Tämä sivu käännettiin automaattisesti, eikä käännösten tarkkuutta voida taata. Katso englanninkielinen versio lähdetekstiä varten.

Pitkän luetun genomin sekvensoinnin käyttö potilailla, jotka kärsivät neurokehitysongelmista (HiFi-NDD)

tiistai 23. huhtikuuta 2024 päivittänyt: Nantes University Hospital

Hermoston kehityssairauksia sairastavien potilaiden ja heidän perheidensä tulee tunnistaa sairauden geneettinen syy, jotta vamma voidaan tunnistaa, geneettinen neuvonta ja mahdollinen toivo osallistua terapeuttisiin tutkimuksiin. Pääsy korkean suorituskyvyn genomiseen eksomiin tai genomianalyysiin mahdollistaa geneettisen syyn tunnistamisen noin puolella potilaista. Perheet, joilla ei ole tulosta tai joiden merkitys on tuntematon näiden testien jälkeen, voivat kuitenkin joutua uuteen diagnostiseen umpikujaan.

Nykyään käytetty suuritehoinen sekvensointi tuottaa 100 emäsparin luokkaa olevia sekvenssejä (niin sanottu "lyhytlukusekvenssi"). Tämä mahdollistaa noin 90 % genomin analyysin. Monet alueet eivät kuitenkaan ole saatavilla alueilla, jotka kiinnostavat harvinaisten sairauksien geneettistä diagnoosia. Pitkän fragmentin sekvensointi tuottaa sekvenssejä, jotka ovat noin 20 kertaa suurempia, ja sen käyttö on viime aikoina mahdollistanut ihmisen genomin sekvensoinnin lähes täydellisesti (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj6987). Pääasiallinen panos on genomin monimutkaisten alueiden, kuten segmentaalisten päällekkäisyyksien tai sentromeerialueiden, analysoinnissa. On todennäköistä, että tämä tekniikka lisää geneettisten varianttien havaitsemisen herkkyyttä potilailla, joilla on geneettisiä sairauksia. Sen vaikutusta tulisi tutkia potilailla, joille ei ole tunnistettu perinnöllistä syytä klassisilla tekniikoilla.

Tämän tutkimuksen tavoitteena on tutkia pitkän fragmentin genomin sekvensoinnin osuutta.

Tutkimuksen yleiskatsaus

Tila

Tila

Ilmaisee nykyisen rekrytointitilan tai laajennetun pääsyn tilan.
Valmis

Ehdot

Ehdot

Sairaus, häiriö, oireyhtymä, sairaus tai vamma, jota tutkitaan. Sivustolla ClinicalTrials.gov olosuhteet voivat sisältää myös muita terveyteen liittyviä kysymyksiä, kuten elinikää, elämänlaatua ja terveysriskejä.

Yksityiskohtainen kuvaus

CLAD-Ouestiin kuuluvien geneetikkojen rekrytoidaan kymmenen perhettä, joissa on hermoston kehityssairautta sairastava lapsi. Potilaalta ja hänen vanhemmiltaan otetaan EDTA-verinäyte (trio-analyysi). Verinäytteitä käytetään sitten nukleiinihappojen (DNA) erottamiseen.

Verinäytteet lähetetään ja keskitetään Nantesin yliopistollisen sairaalan geneettiseen laboratorioon. DNA uutetaan ja anonymisoidaan.

DNA-sekvensoinnin jälkeen syntyneillä tiedostoilla on tunnisteavaimena se anonymisointinumero, joka on annettu, kun yksilö otettiin mukaan tutkimukseen. Raakadata ja VCF-tiedostot ladataan BIRD-laskentaklusteriin Nantesissa, jossa niitä säilytetään tutkimuksen ajan (2 vuotta). Eri yliopistosairaalat voivat sitten hakea tiedot ja analysoida keskuksensa rekrytoimista potilaista tunnistettuja muunnelmia. HUGO:n (yliopistosairaala Grand Ouestista) bioinformaatikkojen ja biologien ryhmä suorittaa keskitetyn analyysin muunnelmien merkitsemiseksi, suodattamiseksi ja tulkitsemiseksi. Tietojen pitkäaikainen arkistointi suoritetaan Nantesin yliopistollisessa sairaalassa.

