Seuraavan sukupolven normaalien kudosten sekvensointi tulevaisuuden onkologisilla lapsipotilailla
Genomit lapsille (G4K)
Seuraavan sukupolven sekvensointitekniikoiden (NGS) kehittäminen, mukaan lukien koko genomi (WGS), exome (WES) ja RNA-sekvensointi, on mullistanut tutkijoiden kyvyn tiedustella kasvaimen muodostumisen taustalla olevia molekyylimekanismeja. Pediatric Cancer Genome Project (PCGP) -hankkeen kautta St. Jude Children's Research Hospitalin (SJCRH) tutkijat ovat menestyksekkäästi käyttäneet NGS-lähestymistapoja arvioidakseen yli 1000 lasten syöpää hematologisista pahanlaatuisista kasvaimista keskushermoston (CNS) ja ei-CNS-kiinteisiin kasvaimiin. . Näistä ja niihin liittyvistä tutkimuksista on käynyt selväksi, että genomiset lähestymistavat voivat luokitella kasvaimet tarkasti erilaisiin patologisiin ja prognostisiin alatyyppeihin ja havaita muutoksia solujen reiteissä, jotka voivat toimia uusina terapeuttisina kohteina. Yhdessä nämä tutkimukset viittaavat siihen, että karakterisoimalla yksittäisten kasvainten genomirakennetta tutkijat voivat kehittää yksilöllisiä ja mahdollisesti tehokkaampia syövänhoitoja ja/tai ehkäiseviä toimenpiteitä.
Tämä protokolla otettiin alun perin käyttöön NGS-lähestymistapojen tuomiseksi rutiininomaiseen kliiniseen hoitoon. G4K-protokollan alkuvaiheessa 310 osallistujaa rekrytoitiin ja otettiin mukaan tutkimukseen. Kasvain- ja/tai ituradan sekvensointi suoritettiin kaikille 310 potilaalle, ja luotiin 253 somaattista raporttia (edustivat 96 % niistä 263 osallistujasta, joille kasvainkudosta oli saatavilla ja analysoitiin) ja 301 iturataraporttia (100 % niistä 301 osallistujasta, jotka suostuivat ituradan tulosten vastaanottaminen). Tutkimustietojen analyysit jatkuvat ja suunnitelmissa on valmistella ensimmäiset käsikirjoitukset seuraavien kuukausien aikana. G4K-protokollan onnistuneen alkuvaiheen toteutuksen ansiosta kasvain- ja ituratanäytteiden kliinistä genomista sekvensointia tarjotaan nyt osana tavanomaista kliinistä hoitoa onkologisille lapsipotilaille St. Judessa.
G4K-protokollaa on nyt tarkistettu. Tarkistuksen myötä tutkimusryhmä tallentaa, tallentaa ja analysoi ituradan ja kasvaimen genomista tietoa. Keräämällä näitä tietoja tutkimme, kuinka ituradan mutaatiot 150 syöpäalttiusgeenissä vaikuttavat kliiniseen esitykseen, kasvaimen histologiaan, kasvaimen genomilöydöksiin, hoitovasteeseen ja pitkän aikavälin tuloksiin. Tämän tutkimuksen yleistavoitteena on edelleen määritellä näiden geenien ituratavarianttien esiintyvyys, spektri ja periytyvyys sekä selvittää, kuinka ituratamutaatiot vaikuttavat kasvavan joukon syöpäalttiusoireyhtymien fenotyyppejä. Nämä tutkimukset antavat meille mahdollisuuden tarjota tarkempia geneettisiä neuvonta- ja hallintastrategioita tuleville lapsille, joilla on mutaatioita näissä geeneissä.
Tämä on edelleen ei-terapeuttinen tutkimus. Tutkijat arvioivat noin 5 000 potilasta, jotka rekrytoidaan seuraavien 7 vuoden aikana.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Tila
Ehdot
Ehdot
Interventio / Hoito
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
ENSISIJAISET TAVOITTEET:
- Käytä kliinistä genomista sekvensointia määrittämään ituradan mutaatioiden esiintyvyys ja kirjo syöpäalttiusgeeneissä syöpää sairastavilla lapsilla.
- Niille, joilla on ituradan mutaatioita, sukusolujen genomisen tiedon korreloimiseksi kliinisen esityksen, kasvaimen genomilöydösten, hoitovasteen ja lopputuloksen kanssa.
MUUT ENNAKKOASETETUT TAVOITTEET:
- Luoda ja analysoida dataa, joka kuvaa potilaiden/vanhempien käsityksiä genomitutkimuksista ja tutkimuksesta eri ajankohtina koko tutkimuksen ajan.
