Validatie van een moleculaire test voor risicostratificatie van patiënten met hoogrisico-intestinale metaplasie (GCEP2-onderzoek)

Doelstellingen:

Het hoofddoel van deze studie is om te bepalen of een op maat gemaakte moleculaire test prospectief kan identificeren, binnen patiënten met intestinale metaplasie (IM), een subgroep van patiënten met een zeer hoog risico op dysplasie of maagkanker (GC). De secundaire doelstellingen van deze studie zijn het valideren van de voorspellende waarde van een panel van microRNA-biomarkers in het bloed voor het voorspellen van het risico op GC, evenals het bepalen van de nauwkeurigheid van detectie van Helicobacter pylori-infectie met behulp van sequencing van de volgende generatie, en deze te vergelijken met de huidige gouden standaard, ureum ademtest.

Studieontwerp:

Een internationale, multicentrische cohort om de klinische bruikbaarheid van een op maat gemaakte moleculaire test te evalueren om een ​​subgroep van IM-patiënten met een zeer hoog risico op GC te identificeren. Doelwerving is 500 proefpersonen met IM van OLGIM fase 2 tot 4.

Aangezien het bijgewerkte biopsieprotocol van Sydney niet routinematig wordt uitgevoerd voor klinische doeleinden en de meeste proefpersonen zullen worden geworven voordat hun OLGIM-stadiëring bij baseline wordt bevestigd, zullen sommige proefpersonen uit het onderzoek worden teruggetrokken als wordt vastgesteld dat ze geen IM hebben, of als wordt vastgesteld dat IM OLGIM Fase 1, bij baseline OGD.

Samenwerkende sites worden verzocht om de volgende monsters te verstrekken met bijbehorende demografische en klinische pathologische gegevens (zoals aangegeven in het Case Report Form): Snap-bevroren weefsel en FFPE-weefsel van antrum-site voor DNA-extractie, serum voor H. pylori-antilichaamtest en miRNA-profilering en buffy coat voor DNA-extractie.

Inschrijving:

Patiënten die tijdens clinics door onderzoekers worden gezien, komen in aanmerking voor inschrijving.

Om het aantal proefpersonen dat wordt teruggetrokken na baseline-endoscopie te minimaliseren vanwege het niet detecteren van ten minste stadium 2-4 OLGIM bij baseline, kunnen patiënten met een voorgeschiedenis van matige of ernstige IM aan het antrum of het lichaam voorrang krijgen bij rekrutering.

Basislijn:

1. Vragenlijst De proefpersonen wordt gevraagd een basisvragenlijst in te vullen met informatie over de demografie, persoonlijke medische geschiedenis, levensstijl en familiegeschiedenis van GC. Klinische gegevens en identificatiegegevens worden geregistreerd.
2. Ureumademtest Onderwerpen zullen 6 uur of 's nachts vasten voordat ze de ureumademtest (UBT) ondergaan. Ademverzameling wordt uitgevoerd vóór inname van 13C-ureum en 10 minuten, 20 minuten en 30 minuten na inname.
3. OGD en biopsieën

Proefpersonen ondergaan een baseline OGD onder high-definition wit licht (1080p) en biopsie om de OLGIM-status vast te stellen. Tijdens de procedure voor validatie van de diagnose wordt een video-opname van de OGD gemaakt. Maagslijmvliesbiopten worden als volgt genomen:

• 1 biopsie elk van AL, AG, IA, BL, BG volgens het bijgewerkte Sydney-systeem wordt gefixeerd in 4% paraformaldehyde (PFA) en verzonden voor histologisch onderzoek
• 2 aangrenzende biopsieën bij AL en 2 aangrenzende biopsieën bij BL worden snel ingevroren in vloeibare stikstof

De locaties zijn als volgt gedefinieerd:

• AL - kleinere kromming van het antrum, binnen 2-3 cm van de pylorus
• AG - grotere kromming van het antrum, binnen 2-3 cm van de pylorus
• IA - incisura angularis
• BL - kleinere kromming van het corpus, 4 cm proximaal van de angulus
• BG - middelste gedeelte van de grotere kromming van het corpus, 8 cm van de cardia

Als de endoscopist vermoedelijke delen van IM in het antrum en/of corpus waarneemt die zich binnen de hierboven gedefinieerde locaties van het geactualiseerde Sydney-systeem bevinden, moeten er biopten voor histologisch onderzoek worden genomen, evenals 2 aangrenzende bevroren biopsieën, van deze verdachte delen van IM. in plaats van.

Als de endoscopist vermoedelijke delen van IM in het antrum en/of corpus waarneemt die buiten de hierboven gedefinieerde locaties van het bijgewerkte Sydney-systeem liggen, moeten in plaats daarvan de 2 aangrenzende ingevroren biopten worden genomen van deze verdachte delen van IM.

Alle mucosale laesies die tijdens OGD worden geïdentificeerd, zullen afzonderlijk worden gebiopteerd als onderdeel van de normale klinische praktijk en worden verzonden voor histopathologische beoordeling.

Ingevroren biopsiemonsters worden bewaard in een hoogwaardige weefselbank.

Onderzoekers zullen bovenstaand protocol volgen. Zij kunnen echter afwijken van het protocol als het belang van de patiënt dat vereist.

Bloedafname, verwerking en analyses:

Bij elke proefpersoon wordt 20 ml bloed afgenomen. Serum, plasma en buffy coat worden geëxtraheerd.

