Seuraavan sukupolven normaalien kudosten sekvensointi tulevaisuuden onkologisilla lapsipotilailla

Seuraavan sukupolven sekvensointitekniikoiden (NGS) kehittäminen, mukaan lukien koko genomi (WGS), exome (WES) ja RNA-sekvensointi, on mullistanut tutkijoiden kyvyn tiedustella kasvaimen muodostumisen taustalla olevia molekyylimekanismeja. Pediatric Cancer Genome Project (PCGP) -hankkeen kautta St. Jude Children's Research Hospitalin (SJCRH) tutkijat ovat menestyksekkäästi käyttäneet NGS-lähestymistapoja arvioidakseen yli 1000 lasten syöpää hematologisista pahanlaatuisista kasvaimista keskushermoston (CNS) ja ei-CNS-kiinteisiin kasvaimiin. . Näistä ja niihin liittyvistä tutkimuksista on käynyt selväksi, että genomiset lähestymistavat voivat luokitella kasvaimet tarkasti erilaisiin patologisiin ja prognostisiin alatyyppeihin ja havaita muutoksia solujen reiteissä, jotka voivat toimia uusina terapeuttisina kohteina. Yhdessä nämä tutkimukset viittaavat siihen, että karakterisoimalla yksittäisten kasvainten genomirakennetta tutkijat voivat kehittää yksilöllisiä ja mahdollisesti tehokkaampia syövänhoitoja ja/tai ehkäiseviä toimenpiteitä.

Tämä protokolla otettiin alun perin käyttöön NGS-lähestymistapojen tuomiseksi rutiininomaiseen kliiniseen hoitoon. G4K-protokollan alkuvaiheessa 310 osallistujaa rekrytoitiin ja otettiin mukaan tutkimukseen. Kasvain- ja/tai ituradan sekvensointi suoritettiin kaikille 310 potilaalle, ja luotiin 253 somaattista raporttia (edustivat 96 % niistä 263 osallistujasta, joille kasvainkudosta oli saatavilla ja analysoitiin) ja 301 iturataraporttia (100 % niistä 301 osallistujasta, jotka suostuivat ituradan tulosten vastaanottaminen). Tutkimustietojen analyysit jatkuvat ja suunnitelmissa on valmistella ensimmäiset käsikirjoitukset seuraavien kuukausien aikana. G4K-protokollan onnistuneen alkuvaiheen toteutuksen ansiosta kasvain- ja ituratanäytteiden kliinistä genomista sekvensointia tarjotaan nyt osana tavanomaista kliinistä hoitoa onkologisille lapsipotilaille St. Judessa.

G4K-protokollaa on nyt tarkistettu. Tarkistuksen myötä tutkimusryhmä tallentaa, tallentaa ja analysoi ituradan ja kasvaimen genomista tietoa. Keräämällä näitä tietoja tutkimme, kuinka ituradan mutaatiot 150 syöpäalttiusgeenissä vaikuttavat kliiniseen esitykseen, kasvaimen histologiaan, kasvaimen genomilöydöksiin, hoitovasteeseen ja pitkän aikavälin tuloksiin. Tämän tutkimuksen yleistavoitteena on edelleen määritellä näiden geenien ituratavarianttien esiintyvyys, spektri ja periytyvyys sekä selvittää, kuinka ituratamutaatiot vaikuttavat kasvavan joukon syöpäalttiusoireyhtymien fenotyyppejä. Nämä tutkimukset antavat meille mahdollisuuden tarjota tarkempia geneettisiä neuvonta- ja hallintastrategioita tuleville lapsille, joilla on mutaatioita näissä geeneissä.

Tämä on edelleen ei-terapeuttinen tutkimus. Tutkijat arvioivat noin 5 000 potilasta, jotka rekrytoidaan seuraavien 7 vuoden aikana.