LRP1-metylaatio ja paksusuolensyöpä

Kolorektaalisyöpä (CRC) on suuri kansanterveysongelma Ranskassa ja maailmanlaajuisesti. CRC on Ranskan kolmanneksi yleisin syöpä ilmaantuvuuden ja kuolleisuuden perusteella. Suurin osa näistä syövistä on adenokarsinoomia, jotka syntyvät satunnaisesti ja kehittyvät esiastevaurioista: adenooma. Kaikilla CRC:illä, joilla on sama sairausvaihe, ei ole samaa ennustetta. Eri parametrit on tunnistettu ennusteeseen vaikuttaviksi tekijöiksi ja mahdollistavat hoidon säätämisen. Huonoja histoprognostisia tekijöitä ovat kasvaimen tai limakalvon adenokarsinooman alatyypin aiheuttamat suonet ja hermot. Molekyylitasolla mikrosatelliitin epävakauden (MSI) esiintyminen parantaa ennustetta, kun taas BRAF-mutaation esiintyminen on itsenäinen huono ennustetekijä.

Paksusuolen karsinogeneesin eri molekyylireitit ovat kromosomin epävakausreitti, mikrosatelliittien epävakausreitti, joka aiheuttaa virheitä DNA-epäsopivuuden korjaamisessa ja CpG Island Methylator Phenotype (CIMP). Geenipromoottorien CpG-saarten hypermetylaatio johtaa yli- tai useimmiten ali- geeniekspressioon. CIMP:tä havaitaan lähes 15 %:ssa CRC:stä, ja se liittyy spesifisiin kliinisiin ja patologisiin piirteisiin: vanhemmat potilaat, naisten hallitsevuus, oikeanpuoleinen paksusuolen osallisuus, huonosti erilaistuneet tai limakalvon adenokarsinoomat. Molekyylisestä näkökulmasta korkea CIMP-fenotyyppi liittyy vahvasti BRAFV600E-mutaation esiintymiseen, RAS-mutaation puuttumiseen ja mikrosatelliittien epävakauden esiintymiseen. CIMP:n ennustearvo on itse asiassa kiistanalainen. Äskettäisessä meta-analyysissä havaittiin, että CIMP-fenotyyppi liittyi huonoon ennusteeseen. Joidenkin geenipromoottorien metylaatio CDKN2A:na liittyy huonoon ennusteeseen.

LRP-1 (low density lipoprotein reseptoriin liittyvä proteiini 1) on monitoiminen endosyyttinen reseptori, joka kuuluu LDL-reseptorien perheeseen. Se välittää monien syöpäsolujen leviämiseen osallistuvien solunulkoisten entsyymien: metalloproteinaasien ja seriiniproteinaasien puhdistumaa. LRP-1-aktiivisuuden väheneminen tai LRP-1-ekspression menetys korreloi syöpäsolujen lisääntyneen aggressiivisuuden kanssa tietyissä syöpätyypeissä. LRP-1:n ilmentymistä ei ole lähes koskaan tutkittu CRC:ssä. Tähän mennessä on julkaistu vain yksi immunohistokemiallinen tutkimus LRP-1-proteiinin ilmentymisestä paksusuolen adenokarsinoomassa. Tämä tutkimus osoittaa, että kasvainsolut ekspressoivat LRP-1:tä, mutta lähes puolet tapauksista heikommin kuin normaaleissa soluissa koliikkia. Ilmentymisen vähenemiseen liittyviä mekanismeja ei tunneta.

Epigeneettinen mekanismi saattaa liittyä LRP-1-geenin promoottorin hypermetylaatioon, varsinkin kun tämän geenin promoottorissa on runsaasti CpG-saarekkeita (metylaatiokohteita).