Opintotyyppi

Opintotyyppi

Kuvaa kliinisen tutkimuksen luonnetta. Tutkimustyyppejä ovat interventiotutkimukset (kutsutaan myös kliinisiksi kokeiksi), havaintotutkimukset (mukaan lukien potilasrekisterit) ja laajennettu pääsy.
Havainnollistava

Ilmoittautuminen (Todellinen)

Ilmoittautuminen

Kliinisen tutkimuksen osallistujien määrä. "Odotettu" ilmoittautuminen on tavoitemäärä osallistujia, jonka tutkijat tarvitsevat tutkimukseen.
10

Yhteystiedot ja paikat

Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.

Opiskeluyhteys

Opiskeluyhteys

Sen henkilön nimi ja yhteystiedot, joka voi vastata kliiniseen tutkimukseen ilmoittautumiskysymyksiin. Jokaisella paikkakunnalla, jossa tutkimus suoritetaan, voi myös olla tietty yhteyshenkilö, joka voi paremmin vastata näihin kysymyksiin.

Opiskelupaikat

  • Ranska
    • Finistère
      • Brest, Finistère, Ranska, 29000
        • Brest University Hospital
    • Ille-et-Vilaine
      • Rennes, Ille-et-Vilaine, Ranska, 35000
        • Rennes University Hospital
    • Indre-et-Loire
      • Tours, Indre-et-Loire, Ranska, 37000
        • Tours University Hospital
    • Loire-Atlantique
      • Nantes, Loire-Atlantique, Ranska, 44093
        • Nantes university hospital
    • Maine-et-Loire
      • Angers, Maine-et-Loire, Ranska, 49000
        • Angers University Hospital

Osallistumiskriteerit

Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.

Kelpoisuusvaatimukset

Kelpoisuusvaatimukset

Keskeiset vaatimukset, jotka ihmisten, jotka haluavat osallistua kliiniseen tutkimukseen, on täytettävä tai ominaisuudet, jotka heillä on oltava. Kelpoisuuskriteerit koostuvat sekä osallistumiskriteereistä (jotka vaaditaan, jotta henkilö voi osallistua tutkimukseen) että poissulkemisperusteista (jotka estävät henkilöä osallistumasta). Kelpoisuuskriteerityyppejä ovat muun muassa se, otetaanko tutkimukseen terveitä vapaaehtoisia, onko ikä- tai ikäryhmävaatimuksia vai sukupuolen mukaan rajoitettu.

Opintokelpoiset iät

  • Lapsi
  • Aikuinen
  • Vanhempi Aikuinen

Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia

Ei käytössä

Näytteenottomenetelmä

Ei-todennäköisyysnäyte

Tutkimusväestö

Potilas, jolla on hermoston kehityssairauksia ja hänen molemmat vanhempansa

Kuvaus

Potilaiden osallistumiskriteerit:

  • Potilas (lapsi tai aikuinen), jolla on hermoston kehitysongelmia, jonka epäillään kärsivän harvinaisesta geneettisestä sairaudesta (perheellinen tai erittäin vakava).
  • Negatiivinen tulos trion (lapsi ja vanhemmat) lyhyelle lukujaksolle.
  • Potilaan (tarvittaessa) tai hänen laillisten edustajiensa tietoinen suostumus tutkimukseen, jos hän on alaikäinen tai holhouksen alainen.
  • Potilaat, jotka saavat sosiaaliturvaa (ranskalainen terveydenhuoltojärjestelmä).

