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DNA Analysis of Tumor Tissue Samples From Patients With Diffuse Brain Stem Glioma

25 luglio 2016 aggiornato da: St. Jude Children's Research Hospital

Comprehensive Molecular Analysis of Tumor Samples Derived From Patients With Diffuse Brainstem Glioma - A Pilot Study

This multi-institutional study will prospectively collect tumor and constitutional tissue samples from patients with diffuse brainstem glioma and other types of brainstem gliomas either during therapy or at autopsy to perform an extensive analysis of genetic and molecular abnormalities in these tumors.

Panoramica dello studio

Stato

Completato

Condizioni

Descrizione dettagliata

Since very little is known about the biology of diffuse brainstem glioma, the goal of this protocol is to undertake a systematic analysis of DNA abnormalities, and of RNA and protein expression in prospectively collected fresh-frozen and fixed tumor samples and correspondent normal tissue from patients affected with this tumor.

OBJECTIVES:

  • Perform genome-wide analysis of DNA gains and losses and RNA expression in tumor samples and normal tissue from patients with diffuse brain stem glioma.
  • Identify regions of genomic gain or loss using either array comparative genomic hybridization or single nucleotide polymorphism arrays.
  • Investigate genome-wide expression patterns of RNA derived from tumor samples and normal tissue from these patients via Affymetrix gene expression profiling.
  • Validate the results of the genome-wide analysis by conducting further evaluation of candidate genes or by investigating the expression of relevant gene products at the RNA and protein levels.
  • Perform analysis of mutations in candidate tumor-suppressor genes and oncogenes (including whole genome sequencing studies) using direct sequence analysis of tumor DNA and confirm the tumor-specific nature of these mutations by analyzing the correspondent constitutional DNA.
  • Confirm genomic gains or losses identified by means of fluorescence in situ hybridization (FISH) performed on tissue microarray using non-neoplastic brain tissue from each patient as control when available.
  • Explore protein expression patterns identified by immunohistochemistry or western blot and compare them to normal brain stem tissue.
  • To obtain a follow-up (questionnaire and/or telephone interview) after autopsy with parent(s), legal guardian(s), or family members of research participants in the United States to assess aspects associated with this procedure, including potential benefits and drawbacks

Tipo di studio

Osservativo

Iscrizione (Effettivo)

81

Contatti e Sedi

Questa sezione fornisce i recapiti di coloro che conducono lo studio e informazioni su dove viene condotto lo studio.

Luoghi di studio

  • Stati Uniti
    • California
      • Palo Alto, California, Stati Uniti, 94305
        • Stanford University Medical Center
    • Tennessee
      • Memphis, Tennessee, Stati Uniti, 38105
        • St. Jude Children's Research Hospital
    • Washington
      • Seattle, Washington, Stati Uniti, 98105
        • Seattle Children's Hospital

Criteri di partecipazione

I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.

Criteri di ammissibilità

Età idonea allo studio

Non più vecchio di 18 anni (Bambino, Adulto)

Accetta volontari sani

No

Sessi ammissibili allo studio

Tutto

Metodo di campionamento

Campione non probabilistico

Popolazione di studio

Fresh-frozen and fixed tumor samples and correspondent normal tissue from patients affected with this tumor (peripheral blood is applicable only to patients with focal brainstem gliomas and patients who undergo biopsy of a diffuse brainstem glioma at diagnosis)

Descrizione

Inclusion Criteria

  • Patients of any age with clinical and radiologic diagnosis of diffuse brainstem glioma
  • Patients with other high-grade gliomas originating in the brainstem
  • Patients with focal gliomas (WHO grade I/II) of the brainstem
  • Enrollment in the current version of the St. Jude Tissue Bank protocol for patients whose tissue samples were obtained at diagnosis and who received treatment at St. Jude Children's Research Hospital (SJCRH), or correspondent tissue banking consent for patients treated in other institutions if tissue was obtained prior to death (as applicable, depending on the standard of each institution)

Exclusion Criteria

  • Patients with any type of infiltrative low-grade (WHO grade II) or high-grade glioma (WHO grade III and IV) originating outside the brainstem
  • Patients harboring primary brainstem tumors with other histologic diagnoses (e.g., PNET)

Piano di studio

Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.

