Pitkän luetun genomin sekvensoinnin käyttö potilailla, jotka kärsivät neurokehitysongelmista (HiFi-NDD)
Hermoston kehityssairauksia sairastavien potilaiden ja heidän perheidensä tulee tunnistaa sairauden geneettinen syy, jotta vamma voidaan tunnistaa, geneettinen neuvonta ja mahdollinen toivo osallistua terapeuttisiin tutkimuksiin. Pääsy korkean suorituskyvyn genomiseen eksomiin tai genomianalyysiin mahdollistaa geneettisen syyn tunnistamisen noin puolella potilaista. Perheet, joilla ei ole tulosta tai joiden merkitys on tuntematon näiden testien jälkeen, voivat kuitenkin joutua uuteen diagnostiseen umpikujaan.
Nykyään käytetty suuritehoinen sekvensointi tuottaa 100 emäsparin luokkaa olevia sekvenssejä (niin sanottu "lyhytlukusekvenssi"). Tämä mahdollistaa noin 90 % genomin analyysin. Monet alueet eivät kuitenkaan ole saatavilla alueilla, jotka kiinnostavat harvinaisten sairauksien geneettistä diagnoosia. Pitkän fragmentin sekvensointi tuottaa sekvenssejä, jotka ovat noin 20 kertaa suurempia, ja sen käyttö on viime aikoina mahdollistanut ihmisen genomin sekvensoinnin lähes täydellisesti (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj6987). Pääasiallinen panos on genomin monimutkaisten alueiden, kuten segmentaalisten päällekkäisyyksien tai sentromeerialueiden, analysoinnissa. On todennäköistä, että tämä tekniikka lisää geneettisten varianttien havaitsemisen herkkyyttä potilailla, joilla on geneettisiä sairauksia. Sen vaikutusta tulisi tutkia potilailla, joille ei ole tunnistettu perinnöllistä syytä klassisilla tekniikoilla.
Tämän tutkimuksen tavoitteena on tutkia pitkän fragmentin genomin sekvensoinnin osuutta.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Yksityiskohtainen kuvaus
CLAD-Ouestiin kuuluvien geneetikkojen rekrytoidaan kymmenen perhettä, joissa on hermoston kehityssairautta sairastava lapsi. Potilaalta ja hänen vanhemmiltaan otetaan EDTA-verinäyte (trio-analyysi). Verinäytteitä käytetään sitten nukleiinihappojen (DNA) erottamiseen.
Verinäytteet lähetetään ja keskitetään Nantesin yliopistollisen sairaalan geneettiseen laboratorioon. DNA uutetaan ja anonymisoidaan.
DNA-sekvensoinnin jälkeen syntyneillä tiedostoilla on tunnisteavaimena se anonymisointinumero, joka on annettu, kun yksilö otettiin mukaan tutkimukseen. Raakadata ja VCF-tiedostot ladataan BIRD-laskentaklusteriin Nantesissa, jossa niitä säilytetään tutkimuksen ajan (2 vuotta). Eri yliopistosairaalat voivat sitten hakea tiedot ja analysoida keskuksensa rekrytoimista potilaista tunnistettuja muunnelmia. HUGO:n (yliopistosairaala Grand Ouestista) bioinformaatikkojen ja biologien ryhmä suorittaa keskitetyn analyysin muunnelmien merkitsemiseksi, suodattamiseksi ja tulkitsemiseksi. Tietojen pitkäaikainen arkistointi suoritetaan Nantesin yliopistollisessa sairaalassa.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Todellinen)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskelupaikat
-
-
Finistère
-
Brest, Finistère, Ranska, 29000
- Brest University Hospital
-
-
Ille-et-Vilaine
-
Rennes, Ille-et-Vilaine, Ranska, 35000
- Rennes University Hospital
-
-
Indre-et-Loire
-
Tours, Indre-et-Loire, Ranska, 37000
- Tours University Hospital
-
-
Loire-Atlantique
-
Nantes, Loire-Atlantique, Ranska, 44093
- Nantes university hospital
-
-
Maine-et-Loire
-
Angers, Maine-et-Loire, Ranska, 49000
- Angers University Hospital
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Lapsi
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Potilaiden osallistumiskriteerit:
- Potilas (lapsi tai aikuinen), jolla on hermoston kehitysongelmia, jonka epäillään kärsivän harvinaisesta geneettisestä sairaudesta (perheellinen tai erittäin vakava).
- Negatiivinen tulos trion (lapsi ja vanhemmat) lyhyelle lukujaksolle.
- Potilaan (tarvittaessa) tai hänen laillisten edustajiensa tietoinen suostumus tutkimukseen, jos hän on alaikäinen tai holhouksen alainen.
- Potilaat, jotka saavat sosiaaliturvaa (ranskalainen terveydenhuoltojärjestelmä).
Vanhempien osallistumiskriteerit:
- Mahdollinen molempien vanhempien rekrytointi osallistumiskriteerien mukaisesti.
- Allekirjoitettu tietoinen suostumuslomake omasta osallistumisestaan.
- Vanhemmat, jotka hyötyvät sosiaaliturvasta (ranskalainen terveydenhuoltojärjestelmä).
Potilaiden poissulkemiskriteerit:
- Geneettinen taipumus on jo tunnistettu, mikä selittää taudin.
- Potilaat, joille trion WGS:tä ei ole suoritettu.
- Potilaat, jotka ovat peruuttaneet suostumuksensa.
Vanhempien poissulkemiskriteerit:
- Raskaana oleva tai imettävä nainen.
- Vanhemmat huoltajina tai huoltajina.
- Vanhemmilla on myös hermoston kehityshäiriö.
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Havaintomallit: Perhepohjainen
- Aikanäkymät: Poikkileikkaus
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
|---|
|
Osallistujat
Potilaat, joilla on hermoston kehityshäiriö ja heidän molemmat vanhempansa
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Pitkän lukusekvensoinnin käyttö potilailla, jotka kärsivät hermoston kehityssairaudesta ilman patogeenistä tai todennäköisesti patogeenistä vaihtelua, joka on tunnistettu lyhyellä lukusekvensoinnilla
Aikaikkuna: opintojen päätyttyä keskimäärin 2 vuotta
|
Geneettisen diagnoosin tunnistaminen: yhden tai useamman muunnelman havaitseminen - nukleotidi, muutos kopioluvussa, rakenteelliset variantit - luokkaan 4 tai 5 (todennäköisesti patogeeninen tai patogeeninen), joka selittää hermoston kehityspatologian geneettisen alkuperän
|
opintojen päätyttyä keskimäärin 2 vuotta
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Triojen (potilaat ja vanhemmat) pitkän lukujärjestyksen toteutuksen analyysi
Aikaikkuna: opintojen päätyttyä keskimäärin 2 vuotta
|
Pitkän lukusekvensoinnin epäonnistumisasteen mittaaminen, kiertoaika sekvensoinnin ja kliinisen tiimin käytettävissä olevien tulosten välillä
|
opintojen päätyttyä keskimäärin 2 vuotta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Yhteistyökumppanit
Tutkijat
- Päätutkija: Stéphane BEZIEAU, MD, Nantes university hospital
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)
Opintojen valmistuminen (Todellinen)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- RC22_0373
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .