Validation d'un test moléculaire pour la stratification du risque des patients atteints de métaplasie intestinale à haut risque (étude GCEP2)

Objectifs:

L'objectif principal de cette étude est de déterminer si un test moléculaire personnalisé permet d'identifier de manière prospective, au sein des patients atteints de métaplasie intestinale (IM), un sous-groupe de patients à très haut risque de dysplasie ou de cancer gastrique (GC). Les objectifs secondaires de cette étude sont de valider la valeur prédictive d'un panel de biomarqueurs de microARN sanguins pour prédire le risque de GC, ainsi que de déterminer l'exactitude de la détection de l'infection à Helicobacter pylori à l'aide du séquençage de nouvelle génération, et de la comparer avec l'actuel étalon-or, test respiratoire à l'urée.

Étudier le design:

Une cohorte internationale multicentrique pour évaluer l'utilité clinique d'un test moléculaire personnalisé pour identifier un sous-ensemble de patients IM à très haut risque de GC. Le recrutement cible est de 500 sujets avec IM de stade OLGIM 2 à 4.

Comme le protocole de biopsie mis à jour de Sydney n'est pas systématiquement effectué à des fins cliniques et que la plupart des sujets seront recrutés avant de confirmer leur stadification OLGIM au départ, certains sujets seront retirés de l'étude s'il est détecté qu'ils n'ont pas d'IM ou si l'IM est évalué comme étant OLGIM Stade 1, au départ OGD.

Les sites collaborateurs sont priés de fournir les échantillons suivants avec les données démographiques et pathologiques cliniques associées (comme indiqué dans le formulaire de rapport de cas) : tissu congelé et tissu FFPE du site de l'antre pour l'extraction de l'ADN, sérum pour le test d'anticorps anti-H. pylori et le profilage des miARN , et couche leucocytaire pour l'extraction de l'ADN.

Inscription:

Les patients vus par les enquêteurs lors des cliniques seront considérés pour l'inscription.

Pour minimiser le nombre de sujets qui sont retirés après l'endoscopie initiale en raison de l'incapacité à détecter au moins l'OLGIM de stade 2 à 4 au départ, les patients ayant des antécédents d'IM modéré ou sévère au niveau de l'antre ou du corps peuvent être prioritaires pour le recrutement.

Ligne de base :

1. Questionnaire Les sujets seront invités à remplir un questionnaire de base, fournissant des informations sur la démographie, les antécédents médicaux personnels, le mode de vie et les antécédents familiaux de GC. Les données cliniques et les identifiants seront enregistrés.
2. Les sujets du test respiratoire à l'urée jeûneront pendant 6 heures ou toute la nuit avant de subir le test respiratoire à l'urée (UBT). La collecte d'haleine sera effectuée avant l'ingestion d'urée 13C, et à 10min, 20min et 30min après l'ingestion.
3. OGD et biopsies

Les sujets subiront une OGD de base sous lumière blanche haute définition (1080p) et une biopsie pour déterminer le statut OLGIM. Un enregistrement vidéo de l'OGD sera réalisé lors de la procédure de validation du diagnostic. Les biopsies de la muqueuse gastrique seront prises comme suit :

• 1 biopsie de AL, AG, IA, BL, BG selon le système de Sydney mis à jour sera fixée dans 4 % de paraformaldéhyde (PFA) et envoyée pour examen histologique
• 2 biopsies adjacentes à AL et 2 biopsies adjacentes à BL seront congelées instantanément dans de l'azote liquide

Les emplacements sont définis comme suit :

• AL - petite courbure de l'antre, à moins de 2-3 cm du pylore
• AG - plus grande courbure de l'antre, à moins de 2-3 cm du pylore
• IA - incisure angulaire
• BL - petite courbure du corpus, 4 cm en amont de l'angulus
• BG - partie médiane de la grande courbure du corps, à 8 cm du cardia

Si l'endoscopiste observe des zones suspectes de MI dans l'antre et/ou le corpus qui se trouvent dans les emplacements du système de Sydney mis à jour définis ci-dessus, des biopsies pour examen histologique, ainsi que 2 biopsies congelées adjacentes, doivent être prélevées dans ces zones suspectes de MI. plutôt.

Si l'endoscopiste observe des zones suspectes de MI dans l'antre et/ou le corpus qui se trouvent en dehors des emplacements du système de Sydney mis à jour définis ci-dessus, les 2 biopsies congelées adjacentes doivent être prélevées à la place dans ces zones suspectes de MI.

Toutes les lésions muqueuses identifiées lors d'OGD seront biopsiées séparément dans le cadre de la pratique clinique normale et envoyées pour une évaluation histopathologique.

Les échantillons de biopsie congelés seront conservés dans une banque de tissus de haute qualité.

Les enquêteurs suivront le protocole ci-dessus. Cependant, ils peuvent s'écarter du protocole si l'intérêt du patient l'exige.

Prélèvement, traitement et analyses de sang :

20 ml de sang seront prélevés sur chaque sujet. Le sérum, le plasma et le buffy coat seront extraits.