Come è strutturato lo studio?

Dettagli di progettazione

Coorti e interventi

Gruppo / Coorte
Tumor Samples
fresh-frozen and fixed tumor samples and correspondent normal tissue from patients affected with this tumor.(peripheral blood is applicable only to patients with focal brainstem gliomas and patients who undergo biopsy of a diffuse brainstem glioma at diagnosis)

Cosa sta misurando lo studio?

Misure di risultato primarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
DNA gains and losses and RNA expression in tumor samples and normal tissue
Lasso di tempo: at autopsy
Tissue samples will be obtained at autopsy.
at autopsy
Genome-wide expression patterns of RNA in tumor samples and normal tissue as assessed by Affymetrix gene expression profiling
Lasso di tempo: at autopsy
Tissue samples will be obtained at autopsy.
at autopsy
Validation of results of the genome-wide analysis
Lasso di tempo: at autopsy
Tissue samples will be obtained at autopsy.
at autopsy
Mutations in candidate tumor-suppressor genes and oncogenes as assessed by direct sequencing analysis of tumor DNA
Lasso di tempo: at autopsy
Tissue samples will be obtained at autopsy.
at autopsy
Confirmation of the tumor-specific nature of candidate tumor-suppressor gene and oncogene mutation as assessed by the correspondent constitutional DNA
Lasso di tempo: at autopsy
Tissue samples will be obtained at autopsy.
at autopsy
Confirmation of genomic gains or losses as assessed by fluorescence in situ hybridization (FISH) performed on tissue microarray (TMA) using non-neoplastic brain tissue
Lasso di tempo: at autopsy
Tissue samples will be obtained at autopsy.
at autopsy
Protein expression patterns as assessed by immunohistochemistry or western blot compared to normal brain stem tissue
Lasso di tempo: at autopsy
Tissue samples will be obtained at autopsy.
at autopsy

Misure di risultato secondarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Assess aspects associated with this procedure, including potential benefits and drawbacks
Lasso di tempo: at autopsy
Tissue samples will be obtained at autopsy.
at autopsy

Collaboratori e investigatori

Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.

Sponsor

St. Jude Children's Research Hospital

Investigatori

  • Investigatore principale: Alberto Broniscer, MD, St. Jude Children's Research Hospital

Pubblicazioni e link utili

La persona responsabile dell'inserimento delle informazioni sullo studio fornisce volontariamente queste pubblicazioni. Questi possono riguardare qualsiasi cosa relativa allo studio.

Collegamenti utili

Studiare le date dei record

Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.

Studia le date principali

Inizio studio

1 giugno 2006

Completamento primario (Effettivo)

1 agosto 2015

Completamento dello studio (Effettivo)

1 agosto 2015

Date di iscrizione allo studio

Primo inviato

9 maggio 2009

Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità

9 maggio 2009

Primo Inserito (Stima)

12 maggio 2009

Aggiornamenti dei record di studio

Ultimo aggiornamento pubblicato (Stima)

26 luglio 2016

Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC

25 luglio 2016

Ultimo verificato

1 luglio 2016

Maggiori informazioni

Termini relativi a questo studio

Parole chiave

Termini MeSH pertinenti aggiuntivi

Altri numeri di identificazione dello studio

  • NBTP02-SJ

Queste informazioni sono state recuperate direttamente dal sito web clinicaltrials.gov senza alcuna modifica. In caso di richieste di modifica, rimozione o aggiornamento dei dettagli dello studio, contattare register@clinicaltrials.gov. Non appena verrà implementata una modifica su clinicaltrials.gov, questa verrà aggiornata automaticamente anche sul nostro sito web .

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