HBV-virioneja sitovat proteiinit

Hepatosellulaarisen karsinooman (HCC) ilmaantuminen on saanut etsimään perusteellista ymmärrystä yhden sen tärkeimmistä taudinaiheuttajista, hepatiitti B -viruksen (HBV), biologiasta. HBV-partikkelit hankkivat soluproteiinien orastumisen ja kapseloitumisen kautta. Useista viruslajeista on yhä enemmän todisteita siitä, että virioneihin sitoutuneet proteiinit ovat alttiita osallistumaan joko virussyklin replikaatio-, silmu-/poistumis- tai sisääntulo-/vapautumisvaiheisiin.

Tällaisten kohteiden tunnistaminen voi tuottaa ihanteellisia ehdokkaita saadakseen käsityksen HBV:n riippuvuudesta isäntäproteiinien rajallisesta osajoukosta, mikä tarjoaa siten jalostetut joukot geneettisesti stabiileja kohteita hoitoon. Tämän projektin tavoitteena on luoda riittävät olosuhteet HBV-virionien vahvalle ja toistettavissa olevalle puhdistukselle kliinisissä näytteissä, minkä jälkeen niiden HBV-sitoutuneiden isäntäproteiinien tunnistaminen ja niiden toimintojen karakterisointi. Kliinisistä näytteistä puhdistettujen HBV-partikkelien proteominen profilointi päällystetään proteiineilla, jotka on tunnistettu ja karakterisoitu soluviljelmässä kasvatetuissa HBV-partikkeleissa kliinisen biomarkkerin löytämisluokan kriteerein. Molemmissa näytesarjoissa tunnistetut kohteet altistetaan in vitro -tutkimuksille käyttämällä HBV:tä replikoituvia soluja. Tavanomaisia ​​biokemiallisia ja kuvantamismenetelmiä käytetään: (i) niiden fyysisen yhteyden HBV-virioneihin varmistamiseen; (ii) määrittelevät niiden vuorovaikutuksen HBV-proteiinien kanssa menettelytavat; (iii) selvittää niiden HBV-proteiinien ja virionien kanssa yhdistymisen topologia ja subsellulaarinen sijainti; iv) arvioida kvantitatiivisesti niiden toiminnallista osallistumista hiukkasten silmumiseen, ulostuloon tai erittymiseen ja tarttuvuutta. Näissä kokeissa tyydyttäviä tuloksia tuonut ehdokas julkistetaan ja sitä tutkitaan edelleen rakennebiologian tasolla yhteisissä tutkimusohjelmissa.