- Genomisekvensointitulosten palauttamista koskevien tietojen luomiseksi ja analysoimiseksi tutki potilaiden/vanhempien ymmärrystä näistä tuloksista ja arvioi tulosten vaikutusta potilaisiin ja perheisiin.
- Määrittää WES- ja RNA-sekvensoinnin toteutettavuus ja luotettavuus johdannaisille, jotka on saatu formaliinilla kiinnitetyistä, parafiiniin upotetuista (FFPE) kasvainnäytteistä yhdessä vastaavien jäädytettyjen kasvain- ja ituratanäytteiden analyysin kanssa.
Osallistujilta, jotka antavat suostumuksensa, otetaan normaali kudosnäyte, jota käytetään WGS-, WES- ja RNA-sekvenssianalyysiin. Määritelty 150 geenin luettelo analysoidaan raportointiin käyttämällä normaalia kudosta. Kun näiden analyysien tulokset ovat saatavilla, ne julkistetaan lääkäreille, potilaille ja vanhemmille. Sekamittausmenetelmiä käytetään arvioitaessa genomitulosten ymmärtämistä, hyväksyntää ja vaikutusta potilaisiin ja vanhempiin. Tutkimuksen aikana tutkijat ennakoivat listan geeneistä, jotka raportoidaan normaalikudoksen avulla muuttuvan kirjallisuuden tai muun lisägeenien kasvaimen muodostumiseen ja syöpäriskiin yhdistävän todisteen johdosta, ja uusia listoja voidaan määritellä.
Palveluntarjoajan, potilaan ja perheen ymmärryksen arvioimiseksi sekä genomitestauksen vaikutusten ja tulosten palauttamisen kuvailemiseksi tässä tutkimuksessa käsitellään myös kyselyiden hallinnointia ja puolistrukturoituja haastatteluja. Kyselyt ja haastattelut ovat valinnaisia, mutta niitä tarjotaan kaikille ensisijaisille SJCRH-palveluntarjoajille sekä kaikille osallistujille ja vanhemmille riippumatta siitä, suostuvatko he genomitestaukseen vai eivät.
Verinäyte tai ihobiopsia otetaan ituradan DNA:n lähteeksi. Tämä näyte on välttämätön, koska se on vertailuaine, jota vastaan kasvainnäytteet arvioidaan. Ihobiopsiat voidaan tehdä potilaille, joilla on diagnoosi, jossa perifeerinen veri on todennäköisesti kasvainsolujen saastuttama.
Opintotyyppi
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
Ilmoittautuminen
Yhteystiedot ja paikat
Opiskeluyhteys
Opiskeluyhteys
- Nimi: Kim E. Nichols, MD
- Puhelinnumero: 888-226-4343
- Sähköposti: referralinfo@stjude.org
Opiskelupaikat
-
-
Tennessee
-
Memphis, Tennessee, Yhdysvallat, 38105
- Rekrytointi
- St. Jude Children's Research Hospital
-
Päätutkija:
- Kim E. Nichols, MD
-
Ottaa yhteyttä:
- Kim E. Nichols, MD
- Puhelinnumero: 888-226-4343
- Sähköposti: referralinfo@stjude.org
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Lapsi
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- St. Jude -potilaat, jotka tunnistettiin prospektiivisesti tutkimuksen aktivoinnin aikana diagnosoiduksi kiinteäksi tai nestemäiseksi kasvaimeksi (hyvänlaatuinen tai pahanlaatuinen).
- Riittävä kudos on oltava saatavilla (esim. riittävä iturata ja/tai kasvainkudos, josta on eristettävä > 1 µg DNA:ta ja > 0,1 µg RNA:ta). Potilaat, joilla ei ole saatavilla kasvainkudosta, voivat ilmoittautua käyttämällä vain ituradan näytettä.
Poissulkemiskriteerit:
- Aiempi hematopoieettisten kantasolujen siirto (tai muu tila, joka johtaisi siihen, että hematopoieettisen solun DNA ei täsmää isäntäkudoksen DNA:han).
- Kasvain tai ituradan kudos ei täytä yllä lueteltuja kriteerejä.
- Tutkimukseen osallistuvan tai laillisen huoltajan/edustajan kyvyttömyys tai haluttomuus antaa kirjallinen tietoinen suostumus.
- Osallistujat, jotka eivät osaa lukea, kirjoittaa tai keskustella sujuvasti englanniksi, suljetaan ennalta määriteltyjen tavoitteiden 3 ja 4 ulkopuolelle.
