Validering av en molekylær test for risikostratifisering av pasienter med høyrisiko intestinal metaplasi (GCEP2-studie)

Mål:

Hovedmålet med denne studien er å finne ut om en tilpasset molekylær test kan identifisere prospektivt, innenfor pasienter med intestinal metaplasi (IM), en undergruppe av pasienter med svært høy risiko for dysplasi eller gastrisk kreft (GC). De sekundære målene for denne studien er å validere den prediktive verdien til et panel av mikroRNA-biomarkører i blod for å forutsi risiko for GC, samt å bestemme nøyaktigheten av påvisning av Helicobacter pylori-infeksjon ved bruk av neste generasjons sekvensering, og sammenligne den med gjeldende gullstandard, urea-pustetest.

Studere design:

En internasjonal, multisenter-kohort for å evaluere den kliniske nytten av en tilpasset molekylær test for å identifisere en undergruppe av IM-pasienter med svært høy risiko for GC. Målrekruttering er 500 personer med IM av OLGIM trinn 2 til 4.

Siden den oppdaterte Sydney-biopsiprotokollen ikke rutinemessig utføres for kliniske formål, og de fleste forsøkspersonene vil bli rekruttert før de bekrefter OLGIM-stadiene ved baseline, vil noen forsøkspersoner bli trukket fra studien hvis de oppdages å ikke ha noen IM, eller IM vurderes å være OLGIM trinn 1, ved baseline OGD.

Samarbeidssteder blir bedt om å gi følgende prøver med tilhørende demografiske og klinikkpatologiske data (som angitt i saksrapportskjema): Snap-frosset vev og FFPE-vev fra antrum-sted for DNA-ekstraksjon, serum for H. pylori-antistofftest og miRNA-profilering , og buffy coat for DNA-ekstraksjon.

Registrering:

Pasienter som blir sett av etterforskere under klinikker vil bli vurdert for påmelding.

For å minimere antallet forsøkspersoner som blir trukket tilbake etter baseline-endoskopi på grunn av manglende påvisning av minst trinn 2-4 OLGIM ved baseline, kan pasienter med en historie med moderat eller alvorlig IM enten antrum eller kropp prioriteres for rekruttering.

Grunnlinje:

1. Spørreskjemapersonene vil bli bedt om å fylle ut et grunnleggende spørreskjema, som gir informasjon om demografi, personlig medisinsk historie, livsstil og familiehistorie til GC. Kliniske data og identifikatorer vil bli registrert.
2. Personer med ureapusteprøver vil faste i 6 timer eller over natten før de gjennomgår ureapustetesten (UBT). Pusteinnsamling vil bli utført før inntak av 13C urea, og 10 min, 20 min og 30 min etter inntak.
3. OGD og biopsier

Forsøkspersonene vil gjennomgå en baseline OGD under høyoppløselig hvitt lys (1080p) og biopsi for å fastslå OLGIM-status. Et videoopptak av OGD vil bli utført under prosedyren for validering av diagnose. Mageslimhinnebiopsier vil bli tatt som følger:

• 1 biopsi hver fra AL, AG, IA, BL, BG i henhold til det oppdaterte Sydney-systemet vil bli fikset i 4 % paraformaldehyd (PFA) og sendt til histologisk undersøkelse
• 2 tilstøtende biopsier ved AL, og 2 tilstøtende biopsier ved BL, skal hurtigfryses i flytende nitrogen

Stedene er definert som følger:

• AL - mindre krumning av antrum, innen 2-3 cm fra pylorus
• AG - større krumning av antrum, innen 2-3 cm fra pylorus
• IA - incisura angularis
• BL - mindre krumning av corpus, 4 cm proksimalt til angulus
• BG - midtre del av den større krumningen av corpus, 8 cm fra cardia

Hvis endoskopisten observerer mistenkte områder av IM i antrum og/eller corpus som er innenfor de ovenfor definerte Updated Sydney System-lokasjonene, bør biopsier for histologisk undersøkelse, samt 2 tilstøtende frosne biopsier, tas fra disse mistenkte områdene av IM. i stedet.

Skulle endoskopisten observere mistenkte områder av IM i antrum og/eller corpus som er utenfor de ovenfor definerte Updated Sydney System-stedene, bør de 2 tilstøtende frosne biopsiene tas fra disse mistenkte områdene av IM i stedet.

Alle slimhinnelesjoner identifisert under OGD vil bli biopsiert separat som en del av normal klinisk praksis og sendt til histopatologisk vurdering.

Frosne biopsiprøver vil bli lagret i en vevsbank av høy kvalitet.

Etterforskerne vil følge protokollen ovenfor. De kan imidlertid avvike fra protokollen dersom hensynet til pasienten tilsier det.

Blodinnsamling, behandling og analyser:

20 ml blod vil bli trukket fra hvert forsøksperson. Serum, plasma og buffy coat vil bli ekstrahert.