Vanhempien osallistumiskriteerit:

  • Mahdollinen molempien vanhempien rekrytointi osallistumiskriteerien mukaisesti.
  • Allekirjoitettu tietoinen suostumuslomake omasta osallistumisestaan.
  • Vanhemmat, jotka hyötyvät sosiaaliturvasta (ranskalainen terveydenhuoltojärjestelmä).

Potilaiden poissulkemiskriteerit:

  • Geneettinen taipumus on jo tunnistettu, mikä selittää taudin.
  • Potilaat, joille trion WGS:tä ei ole suoritettu.
  • Potilaat, jotka ovat peruuttaneet suostumuksensa.

Vanhempien poissulkemiskriteerit:

  • Raskaana oleva tai imettävä nainen.
  • Vanhemmat huoltajina tai huoltajina.
  • Vanhemmilla on myös hermoston kehityshäiriö.

Opintosuunnitelma

Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.

Miten tutkimus on suunniteltu?

Suunnittelun yksityiskohdat

  • Havaintomallit: Perhepohjainen
  • Aikanäkymät: Poikkileikkaus

Kohortit ja interventiot

Ryhmä/Kohortti

Ryhmä/Kohortti

Ryhmä tai alaryhmä havainnointitutkimuksen osallistujia, jonka biolääketieteelliset tai terveydelliset tulokset arvioidaan.
Osallistujat
Potilaat, joilla on hermoston kehityshäiriö ja heidän molemmat vanhempansa

Mitä tutkimuksessa mitataan?

Ensisijaiset tulostoimenpiteet

Ensisijaiset tulostoimenpiteet

Kliinisen tutkimuksen protokollassa suunniteltu tulosmittaus, joka on tärkein toimenpiteen/hoidon vaikutuksen arvioinnissa. Useimmilla kliinisillä tutkimuksilla on yksi ensisijainen tulosmittaus, mutta joissakin on useampia kuin yksi.
Tulosmittaus
Toimenpiteen kuvaus
Aikaikkuna
Pitkän lukusekvensoinnin käyttö potilailla, jotka kärsivät hermoston kehityssairaudesta ilman patogeenistä tai todennäköisesti patogeenistä vaihtelua, joka on tunnistettu lyhyellä lukusekvensoinnilla
Aikaikkuna: opintojen päätyttyä keskimäärin 2 vuotta
Geneettisen diagnoosin tunnistaminen: yhden tai useamman muunnelman havaitseminen - nukleotidi, muutos kopioluvussa, rakenteelliset variantit - luokkaan 4 tai 5 (todennäköisesti patogeeninen tai patogeeninen), joka selittää hermoston kehityspatologian geneettisen alkuperän
opintojen päätyttyä keskimäärin 2 vuotta

Toissijaiset tulostoimenpiteet

Toissijaiset tulostoimenpiteet

Kliinisen tutkimuksen protokollassa suunniteltu tulosmittaus, joka ei ole yhtä tärkeä kuin ensisijainen tulosmitta toimenpiteen vaikutuksen arvioinnissa, mutta joka on silti kiinnostava. Useimmissa kliinisissä tutkimuksissa on enemmän kuin yksi toissijainen tulosmitta.
Tulosmittaus
Toimenpiteen kuvaus
Aikaikkuna
Triojen (potilaat ja vanhemmat) pitkän lukujärjestyksen toteutuksen analyysi
Aikaikkuna: opintojen päätyttyä keskimäärin 2 vuotta
Pitkän lukusekvensoinnin epäonnistumisasteen mittaaminen, kiertoaika sekvensoinnin ja kliinisen tiimin käytettävissä olevien tulosten välillä
opintojen päätyttyä keskimäärin 2 vuotta

Yhteistyökumppanit ja tutkijat

Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.