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Havaintomallit: Kohortti
- Aikanäkymät: Tulevaisuuden
Ryhmien/kohorttien lukumäärä
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/KohorttiRyhmä/Kohortti |
Interventio / HoitoInterventio / Hoito |
|---|---|
|
Osallistujat
St. Jude -potilaat, joilla on diagnosoitu kiinteä tai nestemäinen kasvain (hyvänlaatuinen tai pahanlaatuinen) ja heidän biologiset vanhempansa tai laillisesti valtuutettu edustaja. Interventiot: Tutkimuksen johdantokäynti, tietoon perustuva suostumuskäynti, tietoon perustuvan suostumuksen seurantakäynti, tulosten palautuskeskustelu, kaksi tulosten palauttamista koskevaa seurantakäyntiä, kudosnäyte (jos saatavilla), verinäyte tai ihobiopsia. |
Osallistujat tapaavat 5±3 viikon kuluessa SJCRH:lle saapumisesta tai osallistujan/perheen mukavuudesta riippuen geneettisen neuvonantajan ja kliinikon kanssa, antavat tietoa perheen sukutaulusta, käyvät läpi fyysisen tutkimuksen ja keskustelevat ituradan testausvaihtoehdoista.
Opintojakson esittelymateriaalit tarjotaan.
G4K-tutkimuksesta kiinnostuneet perheet ohjataan tutkimussairaanhoitajan tai muun G4K-jäsenen puoleen ja sovitaan tietoinen suostumuskäynti.
Tutkimussairaanhoitaja tai muu tutkimusryhmän jäsen hyväksyy perheen ja kerää demografisia ja lääketieteellisiä tietoja 1±3 viikon kuluessa tutustumiskäynnistä tai osallistujalle/perheelle sopivassa tilanteessa.
Osallistujat täyttävät arviointilomakkeet.
Muut nimet:
Osallistujat täyttävät arviointilomakkeet.
Muut nimet:
Potilailta, jotka eivät ole aiemmin toimittaneet verinäytettä, otetaan verinäyte ituradan DNA:n lähteeksi.
Muut nimet:
Suostumuksen jälkeen osallistujille, joilla on diagnoosi, jossa perifeerinen veri on todennäköisesti kasvainsolujen saastuttama, voidaan tehdä ihobiopsia ituradan DNA:n lähteenä.
Muut nimet:
Ilmoittautumisen yhteydessä tai sen jälkeen, mutta ennen gerline-tulosten julkistamista tai osallistujalle/perheelle sopivalla tavalla, osa osallistujista (30–40) osallistuu puolistrukturoituihin haastatteluihin.
Muut nimet:
Tulosten palauttamisen seurantakäyntejä tehdään kahdesti: ensimmäinen 8±4 viikon kuluessa tuloskeskustelusta tai osallistujan/perheen mukavuudesta ja toinen 28 ± 4 viikon kuluessa tuloskeskustelusta tai klo. osallistujan/perheen mukavuus.
Jokaisella vierailulla osallistujat täyttävät arviointikyselyt.
Vanhempien ja nuorten kanssa tehdään puolistrukturoituja haastatteluja.
Muut nimet:
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Yleinen onnistumisprosentti
Aikaikkuna: Noin 3 kuukautta koulutukseen ilmoittautumisen jälkeen
|
Menestys määritellään yhdistetyillä onnistumisilla: (1) kasvain- ja ituradan kudosten sekvensoinnista tuotetaan laadukkaita tulkittavia genomitietoja ja (2) genomitestien tulosten välittäminen ensisijaiselle SJCRH-onkologille ja potilaalle ja hänen vanhemmilleen. Onnistuneen suorituskyvyn binomiaalinen osuus arvioidaan otososuudella ja 99 %:n luottamusvälillä, joka perustuu normaaliin approksimaatioon. Näytteen koko on 400. |
Noin 3 kuukautta koulutukseen ilmoittautumisen jälkeen
|
|
Somaattisten geneettisten varianttien ja ituradan geneettisten varianttien lukumäärä ja tyyppi
Aikaikkuna: Noin 3-4 kuukautta ituratanäytteen ottamisen jälkeen
|
WGS-, WES- ja RNA-sekvenssitietoja käytetään patologisesti merkittävien somaattisten geneettisten varianttien ja lisääntyneeseen syöpäriskiin liittyvien ituradan geneettisten varianttien tunnistamiseen ja karakterisointiin.
Kuvailevat tilastot, kuten lisääntyneeseen syöpäriskiin liittyvien varianttien määrät ja osuudet, lasketaan jokaisen potilaan sisällä ja kussakin sairaustyypissä.
|
Noin 3-4 kuukautta ituratanäytteen ottamisen jälkeen
|
Muut tulostoimenpiteet
Muut tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Vanhempien/osallistujien osuus genomitestauksen käsityksestä
Aikaikkuna: Tutkimuksen lopussa (enintään 13 kuukautta viimeisen osallistujan ilmoittautumisen jälkeen)
|
Vanhempien/osallistujien käsityksiä genomitutkimuksista ja tutkimuksista arvioidaan äänitettyjen keskustelujen ja kyselyiden avulla.