Histologisk vurdering:

Alle biopsiprøver vil bli vurdert for grad av kronisk gastritt, atrofisk gastritt, tilstedeværelse av H. pylori-organismer, IM og dysplasi. Disse vil bli skåret ved hjelp av det oppdaterte Sydney-systemet. Tilstedeværelse av IM indikeres ved tilstedeværelse av globetceller basert på hematoxylin og eosin (H&E)-farging eller Alcian Blue (AB) positivt uttrykk, og vil bli klassifisert i mild, moderat og markert. Dysplasi vil bli gradert etter den reviderte Wien-klassifiseringen, og klassifisering av karsinom vil være i henhold til WHO-klassifiseringen av svulster og AJCC-stadiesystemet. Prosentandelen av mageepitelslimhinnen som viser egenskapene til IM i biopsier vil bli evaluert for å utlede OLGIM-stadiet.

Molekylær test:

Tre viktigste genomiske endringer - økte mutasjonsfrekvenser, somatisk kopiantallsendringer (sCNAs) og telomerforkorting - ble tidligere etablert for å vise assosiasjoner med sykdomsprogresjon av IM til dysplasi eller GC, eller persistens av IM. En betydelig andel av sCNA-er i IM-prøver ble funnet å være lokalisert ved kromosom 8q, der onkogenet Myc befinner seg. En tilpasset molekylær test vil bli utviklet basert på et panel som primært retter seg mot genomiske regioner med tilbakevendende muterte gener og kromosom 8q-amplifikasjon hos IM-pasienter. Den tilpassede testen har som mål å stratifisere IM-pasienter ytterligere. Totalt genomisk DNA vil bli ekstrahert fra biopsier (frosset vev og FFPE) og matchede blodprøver. Et målrettet genpanel vil bli brukt slik at spesifikke genomiske områder av interesse blir fanget opp, noe som reduserer kostnadene og mengden av dataanalyse betydelig. Bibliotekforberedelse vil bli utført ved å bruke målanrikningsanalysene i henhold til produsentens instruksjoner. Mutasjonsanrop og kromosom 8q-amplifikasjon vil bli bestemt ved hjelp av Genome Analysis Toolkit (GATK) programvare. Forsøkspersoner klassifiseres som testpositive hvis en somatisk variant med minst 10 varianter som støtter lesninger eller en kopinummervariant med segmentert gjennomsnittsdekning på minst 2 standardavvik fra det kopinøytrale gjennomsnittet er identifisert.

miRNA-profilering: Totalt RNA fra serum isoleres og omdannes til cDNA, som deretter kvantifiseres. Mål miRNA-ekspresjonsnivåer etter normalisering av både tekniske og biologiske variasjoner analyseres for å identifisere paneler av miRNA-er med den høyeste diskriminerende kraften mellom sunne og sykdomstilstander. Hvert emne vil bli tildelt en poengsum basert på miRNA-ekspresjonsprofil, som indikerer muligheten for å ha GC. Resultatet vil bli sammenlignet med OGD og histologi som er gullstandarden for diagnose av GC.

Følge opp:

Forsøkspersonene vil bli fulgt opp på klinikken eller via telefon for statusoppdatering ved år 1 og 3. Kliniske data vil bli samlet inn gjennom et spørreskjema. En vindusperiode på 6 måneder før eller etter årsdagen for grunnlinje OGD-datoen er akseptabel.

Forsøkspersoner vil gjennomgå en overvåking OGD ved år 2 og 4 for å vurdere om forsøkspersonen har nådd endepunktet. Biopsier vil bli tatt i henhold til protokollen beskrevet. Kliniske data vil bli samlet inn gjennom et spørreskjema og databasen oppdateres. En vindusperiode på 6 måneder før eller etter årsdagen for grunnlinje OGD-datoen er akseptabel.

Forsøkspersonene vil bli fulgt opp årlig på klinikken eller via telefon for statusoppdatering for år 5-10. Kliniske data vil bli samlet inn gjennom et spørreskjema. En vindusperiode på 6 måneder før eller etter årsdagen for grunnlinje OGD-datoen er akseptabel. Skulle forekomsten av GC ved eller etter år 4 blant kohorten være tilstrekkelig til å forkaste nullhypotesen med nivået av signifikans og kraft som beskrevet, kan årlig oppfølging for år 5-10 avbrytes.

Eksempelstørrelsesberegning:

Den foreslåtte prøvestørrelsen for den prospektive kohortstudien ble estimert ved å bruke logrank-testen for tid-til-progresjon-utfallet. Forutsatt en 4-års kumulativ forekomst av progresjon på henholdsvis 10 % i den testpositive gruppen og 3 % i den testnegative gruppen (dvs. hazard ratio, HR = 3,5), vil en prøvestørrelse på 480 være nødvendig basert på et signifikansnivå på 5 % og en potens på 85 %. Videre forutsatt en avgang på 5 %, vil den totale prøvestørrelsen være 500.

Statistisk analyse:

Kategoriske variabler vil bli analysert ved hjelp av kjikvadrattest eller Fishers eksakte test. Kontinuerlige variabler vil bli analysert ved hjelp av Students t-test eller Mann-Whitney U-test. Parametere med P-verdi <0,05 i den univariate analysen vil inkluderes i den multivariate analysen. Multivariat analyse vil bli utført ved bruk av Cox regresjonsanalyse. P <0,05 anses å være statistisk signifikant.