Валидация молекулярного теста для стратификации риска у пациентов с кишечной метаплазией высокого риска (исследование GCEP2)

Цели:

Основная цель этого исследования — определить, может ли индивидуальный молекулярный тест проспективно идентифицировать среди пациентов с кишечной метаплазией (КМ) подгруппу пациентов с очень высоким риском дисплазии или рака желудка (РЖ). Второстепенными целями этого исследования являются подтверждение прогностической ценности панели биомаркеров микроРНК крови для прогнозирования риска РЖ, а также определение точности обнаружения инфекции Helicobacter pylori с использованием секвенирования следующего поколения и сравнение с текущими золотой стандарт, уреазный дыхательный тест.

Дизайн исследования:

Международная многоцентровая когорта для оценки клинической полезности индивидуального молекулярного теста для выявления подгруппы пациентов с ИМ с очень высоким риском развития РЖ. Целевой набор составляет 500 субъектов с IM OLGIM Этап 2-4.

Поскольку обновленный сиднейский протокол биопсии обычно не выполняется для клинических целей, и большинство субъектов будут набраны до подтверждения их стадии OLGIM на исходном уровне, некоторые субъекты будут исключены из исследования, если у них будет обнаружено отсутствие ИМ или ИМ оценивается как ИМ. OLGIM Стадия 1, на исходном уровне OGD.

Просьба к сотрудничающим центрам предоставить следующие образцы с соответствующими демографическими и клинико-патологическими данными (как указано в форме отчета о болезни): быстрозамороженная ткань и ткань FFPE из антрального отдела для выделения ДНК, сыворотка для теста на антитела к H. pylori и профилирование микроРНК. и лейкоцитарная пленка для выделения ДНК.

Регистрация:

Пациенты, осмотренные исследователями во время клиник, будут рассматриваться для включения в исследование.

Чтобы свести к минимуму количество субъектов, исключенных из исследования после исходной эндоскопии из-за того, что на исходном уровне не удалось обнаружить по крайней мере стадии 2-4 OLGIM, пациенты с умеренным или тяжелым ИМ в анамнезе в антральном отделе или теле могут быть отданы в приоритет для набора.

Исходный уровень:

1. Вопросник Субъектам будет предложено заполнить базовый вопросник, предоставив информацию о демографии, личной истории болезни, образе жизни и семейном анамнезе GC. Клинические данные и идентификаторы будут записаны.
2. Субъекты уреазного дыхательного теста голодают в течение 6 часов или в течение ночи перед прохождением уреазного дыхательного теста (УДТ). Сбор дыхания будет выполняться перед приемом внутрь мочевины 13C, а также через 10, 20 и 30 минут после приема внутрь.
3. ОГД и биопсия

Субъекты пройдут базовый OGD при белом свете высокой четкости (1080p) и биопсию, чтобы установить статус OLGIM. Видеозапись ОГД будет проводиться во время процедуры подтверждения диагноза. Биопсию слизистой оболочки желудка берут следующим образом:

• По 1 биоптату из AL, AG, IA, BL, BG по Обновленной Сиднейской системе будет зафиксировано в 4% параформальдегиде (PFA) и отправлено на гистологическое исследование
• 2 соседних биопсии в AL и 2 соседних биопсии в BL будут быстро заморожены в жидком азоте.

Места определяются следующим образом:

• AL - малая кривизна антрального отдела, в пределах 2-3 см от привратника
• АГ - большая кривизна антрального отдела, в пределах 2-3 см от привратника
• IA - угловая вырезка
• BL - малая кривизна тела, на 4 см проксимальнее угла
• БГ - средняя часть большой кривизны тела, 8 см от кардии

Если эндоскопист обнаружит подозреваемые области ИМ в антральном отделе и/или теле тела, которые находятся в пределах определенных выше мест Обновленной Сиднейской системы, тогда биопсии для гистологического исследования, а также 2 соседних замороженных биоптата должны быть взяты из этих подозреваемых областей ИМ. вместо.

Если эндоскопист обнаружит предполагаемые области ИМ в антральном отделе и/или теле тела, которые находятся за пределами определенных выше мест Обновленной Сиднейской системы, вместо этого следует взять 2 соседних замороженных биоптата из этих подозреваемых областей ИМ.

Все поражения слизистой оболочки, выявленные во время OGD, будут подвергнуты биопсии отдельно в рамках обычной клинической практики и отправлены на гистопатологическую оценку.

Замороженные образцы биопсии будут храниться в банке высококачественных тканей.

Следователи будут следовать приведенному выше протоколу. Однако они могут отклоняться от протокола, если того требуют интересы пациента.

Сбор, обработка и анализ крови:

У каждого субъекта будет взято 20 мл крови. Извлекают сыворотку, плазму и лейкоцитарную пленку.

