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DNA Analysis of Tumor Tissue Samples From Patients With Diffuse Brain Stem Glioma

25. Juli 2016 aktualisiert von: St. Jude Children's Research Hospital

Comprehensive Molecular Analysis of Tumor Samples Derived From Patients With Diffuse Brainstem Glioma - A Pilot Study

This multi-institutional study will prospectively collect tumor and constitutional tissue samples from patients with diffuse brainstem glioma and other types of brainstem gliomas either during therapy or at autopsy to perform an extensive analysis of genetic and molecular abnormalities in these tumors.

Studienübersicht

Status

Abgeschlossen

Bedingungen

Detaillierte Beschreibung

Since very little is known about the biology of diffuse brainstem glioma, the goal of this protocol is to undertake a systematic analysis of DNA abnormalities, and of RNA and protein expression in prospectively collected fresh-frozen and fixed tumor samples and correspondent normal tissue from patients affected with this tumor.

OBJECTIVES:

  • Perform genome-wide analysis of DNA gains and losses and RNA expression in tumor samples and normal tissue from patients with diffuse brain stem glioma.
  • Identify regions of genomic gain or loss using either array comparative genomic hybridization or single nucleotide polymorphism arrays.
  • Investigate genome-wide expression patterns of RNA derived from tumor samples and normal tissue from these patients via Affymetrix gene expression profiling.
  • Validate the results of the genome-wide analysis by conducting further evaluation of candidate genes or by investigating the expression of relevant gene products at the RNA and protein levels.
  • Perform analysis of mutations in candidate tumor-suppressor genes and oncogenes (including whole genome sequencing studies) using direct sequence analysis of tumor DNA and confirm the tumor-specific nature of these mutations by analyzing the correspondent constitutional DNA.
  • Confirm genomic gains or losses identified by means of fluorescence in situ hybridization (FISH) performed on tissue microarray using non-neoplastic brain tissue from each patient as control when available.
  • Explore protein expression patterns identified by immunohistochemistry or western blot and compare them to normal brain stem tissue.
  • To obtain a follow-up (questionnaire and/or telephone interview) after autopsy with parent(s), legal guardian(s), or family members of research participants in the United States to assess aspects associated with this procedure, including potential benefits and drawbacks

Studientyp

Beobachtungs

Einschreibung (Tatsächlich)

81

Kontakte und Standorte

Dieser Abschnitt enthält die Kontaktdaten derjenigen, die die Studie durchführen, und Informationen darüber, wo diese Studie durchgeführt wird.

Studienorte

  • Vereinigte Staaten
    • California
      • Palo Alto, California, Vereinigte Staaten, 94305
        • Stanford University Medical Center
    • Tennessee
      • Memphis, Tennessee, Vereinigte Staaten, 38105
        • St. Jude Children's Research Hospital
    • Washington
      • Seattle, Washington, Vereinigte Staaten, 98105
        • Seattle Children's Hospital

Teilnahmekriterien

Forscher suchen nach Personen, die einer bestimmten Beschreibung entsprechen, die als Auswahlkriterien bezeichnet werden. Einige Beispiele für diese Kriterien sind der allgemeine Gesundheitszustand einer Person oder frühere Behandlungen.

Zulassungskriterien

Studienberechtigtes Alter

Nicht älter als 18 Jahre (Kind, Erwachsene)

Akzeptiert gesunde Freiwillige

Nein

Studienberechtigte Geschlechter

Alle

Probenahmeverfahren

Nicht-Wahrscheinlichkeitsprobe

Studienpopulation

Fresh-frozen and fixed tumor samples and correspondent normal tissue from patients affected with this tumor (peripheral blood is applicable only to patients with focal brainstem gliomas and patients who undergo biopsy of a diffuse brainstem glioma at diagnosis)

Beschreibung

Inclusion Criteria

  • Patients of any age with clinical and radiologic diagnosis of diffuse brainstem glioma
  • Patients with other high-grade gliomas originating in the brainstem
  • Patients with focal gliomas (WHO grade I/II) of the brainstem
  • Enrollment in the current version of the St. Jude Tissue Bank protocol for patients whose tissue samples were obtained at diagnosis and who received treatment at St. Jude Children's Research Hospital (SJCRH), or correspondent tissue banking consent for patients treated in other institutions if tissue was obtained prior to death (as applicable, depending on the standard of each institution)

Exclusion Criteria

  • Patients with any type of infiltrative low-grade (WHO grade II) or high-grade glioma (WHO grade III and IV) originating outside the brainstem
  • Patients harboring primary brainstem tumors with other histologic diagnoses (e.g., PNET)

Studienplan

Dieser Abschnitt enthält Einzelheiten zum Studienplan, einschließlich des Studiendesigns und der Messung der Studieninhalte.

