Breath Test (UBT). Åndedrætsopsamling vil blive udført før indtagelse af 13C urea og 10 min, 20 min og 30 min efter indtagelse.
3. OGD og biopsier

Forsøgspersoner vil gennemgå en baseline OGD under højopløsnings hvidt lys (1080p) og biopsi for at fastslå OLGIM-status. En video-optagelse af OGD vil blive udført under proceduren for validering af diagnose. Maveslimhindebiopsier vil blive taget som følger:

• 1 biopsi hver fra AL, AG, IA, BL, BG i henhold til det opdaterede Sydney-system vil blive fikseret i 4 % paraformaldehyd (PFA) og sendt til histologisk undersøgelse
• 2 tilstødende biopsier ved AL, og 2 tilstødende biopsier ved BL, skal lynfryses i flydende nitrogen

Stederne er defineret som følger:

• AL - mindre krumning af antrum, inden for 2-3 cm fra pylorus
• AG - større krumning af antrum, inden for 2-3 cm fra pylorus
• IA - incisura angularis
• BL - mindre krumning af corpus, 4 cm proksimalt til angulus
• BG - midterste del af den større krumning af corpus, 8 cm fra cardia

Hvis endoskopisten observerer formodede områder af IM i antrum og/eller corpus, der er inden for de ovenfor definerede Opdaterede Sydney System-lokationer, skal der tages biopsier til histologisk undersøgelse samt 2 tilstødende frosne biopsier fra disse mistænkte områder af IM i stedet.

Hvis endoskopisten observerer formodede områder af IM i antrum og/eller corpus, som er uden for de ovenfor definerede Opdaterede Sydney System-lokationer, skal de 2 tilstødende frosne biopsier i stedet tages fra disse mistænkte områder af IM.

Alle slimhindelæsioner identificeret under OGD vil blive biopsieret separat som en del af normal klinisk praksis og sendt til histopatologisk vurdering.

Frosne biopsiprøver vil blive opbevaret i en vævsbank af høj kvalitet.

Efterforskere vil følge ovenstående protokol. De kan dog fravige protokol, hvis patientens interesser kræver det.

Blodopsamling, behandling og analyser:

Der vil blive udtaget 20 ml blod fra hvert forsøgsperson. Serum, plasma og buffy coat vil blive ekstraheret.

Histologisk vurdering:

Alle biopsiprøver vil blive vurderet for grad af kronisk gastritis, atrofisk gastritis, tilstedeværelse af H. pylori-organismer, IM og dysplasi. Disse vil blive bedømt ved hjælp af det opdaterede Sydney-system. Tilstedeværelse af IM indikeres ved tilstedeværelse af globetceller baseret på hæmatoxylin og eosin (H&E) farvning eller Alcian Blue (AB) positiv udtryk og vil blive klassificeret i mild, moderat og markant. Dysplasi vil blive klassificeret efter den reviderede Wien-klassifikation, og klassificering af carcinom vil være i henhold til WHO-klassificeringen af ​​tumorer og AJCC-stadiesystemet. Procentdelen af ​​maveepitelslimhinden, der viser IM-egenskaberne i biopsier, vil blive evalueret for at udlede OLGIM-stadiet.

Molekylær test:

Tre vigtigste genomiske ændringer - øgede mutationsfrekvenser, somatisk kopiantal ændringer (sCNA'er) og telomerforkortelse - blev tidligere etableret for at vise associationer med sygdomsprogression af IM til dysplasi eller GC, eller persistens af IM. En betydelig andel af sCNA'er i IM-prøver blev fundet at være lokaliseret ved kromosom 8q, hvor onkogenet Myc er bosat. En tilpasset molekylær test vil blive udviklet baseret på et panel, der primært retter sig mod genomiske regioner med tilbagevendende muterede gener og kromosom 8q-amplifikation hos IM-patienter. Den tilpassede test sigter mod yderligere at stratificere IM-patienter. Totalt genomisk DNA vil blive ekstraheret fra biopsier (frosset væv og FFPE) og matchede blodprøver. Et målrettet genpanel vil blive anvendt, så specifikke genomiske områder af interesse fanges, hvilket reducerer omkostningerne og mængden af ​​dataanalyse betydeligt. Biblioteksforberedelse vil blive udført ved hjælp af målberigelsesassays i henhold til producentens instruktioner. Mutationskald og kromosom 8q amplifikation vil blive bestemt ved hjælp af Genome Analysis Toolkit (GATK) softwaren. Forsøgspersoner klassificeres som testpositive, hvis der identificeres en somatisk variant med mindst 10 variantunderstøttende læsninger eller en kopinummervariant med segmenteret gennemsnitsdækning på mindst 2 standardafvigelser væk fra det kopineutrale middelværdi.

miRNA profilering: Total RNA fra serum isoleres og omdannes til cDNA, som derefter kvantificeres. Mål miRNA-ekspressionsniveauer efter normalisering af både tekniske og biologiske variationer analyseres for at identificere paneler af miRNA'er med den højeste diskriminerende kraft mellem sunde og sygdomstilstande. Hvert emne vil blive tildelt en score baseret på miRNA-ekspressionsprofil, hvilket indikerer muligheden for at have GC. Resultatet vil blive sammenlignet med OGD og histologi, som er guldstandarden for diagnosticering af GC.

Opfølgning:

Forsøgspersoner vil blive fulgt op på klinikken eller via telefon for statusopdatering på 1 og 3 år. Kliniske data vil blive indsamlet gennem et spørgeskema. En vinduesperiode på 6 måneder før eller efter årsdagens basislinje OGD-dato er acceptabel.

Forsøgspersoner vil gennemgå en overvågnings-OGD i år 2 og 4 for at vurdere, om forsøgspersonen har nået endepunktet. Biopsier vil blive taget efter den beskrevne protokol. Kliniske data vil blive indsamlet gennem et spørgeskema og databasen opdateret. En vinduesperiode på 6 måneder før eller efter årsdagens basislinje OGD-dato er acceptabel.

Forsøgspersoner vil blive fulgt op årligt på klinikken eller via telefon for statusopdatering for år 5-10. Kliniske data vil blive indsamlet gennem et spørgeskema. En vinduesperiode på 6 måneder før eller efter årsdagens basislinje OGD-dato er acceptabel. Skulle forekomsten af ​​GC på eller efter år 4 blandt kohorten være tilstrækkelig til at forkaste nulhypotesen med niveauet af signifikans og styrke som beskrevet, kan den årlige opfølgning for år 5-10 afbrydes.

Beregning af prøvestørrelse:

Den foreslåede stikprøvestørrelse for det prospektive kohortestudie blev estimeret ved hjælp af logrank-testen for tid-til-progressions-resultatet. Forudsat en 4-årig kumulativ forekomst af progression på henholdsvis 10 % i den test positive gruppe og 3 % i den test negative gruppe (dvs. hazard ratio, HR = 3,5), vil en prøvestørrelse på 480 være påkrævet baseret på et signifikansniveau på 5 % og en styrke på 85 %. Forudsat en nedslidning på 5 %, vil den samlede stikprøvestørrelse være 500.

Statistisk analyse:

Kategoriske variable vil blive analyseret ved hjælp af chi-square test eller Fishers eksakte test. Kontinuerlige variabler vil blive analyseret ved hjælp af Students t-test eller Mann-Whitney U-test. Parametre med P-værdi <0,05 i den univariate analyse vil blive inkluderet i den multivariate analyse. Multivariat analyse vil blive udført ved hjælp af Cox regressionsanalyse. P <0,05 anses for at være statistisk signifikant.