Sponsori

Sponsori

Organisaatio tai henkilö, joka käynnistää tutkimuksen ja jolla on valtuudet ja määräysvalta tutkimuksessa.
Nantes University Hospital

Yhteistyökumppanit

Yhteistyökumppanit

Muu organisaatio kuin sponsori, joka tukee kliinistä tutkimusta. Tämä tuki voi sisältää rahoitukseen, suunnitteluun, toteutukseen, tietojen analysointiin tai raportointiin liittyviä toimia.
University Hospital, Angers
University Hospital, Brest
Rennes University Hospital
University Hospital, Tours

Tutkijat

Tutkijat

Kliiniseen tutkimukseen osallistuva tutkija. Aiheeseen liittyviä termejä ovat kohteen päätutkija, työpaikan osatutkija, tutkimusjohtaja, tutkimuksen johtaja ja tutkimuksen päätutkija.
  • Päätutkija: Stéphane BEZIEAU, MD, Nantes university hospital

Opintojen ennätyspäivät

Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan ​​julkisella verkkosivustolla.

Opi tärkeimmät päivämäärät

Opiskelun aloitus (Todellinen)

Opiskelun aloitus

Todellinen päivämäärä, jolloin ensimmäinen osallistuja otettiin mukaan kliiniseen tutkimukseen. "Odotettu" tutkimuksen aloituspäivä on päivämäärä, jonka tutkijat uskovat olevan tutkimuksen aloituspäivä.
Maanantai 19. joulukuuta 2022

Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)

Ensisijainen valmistuminen

Päivämäärä, jolloin viimeinen kliinisen tutkimuksen osallistuja tutkittiin tai jona hän sai intervention lopullisen datan keräämiseksi ensisijaista tulosmittausta varten. Tähän päivämäärään ei vaikuta se, päättyikö kliininen tutkimus protokollan mukaisesti vai lopetettiinko se. Kliinisissä tutkimuksissa, joissa on useampi kuin yksi ensisijainen tulosmitta ja eri päättymispäivämäärät, tämä termi viittaa päivämäärään, jolloin kaikkien ensisijaisten tulosmittausten tiedonkeruu on saatu päätökseen. "Odotettu" ensisijainen valmistumispäivä on päivämäärä, jonka tutkijat uskovat olevan tutkimuksen ensisijainen valmistumispäivä.
Keskiviikko 8. maaliskuuta 2023

Opintojen valmistuminen (Todellinen)

Opintojen valmistuminen

Päivämäärä, jolloin viimeinen kliinisen tutkimuksen osallistuja tutkittiin tai jona hän sai interventiota/hoitoa lopullisen datan keräämiseksi ensisijaisia ​​tulosmittauksia, toissijaisia ​​tulosmittauksia ja haittatapahtumia varten (eli viimeisen osallistujan viimeinen käynti). "Odotettu" tutkimuksen päättymispäivä on päivämäärä, jonka tutkijat uskovat olevan tutkimuksen päättymispäivä.
Perjantai 8. maaliskuuta 2024

Opintoihin ilmoittautumispäivät

Ensimmäinen lähetetty

Ensimmäinen lähetetty

Päivämäärä, jolloin tutkimuksen sponsori tai tutkija ensimmäisen kerran toimitti tutkimustietueen ClinicalTrials.gov Ensimmäisen lähetyspäivän ja tietueen saatavuuden ClinicalTrials.gov-sivustolla (ensimmäinen julkaisupäivämäärä) välillä on yleensä muutaman päivän viive.
Tiistai 22. marraskuuta 2022

Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit

Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit

Päivämäärä, jolloin tutkimuksen rahoittaja tai tutkija lähettää ensimmäisen kerran tutkimustietueen, joka on yhdenmukainen National Library of Medicine (NLM) -laadunvalvonnan (QC) tarkistuskriteereillä. Toimeksiantajan tai tutkijan on ehkä tarkistettava ja toimitettava tutkimustietue yhden tai useamman kerran, ennen kuin NLM laadunvalvontatarkastuksen kriteerit täyttyvät. Toimeksiantajan tai tutkijan vastuulla on varmistaa, että tutkimustietue on yhdenmukainen NLM laadunvalvontatarkastuskriteerien kanssa.
Torstai 1. joulukuuta 2022

Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)

Ensimmäinen Lähetetty

Päivämäärä, jolloin tutkimustietue oli ensimmäisen kerran saatavilla ClinicalTrials.gov -sivustolla National Library of Medicine (NLM) -laadunvalvontatarkastuksen (QC) tarkastuksen jälkeen. Tutkimuksen toimeksiantajan tai tutkijan tutkimustietueen toimittamisen ja ensimmäisen julkaisupäivän välillä on tyypillisesti muutaman päivän viive.
Torstai 8. joulukuuta 2022

Tutkimustietojen päivitykset

Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)

Viimeisin päivitys julkaistu

Viimeisin päivämäärä, jolloin tutkimustietueen muutokset otettiin käyttöön osoitteessa ClinicalTrials.gov. Voi olla viive sen välillä, kun tutkimuksen sponsori tai tutkija on toimittanut muutokset ClinicalTrials.gov-sivustolle (viimeinen päivityksen lähetyspäivä) ja viimeisen päivityksen julkaisupäivämäärän välillä.
Keskiviikko 24. huhtikuuta 2024

Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit

Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit

Viimeisin päivämäärä, jolloin tutkimuksen rahoittaja tai tutkija on toimittanut tutkimustietueeseen muutoksia, jotka ovat yhdenmukaisia ​​National Library of Medicine (NLM) -laadunvalvonnan (QC) tarkistuskriteereillä. Toimeksiantajan tai tutkijan vastuulla on varmistaa, että tutkimustietue on yhdenmukainen NLM laadunvalvontatarkastuskriteerien kanssa.
Tiistai 23. huhtikuuta 2024

Viimeksi vahvistettu

Viimeksi vahvistettu

Viimeisin päivämäärä, jolloin tutkimuksen rahoittaja tai tutkija vahvisti kliinisen tutkimuksen tiedot ClinicalTrials.gov-sivustolla oikeiksi ja ajantasaisiksi. Jos tutkimus, jonka rekrytointitila on rekrytointi; ei vielä rekrytoi; tai aktiivinen, ei rekrytointia ole varmistettu viimeisen 2 vuoden aikana, tutkimuksen rekrytointistatus näytetään tuntemattomana.
Maanantai 1. huhtikuuta 2024

Lisää tietoa

Tähän tutkimukseen liittyvät termit

Avainsanat

Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja

Muut tutkimustunnusnumerot

Muut tutkimustunnusnumerot

Muut tunnisteet tai tunnusnumerot kuin NCT-numero, jotka tutkimuksen sponsori, rahoittaja tai joku muu on määrittänyt kliiniselle tutkimukselle. Nämä numerot voivat sisältää yksilöllisiä tunnisteita muista tutkimusrekistereistä ja National Institutes of Health -apurahojen numeroista.
  • RC22_0373

Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)

Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?

PÄÄTTÄMÄTÖN

Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat

Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta

Ei

Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta

Ei

Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .

Evästeasetukset

Käytämme evästeitä varmistaaksemme, että annamme sinulle parhaan kokemuksen verkkosivustollamme. Lisätietoja on tietosuoja- ja evästekäytännössämme. ...>>>Voit muuttaa asetuksiasi tai peruuttaa suostumuksesi milloin tahansa poistamalla evästeet verkkosivustoltasi tai tietokoneeltasi käytännössä kuvatulla tavalla. Hyväksy se ja valitse mieltymyksesi merkitsemällä vastaavat ruudut alla olevaan "Asetusten hallinta" -osioon. Lue huolellisesti käyttöehdot ennen kuin jatkat minkä tahansa tämän verkkosivuston osan käyttöä.
«Hallitse asetuksia