Relevancia clínica de DNMT y HDAC Gene SNP en la respuesta a la terapia con decitabina para el síndrome mielodisplásico

Este estudio incluirá a los pacientes que firmaron el formulario de consentimiento informado del sujeto entre los pacientes con SMD que fueron elegidos para ser tratados con Decitabina (Parte I), más 140 pacientes adicionales con SMD como control histórico (Parte II). Se incluirán aproximadamente 68 pacientes que cumplan con los siguientes criterios de inclusión y exclusión en el estudio de la Parte I.

La recolección prospectiva de ADN de sangre periférica se realizará en los pacientes con SMD antes de comenzar la terapia con decitabina. Evaluaremos la eficacia de la terapia con decitabina de acuerdo con los SNP del gen DNMT o HDAC en términos de los siguientes parámetros: 1) respuesta hematolótica (HR) o mejoría (HI), o requerimiento de dosis de decitabina para lograr HR o HI, 2) completa (CR ) o respuesta parcial (RP), o requerimiento de dosis de decitabina para lograr RC o PR, y 3) tiempo hasta la recaída o progresión del SMD.

El genotipado se realizará utilizando la plataforma Sequenom® iPLEX™, de acuerdo con las instrucciones del fabricante (www.sequenom.com; Sequenom Inc, San Diego, CA, EE. UU.). Las muestras de sangre entera se obtendrán de acuerdo con la declaración de Helsinki. El ADN se extraerá utilizando el kit de purificación de ADN Puregene (Gentra Systems Inc, Minneapolis, MN, EE. UU.). La detección de SNP se realizará mediante el análisis de productos de extensión de cebadores generados a partir de ADN genómico previamente amplificado utilizando una plataforma de espectrometría de masas de tiempo de vuelo de desorción / ionización láser asistida por matriz Sequenom (MALDI-TOF). Los ensayos Multiplex SNP se diseñarán utilizando el software SpectroDesigner (Sequenom). Noventa y seis placas de pocillos que contienen 2,5 ng de ADN en cada pocillo se amplificarán mediante PCR siguiendo las especificaciones de Sequenom. Los nucleótidos no incorporados en el producto de PCR se desactivarán utilizando fosfatasa alcalina de camarón. Las reacciones de discriminación de alelos se llevarán a cabo agregando los cebadores de extensión, la ADN polimerasa y una mezcla de cóctel de trifosfatos de desoxinucleótidos y trifosfatos de didesoxinucleótidos a cada pocillo. Se agregará resina limpia MassExtend (Sequenom) a la mezcla para eliminar las sales extrañas que podrían interferir con el análisis MALDI-TOF. Los productos de extensión de imprimación se limpiarán y se colocarán en un SpectroChip. Los genotipos se determinarán colocando una alícuota de cada muestra en un SpectroChip 384 (Sequenom), que posteriormente se lee con el espectrómetro de masas MALDI-TOF.

Todas las pruebas estadísticas serán bilaterales con un nivel de significación establecido en 0,05, a menos que se indique lo contrario. Los datos estadísticos se obtendrán utilizando un SAS versión 9.1 (SAS Institute, Cary NC, EE. UU.). Los siguientes son los puntos finales del estudio.

1. Datos de evaluación del criterio de valoración principal

   • Tasa de respuesta: Se obtendrá una tasa de respuesta y se estimará su intervalo de confianza para ser evaluado mediante la prueba de chi-cuadrado. Si se deben controlar los principales puntos finales que pueden influir en la evaluación final, se realizarán análisis estratificados (Cochran-Mantel-Haenzel, etc.). Si se deben controlar todos los criterios de valoración característicos de los sujetos, se utilizará el modelo de regresión logística para el análisis.

2. Datos de evaluación del criterio de valoración secundario

   • Supervivencia global: se evaluará la supervivencia desde el día del registro hasta el fallecimiento mediante el método de Kaplan-Meier.
   • Supervivencia libre de progresión: El tiempo de progresión de MDS a AML y muerte por cualquier causa. La supervivencia libre de progresión se analizará mediante el método de Kaplan-Meier.