Évaluation histologique :

Tous les échantillons de biopsie seront évalués pour le degré de gastrite chronique, la gastrite atrophique, la présence d'organismes H. pylori, la MI et la dysplasie. Ceux-ci seront notés à l'aide du système de Sydney mis à jour. La présence d'IM est indiquée par la présence de cellules globet basées sur la coloration à l'hématoxyline et à l'éosine (H&E) ou sur l'expression positive du bleu Alcian (AB), et sera classée en légère, modérée et marquée. La dysplasie sera classée selon la classification de Vienne révisée, et la classification du carcinome sera conforme à la classification des tumeurs de l'OMS et au système de stadification AJCC. Le pourcentage de muqueuse épithéliale gastrique présentant les caractéristiques de la MI dans les biopsies sera évalué pour dériver le stade OLGIM.

Test moléculaire :

Trois principales altérations génomiques - augmentation des fréquences de mutation, altérations du nombre de copies somatiques (sCNA) et raccourcissement des télomères - ont été précédemment établies pour montrer des associations avec la progression de la maladie de la MI vers la dysplasie ou la GC, ou la persistance de la MI. Une proportion significative de sCNA dans les échantillons IM se sont avérés être localisés sur le chromosome 8q, où réside l'oncogène Myc. Un test moléculaire personnalisé sera développé sur la base d'un panel ciblant principalement les régions génomiques avec des gènes mutés de manière récurrente et l'amplification du chromosome 8q chez les patients IM. Le test personnalisé vise à stratifier davantage les patients IM. L'ADN génomique total sera extrait de biopsies (tissu congelé et FFPE) et d'échantillons sanguins appariés. Un panel de gènes ciblés sera appliqué afin que des régions génomiques d'intérêt spécifiques soient capturées, ce qui réduira considérablement le coût et la quantité d'analyse de données. La préparation de la bibliothèque sera effectuée à l'aide des tests d'enrichissement cible conformément aux instructions du fabricant. Les appels de mutation et l'amplification du chromosome 8q seront déterminés à l'aide du logiciel Genome Analysis Toolkit (GATK). Les sujets sont classés comme positifs au test si une variante somatique avec au moins 10 variantes prenant en charge les lectures ou une variante de nombre de copies avec une couverture moyenne segmentée d'au moins 2 écarts-types par rapport à la moyenne neutre de copie est identifiée.

Profilage des miARN : L'ARN total du sérum est isolé et converti en ADNc, qui est ensuite quantifié. Les niveaux d'expression de miARN cibles après normalisation des variations techniques et biologiques sont analysés pour identifier des panels de miARN ayant le pouvoir discriminant le plus élevé entre les états sains et pathologiques. Chaque sujet se verra attribuer un score basé sur le profil d'expression des miARN, indiquant la possibilité d'avoir GC. Le résultat sera comparé à l'OGD et à l'histologie qui est l'étalon-or pour le diagnostic de GC.

Suivi:

Les sujets seront suivis à la clinique ou par téléphone pour une mise à jour de leur statut aux années 1 et 3. Les données cliniques seront recueillies au moyen d'un questionnaire. Une période de fenêtre de 6 mois avant ou après la date anniversaire de référence des autres ministères est acceptable.

Les sujets subiront une surveillance OGD aux années 2 et 4 pour évaluer si le sujet a atteint le point final. Des biopsies seront réalisées selon le protocole décrit. Les données cliniques seront recueillies au moyen d'un questionnaire et la base de données sera mise à jour. Une période de fenêtre de 6 mois avant ou après la date anniversaire de référence des autres ministères est acceptable.

Les sujets seront suivis chaque année à la clinique ou par téléphone pour une mise à jour de leur statut pour les années 5 à 10. Les données cliniques seront recueillies au moyen d'un questionnaire. Une période de fenêtre de 6 mois avant ou après la date anniversaire de référence des autres ministères est acceptable. Si l'incidence de GC à l'année 4 ou après dans la cohorte est suffisante pour rejeter l'hypothèse nulle avec le niveau de signification et de puissance tel que décrit, le suivi annuel pour les années 5 à 10 peut être interrompu.

Calcul de la taille de l'échantillon :

La taille de l'échantillon proposé pour l'étude de cohorte prospective a été estimée à l'aide du test du logrank pour le critère de temps jusqu'à la progression. En supposant une incidence cumulée de progression sur 4 ans de 10 % dans le groupe test positif et de 3 % dans le groupe test négatif respectivement (c'est-à-dire rapport de risque, HR = 3,5), une taille d'échantillon de 480 sera requise sur la base d'un seuil de signification de 5 % et d'une puissance de 85 %. En supposant en outre une attrition de 5 %, la taille globale de l'échantillon sera de 500.

Analyses statistiques:

Les variables catégorielles seront analysées à l'aide du test du chi carré ou du test exact de Fisher. Les variables continues seront analysées à l'aide du test t de Student ou du test U de Mann-Whitney. Les paramètres avec une valeur P <0,05 dans l'analyse univariée seront inclus dans l'analyse multivariée. Une analyse multivariée sera effectuée à l'aide d'une analyse de régression de Cox. P <0,05 est considéré comme statistiquement significatif.