Гистологическая оценка:

Все образцы биопсии будут оцениваться на предмет степени хронического гастрита, атрофического гастрита, наличия организмов H. pylori, ИМ и дисплазии. Они будут оцениваться с использованием обновленной Сиднейской системы. Присутствие ИМ определяется наличием шаровидных клеток на основе окрашивания гематоксилином и эозином (H&E) или положительной экспрессии альцианового синего (AB) и будет классифицироваться как легкая, умеренная и выраженная. Дисплазия будет классифицироваться по пересмотренной Венской классификации, а классификация карциномы будет соответствовать классификации опухолей ВОЗ и системе стадирования AJCC. Процент эпителиальной слизистой оболочки желудка, демонстрирующий признаки ИМ в биопсиях, будет оцениваться для определения стадии OLGIM.

Молекулярный тест:

Три основных геномных изменения — повышенная частота мутаций, изменения числа соматических копий (sCNA) и укорочение теломер — были ранее установлены, чтобы показать ассоциации с прогрессированием ИМ в дисплазию или ГК или с персистенцией ИМ. Было обнаружено, что значительная часть sCNA в образцах ИМ расположена на хромосоме 8q, где находится онкоген Myc. Индивидуальный молекулярный тест будет разработан на основе панели, в первую очередь нацеленной на области генома с периодически мутировавшими генами и амплификацию хромосомы 8q у пациентов с ИМ. Индивидуальный тест направлен на дальнейшую стратификацию пациентов с ИМ. Полная геномная ДНК будет извлечена из биопсий (замороженная ткань и FFPE) и соответствующих образцов крови. Будет применена целевая генная панель, чтобы захватить конкретные интересующие области генома, что значительно снизит стоимость и объем анализа данных. Подготовка библиотеки будет выполняться с использованием целевых анализов обогащения в соответствии с инструкциями производителя. Вызовы мутаций и амплификация хромосомы 8q будут определяться с использованием программного обеспечения Genome Analysis Toolkit (GATK). Субъекты классифицируются как тест-положительные, если идентифицируется соматический вариант с по крайней мере 10 вариантами, поддерживающими прочтения, или вариант числа копий с охватом сегментированного среднего значения по крайней мере на 2 стандартных отклонения от нейтрального к копии среднего значения.

Профилирование микроРНК: общая РНК из сыворотки выделяется и преобразуется в кДНК, которая затем определяется количественно. Целевые уровни экспрессии микроРНК после нормализации как технических, так и биологических вариаций анализируются для выявления панелей микроРНК с наивысшей дискриминационной способностью между здоровыми и болезненными состояниями. Каждому субъекту будет присвоена оценка на основе профиля экспрессии микроРНК, что указывает на возможность наличия GC. Результат будет сравниваться с OGD и гистологией, которая является золотым стандартом диагностики РЖ.

Следовать за:

Субъекты будут наблюдаться в клинике или по телефону для обновления статуса в 1-й и 3-й годы. Клинические данные будут собираться с помощью анкеты. Допускается период окна в 6 месяцев до или после годовой базовой даты OGD.

Субъекты будут проходить наблюдение OGD на 2-м и 4-м годах, чтобы оценить, достиг ли субъект конечной точки. Биопсии будут взяты в соответствии с описанным протоколом. Клинические данные будут собираться с помощью вопросника, а база данных будет обновляться. Допускается период окна в 6 месяцев до или после годовой базовой даты OGD.

Субъекты будут наблюдаться ежегодно в клинике или по телефону для обновления статуса в течение 5-10 лет. Клинические данные будут собираться с помощью анкеты. Допускается период окна в 6 месяцев до или после годовой базовой даты OGD. Если заболеваемость РЖ на 4-м году или позже среди когорты достаточна для отклонения нулевой гипотезы с уровнем значимости и мощности, как описано, ежегодное наблюдение в течение 5-10 лет может быть прекращено.

Расчет размера выборки:

Предлагаемый размер выборки для проспективного когортного исследования оценивался с использованием логрангового теста для оценки времени до прогрессирования. Предполагая, что 4-летняя кумулятивная частота прогрессирования составляет 10% в группе с положительным тестом и 3% в группе с отрицательным результатом соответственно (т. отношение рисков, HR = 3,5), потребуется размер выборки 480 исходя из уровня значимости 5% и мощности 85%. Далее, если предположить, что убыль составляет 5%, общий размер выборки составит 500 человек.

Статистический анализ:

Категориальные переменные будут проанализированы с использованием критерия хи-квадрат или точного критерия Фишера. Непрерывные переменные будут проанализированы с использованием t-критерия Стьюдента или U-критерия Манна-Уитни. Параметры со значением P <0,05 в одномерном анализе будут включены в многомерный анализ. Многофакторный анализ будет выполняться с использованием регрессионного анализа Кокса. P <0,05 считается статистически значимым.