Histologische beoordeling:

Alle biopsiemonsters worden beoordeeld op de mate van chronische gastritis, atrofische gastritis, aanwezigheid van H. pylori-organismen, IM en dysplasie. Deze worden gescoord met behulp van het bijgewerkte Sydney-systeem. Aanwezigheid van IM wordt aangegeven door de aanwezigheid van globetcellen op basis van hematoxyline en eosine (H&E) kleuring of Alcian Blue (AB) positieve expressie, en zal worden geclassificeerd in mild, matig en uitgesproken. Dysplasie zal worden beoordeeld volgens de herziene Weense classificatie en de classificatie van carcinoom zal plaatsvinden volgens de WHO-classificatie van tumoren en het AJCC-stadiëringssysteem. Het percentage maagepitheelslijmvlies dat de kenmerken van IM in biopsieën vertoont, zal worden geëvalueerd om het OLGIM-stadium af te leiden.

Moleculaire test:

Drie belangrijke genomische veranderingen - verhoogde mutatiefrequenties, somatische kopie-aantalveranderingen (sCNA's) en telomeerverkorting - werden eerder vastgesteld om associaties aan te tonen met ziekteprogressie van IM naar dysplasie of GC, of ​​persistentie van IM. Een aanzienlijk deel van de sCNA's in IM-monsters bleek te zijn gelokaliseerd op chromosoom 8q, waar het oncogen Myc zich bevindt. Er zal een op maat gemaakte moleculaire test worden ontwikkeld op basis van een panel dat zich voornamelijk richt op genomische regio's met herhaaldelijk gemuteerde genen en chromosoom 8q-amplificatie bij IM-patiënten. De maatwerktest heeft tot doel IM-patiënten verder te stratificeren. Totaal genomisch DNA zal worden geëxtraheerd uit biopsieën (bevroren weefsel en FFPE) en gematchte bloedmonsters. Er zal een gericht genenpanel worden toegepast, zodat specifieke genomische regio's van belang worden vastgelegd, waardoor de kosten en hoeveelheid gegevensanalyse aanzienlijk worden verminderd. De voorbereiding van de bibliotheek zal worden uitgevoerd met behulp van de doelverrijkingsassays volgens de instructies van de fabrikant. Mutatieoproepen en chromosoom 8q-amplificatie zullen worden bepaald met behulp van de Genome Analysis Toolkit (GATK)-software. Proefpersonen worden als testpositief geclassificeerd als een somatische variant met ten minste 10 variant-ondersteunende uitlezingen of een variant van het aantal kopieën met een gesegmenteerde gemiddelde dekking van ten minste 2 standaarddeviaties verwijderd van het kopie-neutrale gemiddelde wordt geïdentificeerd.

miRNA-profilering: totaal RNA uit serum wordt geïsoleerd en omgezet in cDNA, dat vervolgens wordt gekwantificeerd. Target miRNA-expressieniveaus na normalisatie van zowel technische als biologische variaties worden geanalyseerd om panelen van miRNA's te identificeren met het hoogste onderscheidingsvermogen tussen gezonde en ziektetoestanden. Elk onderwerp krijgt een score toegewezen op basis van het miRNA-expressieprofiel, wat de mogelijkheid van GC aangeeft. Het resultaat zal worden vergeleken met OGD en histologie, wat de gouden standaard is voor de diagnose van GC.

Opvolgen:

Proefpersonen zullen worden gevolgd in de kliniek of via de telefoon voor statusupdates in jaar 1 en 3. Klinische gegevens worden verzameld via een vragenlijst. Een raamperiode van 6 maanden voor of na de OGD-verjaardagsdatum is acceptabel.

Proefpersonen ondergaan een surveillance-OGD in jaar 2 en 4 om te beoordelen of de proefpersoon het eindpunt heeft bereikt. Er worden biopsieën genomen volgens het beschreven protocol. Klinische gegevens worden verzameld via een vragenlijst en de database wordt bijgewerkt. Een raamperiode van 6 maanden voor of na de OGD-verjaardagsdatum is acceptabel.

Proefpersonen zullen jaarlijks worden opgevolgd in de kliniek of via de telefoon voor statusupdates voor de jaren 5-10. Klinische gegevens worden verzameld via een vragenlijst. Een raamperiode van 6 maanden voor of na de OGD-verjaardagsdatum is acceptabel. Als de incidentie van GC op of na jaar 4 in het cohort voldoende is om de nulhypothese te verwerpen met het niveau van significantie en power zoals beschreven, kan de jaarlijkse follow-up voor jaar 5-10 worden stopgezet.

Berekening van de steekproefomvang:

De voorgestelde steekproefomvang voor de prospectieve cohortstudie werd geschat met behulp van de logrank-test voor de uitkomst van de tijd tot progressie. Uitgaande van een 4-jaars cumulatieve incidentie van progressie van respectievelijk 10% in de test-positieve groep en 3% in de test-negatieve groep (d.w.z. hazard ratio, HR = 3,5), is een steekproefomvang van 480 vereist op basis van een significantieniveau van 5% en een vermogen van 85%. Verder uitgaande van een verloop van 5%, zal de totale steekproefomvang 500 zijn.

Statistische analyse:

Categorische variabelen worden geanalyseerd met behulp van chi-kwadraattest of Fisher's exact-test. Continue variabelen worden geanalyseerd met Student's t-test of Mann-Whitney U-test. Parameters met P-waarde <0,05 in de univariate analyse worden meegenomen in de multivariate analyse. Multivariate analyse zal worden uitgevoerd met behulp van Cox-regressieanalyse. P <0,05 wordt als statistisch significant beschouwd.