Wie ist die Studie aufgebaut?

Designdetails

Kohorten und Interventionen

Gruppe / Kohorte
Tumor Samples
fresh-frozen and fixed tumor samples and correspondent normal tissue from patients affected with this tumor.(peripheral blood is applicable only to patients with focal brainstem gliomas and patients who undergo biopsy of a diffuse brainstem glioma at diagnosis)

Was misst die Studie?

Primäre Ergebnismessungen

Ergebnis Maßnahme
Maßnahmenbeschreibung
Zeitfenster
DNA gains and losses and RNA expression in tumor samples and normal tissue
Zeitfenster: at autopsy
Tissue samples will be obtained at autopsy.
at autopsy
Genome-wide expression patterns of RNA in tumor samples and normal tissue as assessed by Affymetrix gene expression profiling
Zeitfenster: at autopsy
Tissue samples will be obtained at autopsy.
at autopsy
Validation of results of the genome-wide analysis
Zeitfenster: at autopsy
Tissue samples will be obtained at autopsy.
at autopsy
Mutations in candidate tumor-suppressor genes and oncogenes as assessed by direct sequencing analysis of tumor DNA
Zeitfenster: at autopsy
Tissue samples will be obtained at autopsy.
at autopsy
Confirmation of the tumor-specific nature of candidate tumor-suppressor gene and oncogene mutation as assessed by the correspondent constitutional DNA
Zeitfenster: at autopsy
Tissue samples will be obtained at autopsy.
at autopsy
Confirmation of genomic gains or losses as assessed by fluorescence in situ hybridization (FISH) performed on tissue microarray (TMA) using non-neoplastic brain tissue
Zeitfenster: at autopsy
Tissue samples will be obtained at autopsy.
at autopsy
Protein expression patterns as assessed by immunohistochemistry or western blot compared to normal brain stem tissue
Zeitfenster: at autopsy
Tissue samples will be obtained at autopsy.
at autopsy

Sekundäre Ergebnismessungen

Ergebnis Maßnahme
Maßnahmenbeschreibung
Zeitfenster
Assess aspects associated with this procedure, including potential benefits and drawbacks
Zeitfenster: at autopsy
Tissue samples will be obtained at autopsy.
at autopsy

Mitarbeiter und Ermittler

Hier finden Sie Personen und Organisationen, die an dieser Studie beteiligt sind.

Sponsor

St. Jude Children's Research Hospital

Ermittler

  • Hauptermittler: Alberto Broniscer, MD, St. Jude Children's Research Hospital

Publikationen und hilfreiche Links

Die Bereitstellung dieser Publikationen erfolgt freiwillig durch die für die Eingabe von Informationen über die Studie verantwortliche Person. Diese können sich auf alles beziehen, was mit dem Studium zu tun hat.

Nützliche Links

Studienaufzeichnungsdaten

Diese Daten verfolgen den Fortschritt der Übermittlung von Studienaufzeichnungen und zusammenfassenden Ergebnissen an ClinicalTrials.gov. Studienaufzeichnungen und gemeldete Ergebnisse werden von der National Library of Medicine (NLM) überprüft, um sicherzustellen, dass sie bestimmten Qualitätskontrollstandards entsprechen, bevor sie auf der öffentlichen Website veröffentlicht werden.

Haupttermine studieren

Studienbeginn

1. Juni 2006

Primärer Abschluss (Tatsächlich)

1. August 2015

Studienabschluss (Tatsächlich)

1. August 2015

Studienanmeldedaten

Zuerst eingereicht

9. Mai 2009

Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat

9. Mai 2009

Zuerst gepostet (Schätzen)

12. Mai 2009

Studienaufzeichnungsaktualisierungen

Letztes Update gepostet (Schätzen)

26. Juli 2016

Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt

25. Juli 2016

Zuletzt verifiziert

1. Juli 2016

Mehr Informationen

Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie

Schlüsselwörter

Zusätzliche relevante MeSH-Bedingungen

Andere Studien-ID-Nummern

  • NBTP02-SJ

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