LRP-1:n ilmentymisen tason kliinistä vaikutusta syöpäpotilaiden kokonaiseloonjäämiseen on arvioitu kahdessa tutkimuksessa: yksi hepatosellulaarisesta karsinoomasta ja toinen primitiivisistä keuhkojen adenokarsinoomista kärsivillä potilailla. Molemmissa tutkimuksissa LRP-1:n immunohistokemiallisen ja geeniekspression väheneminen korreloi kokonaiseloonjäämisen vähenemisen kanssa. LRP-1:n ilmentymisen kliinistä ja prognostista vaikutusta CRC:ssä ja sen yhteyttä tiettyyn molekyyli- tai morfologiseen profiiliin ei ole tutkittu tähän mennessä.

Tässä työssä tutkijat tutkivat LRP-1-geenin promoottorin metylaatiomallia hyvin karakterisoidussa CRC-sarjassa.

Tämän tutkimuksen päätavoitteena on tutkia metylaatioanalyysin avulla LRP-1-promoottorigeenin metylaation roolia CRC:n ennusteessa.

Tämän tutkimuksen toissijaisena tavoitteena on arvioida CIMP:n ennustevaikutusta.

Tämä tutkimus on ensimmäinen, joka tutkii LRP-1-geenin promoottorin metylaatiota CRC:ssä. Tämä tutkimus auttaa lisäämään tietoa LRP-1-geenin promoottorimetylaation prognostisesta roolista CRC:ssä ja sen mahdollisesta yhteydestä kliinisiin, morfologisiin tai molekyyliparametreihin.

Tämä tutkimus on yhden keskuksen retrospektiivinen kohorttitutkimus.

Tutkijat suunnittelevat ensin luettelon kaikista kelvollisista potilaista käyttämällä pyyntöä patologian osaston ohjelmistossa DIAMIC, jonka komponenttikoodi on "koolon", vauriokoodi "adenokarsinooma" ja ajanjakso "vuosien 2006 ja 2012 välillä". Lynchin oireyhtymää tai muuta familiaalista syöpäsyndroomaa sairastavat potilaat suljetaan pois tutkimuksesta. Tietoinen suostumus lähetetään kaikille valituille potilaille.

Kun potilasluettelo on valmis:

• Potilaiden potilastiedot tarkistetaan: sosiodemografiset ja kliiniset tiedot paksusuolen kasvaimen sijainti, TNM-vaihe, MSI-, RAS- ja BRAF-tila, synkronisten metastaasien esiintyminen, hoidon tyyppi ja kesto, potilaan seuranta 1.6.2016 mennessä kohta (etäpesäkkeiden esiintyminen, taudin uusiutuminen, potilaan kuolema, ...).
• Näille kriteereille tehdään kaikkien patologisten diojen keskitetty katsaus: adenokarsinooman alatyyppi WHO 2010 -luokituksen mukaan, erilaistuminen, yhteys polyypeihin ja niiden tyyppeihin, pTNM-vaihe, invaasion eturintama ja silmujen muodostuminen, stroomatyyppi, kasvainnekroosin esiintyminen ja määrä).

• Metylaatioanalyysi:

  • LRP1-geenin promoottorin metylaatioanalyysi pyrosekvensoimalla.
  • CIMP-tilan määritys korkean resoluution sulamisanalyysillä MLH1-, MINT1-, MINT2-, MINT31- ja CDKN2A-geenien promoottoreille.

Tilastollinen analyysi:

• Tietojen kuvaus: kvantitatiivisten muuttujien keskiarvo ja keskihajonta; luku ja prosenttiluku kategorisille muuttujille.
• Kasvaimien, joissa LRP-1-geenipromoottorin metylaatio on korkea, ja kasvaimien, joissa LRP-1-geenipromoottorin metylaatio ei ole tai on vain vähän, vertailu yksimuuttujaanalyysillä (Student-testi ja Wilcoxon-testi, Chi2- tai Fisherin tarkka) ja monimuuttuja-analyysillä (logistinen regressio) .
• Hae potilaiden tuloksiin liittyviä tekijöitä, mukaan lukien LRP1-promoottorin metylaatio ja CIMP-tila, yksimuuttuja-analyysillä (log-rank-testi) ja monimuuttuja-analyysillä (Cox-malli).