Secuenciación del Genoma Completo en la Unidad de Cuidados Intensivos Neonatales

1.0 Objetivos

1.1 Objetivos del estudio El objetivo de este proyecto de investigación es evaluar el potencial para aplicar la secuenciación del genoma completo (WGS) como herramienta de diagnóstico en la unidad de cuidados intensivos neonatales. Los niños recién nacidos que requieren tratamiento en la unidad de cuidados intensivos neonatales (UCIN) a menudo sufren defectos genéticos, cuya naturaleza es difícil de diagnosticar. Los investigadores actualmente conocen más de 5000 genes en los que las mutaciones pueden causar enfermedades que pueden afectar a los niños recién nacidos, por lo que determinar cuál es responsable de la enfermedad de un nuevo paciente neonatal es desalentador. Sin embargo, muchas de estas enfermedades pueden tratarse eficazmente si se diagnostican a tiempo. Los investigadores proponen utilizar nuevos instrumentos de secuenciación junto con herramientas analíticas rápidas para secuenciar pacientes de la UCIN junto con ambos padres para identificar si un paciente porta una mutación de novo o variantes heterocigotas compuestas en uno de los genes de enfermedades conocidas. Si es así, la mutación se confirmará en un laboratorio CLIA interno y los resultados se proporcionarán dentro de las 72 horas a los neonatólogos asistentes para informar las decisiones de tratamiento.

1.2 Criterios de valoración primarios del estudio

El objetivo principal de este protocolo será una evaluación del grado en que WGS mejora el diagnóstico de los pacientes ingresados ​​en la UCIN. Los investigadores proponen realizar la secuenciación en aproximadamente 50 pacientes en el transcurso de este proyecto. Los investigadores evaluarán de forma continua la tasa de éxito para identificar defectos genéticos clínicamente procesables en los pacientes seleccionados, particularmente porque eso informaría los criterios de selección iniciales utilizados para inscribir al paciente. Esta información será útil para determinar si dichos esfuerzos de secuenciación pueden mejorar el resultado de los pacientes de la UCIN y qué clase de pacientes es más probable que se beneficie del procedimiento.

1.3 Criterios de valoración secundarios del estudio

Un segundo objetivo será una evaluación de la eficacia de la secuenciación dirigida del exoma completo o de un panel de 5000 genes para identificar los defectos genéticos revelados por la secuenciación del genoma completo y el costo relativo en dinero y tiempo de los diversos enfoques. Esto podría producir un método significativamente más eficiente y rentable que el que se describe actualmente en otro lugar.

Finalmente, los investigadores proponen usar los datos para comenzar a desarrollar un análisis de costo-beneficio de WGS en la UCIN. Los investigadores evaluarán hasta qué punto la WGS proporcionó un diagnóstico distinto del propuesto inicialmente por los neonatólogos y hasta qué punto ese cambio en el diagnóstico alteró el régimen de tratamiento. Si el nuevo diagnóstico, de hecho, alteró el tratamiento, los investigadores usarían datos históricos para evaluar el grado en que ese tratamiento alterado afectó la cantidad de días que el paciente permaneció en la UCIN. Luego, los investigadores pueden estimar el ahorro/pérdida de costos como el número de días ahorrados en la UCIN multiplicado por el costo por día de residencia en la UCIN versus el costo de realizar la secuenciación en toda la cohorte de pacientes secuenciados. Si bien esto no es tan riguroso como un ensayo clínico aleatorizado, indicaría si esta es una metodología que vale la pena explorar en mayor profundidad.