Tulokset kootaan kuvaaviin tilastoihin.
|
Tutkimuksen lopussa (enintään 13 kuukautta viimeisen osallistujan ilmoittautumisen jälkeen)
|
|
Osallistujien/vanhempien lukumäärä ymmärrystason mukaan
Aikaikkuna: Tutkimuksen lopussa (enintään 13 kuukautta viimeisen osallistujan ilmoittautumisen jälkeen)
|
Tutkimushenkilön/vanhempien ymmärrystä genomituloksista ja tulosten vaikutuksista tutkimukseen osallistuneisiin ja heidän perheisiinsä arvioidaan analysoimalla äänitettyjä keskusteluja ja kyselyn tuloksia.
Tulokset kootaan kuvaaviin tilastoihin
|
Tutkimuksen lopussa (enintään 13 kuukautta viimeisen osallistujan ilmoittautumisen jälkeen)
|
|
Formaliinikiinnitettyjen, parafiiniin upotettujen (FFPE) näytteiden onnistuneiden sekvenssien osuus
Aikaikkuna: Noin 3 kuukautta ilmoittautumisen jälkeen
|
Käytännön arvioimiseksi FFPE-näytteiden osuudet, jotka voidaan sekvensoida onnistuneesti, arvioidaan yhdessä 95 %:n luottamusvälin kanssa.
|
Noin 3 kuukautta ilmoittautumisen jälkeen
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Sponsori
Tutkijat
Tutkijat
- Päätutkija: Kim E. Nichols, MD, St. Jude Children's Research Hospital
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Yleiset julkaisut
- Johnson LM, Mandrell BN, Li C, Lu Z, Gattuso J, Harrison LW, Mori M, Ouma AA, Pritchard M, Sharp KMH, Nichols KE. Managing Pandora's Box: Familial Expectations around the Return of (Future) Germline Results. AJOB Empir Bioeth. 2022 Jul-Sep;13(3):152-165. doi: 10.1080/23294515.2022.2063994. Epub 2022 Apr 26.
- Maciaszek JL, Oak N, Chen W, Hamilton KV, McGee RB, Nuccio R, Mostafavi R, Hines-Dowell S, Harrison L, Taylor L, Gerhardt EL, Ouma A, Edmonson MN, Patel A, Nakitandwe J, Pappo AS, Azzato EM, Shurtleff SA, Ellison DW, Downing JR, Hudson MM, Robison LL, Santana V, Newman S, Zhang J, Wang Z, Wu G, Nichols KE, Kesserwan CA. Enrichment of heterozygous germline RECQL4 loss-of-function variants in pediatric osteosarcoma. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2019 Oct 23;5(5):a004218. doi: 10.1101/mcs.a004218. Print 2019 Oct.
Hyödyllisiä linkkejä
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Opiskelun aloitus
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Ensisijainen valmistuminen
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintojen valmistuminen
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Arvioitu)
Ensimmäinen Lähetetty
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin päivitys julkaistu
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
- Hermoston sairaudet
- Patologiset prosessit
- Neoplasmat sivustoittain
- Neoplasmat
- Sairauden ominaisuudet
- Hermoston kasvaimet
- Tautialttius
- Patologiset tilat, merkit ja oireet
- Keskushermoston kasvaimet
- Geneettinen alttius sairauksille
- Terveydenhuollon laatu, saatavuus ja arviointi
- Tutkintatekniikat
- Epidemiologiset menetelmät
- Terapeuttiset lääkkeet
- Näytteenkäsittely
- Kliiniset laboratoriotekniikat
- Diagnostiikkatekniikat ja menettelyt
- Diagnoosi
- Puhkaisut
- Kirurgiset toimenpiteet, operatiivinen
- Sytologiset tekniikat
- Sytodiagnoosi
- Tiedonkeruu
- Terveydenhuollon arviointimekanismit
- Terveydenhuollon laatu
- Kansanterveys
- Ympäristö ja kansanterveys
- Väestöominaisuudet
- Diagnostiikkatekniikat, kirurginen
- Epidemiologiset mittaukset
- Haastattelut aiheena
- Tutkimukset ja kyselylomakkeet
- Biopsia
- Flebotomia
- Verinäytteen kokoelma
- Väestötiede
Muut tutkimustunnusnumerot
Muut tutkimustunnusnumerot
- G4K
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .