Retrospektiivinen tutkimus biomarkkereista ei-pienisoluisessa keuhkosyövässä

Tämän tutkimuksen tarkoitus on:

1. Luonnehditaan epidermaalisen kasvutekijäreseptorin (EGFR) reitin, FGFR4:n ja EML-ALK:n molekyylimuutosten tyypit ja esiintymistiheys aasialaispotilailla, joilla on ei-pienisoluinen keuhkosyöpä
2. Tunnistaa EGFR- ja estrogeenireiteissä tärkeitä ehdokasbiomarkkereita

Useimmat, elleivät kaikki, ihmisen pahanlaatuiset kasvaimet, mukaan lukien keuhkosyöpä, johtuvat genomin somaattisista muutoksista, jotka johtavat onkogeenien aktivoitumiseen tai kasvainsuppressorigeenien inaktivoitumiseen ja niistä aiheutuviin onkogeenisiin vaikutuksiin. Mutaatioiden lisäksi lisääntynyt kromosomaalisten kopiolukujen määrä (amplifikaatiolla tai polysomialla) ja DNA-metylaatio ovat muita onkogeenin aktivoitumisen ja kasvainsuppressorigeenin inaktivoinnin mekanismeja, vastaavasti.

Vähän tiedetään näiden EGFR-perheen onkogeenien ja äskettäin kuvattujen onkogeenien FGFR4 ja fuusiogeenin EML4-ALK välisestä suhteesta. Viimeaikaiset tiedot viittaavat siihen, että ei-pienisoluisen keuhkosyövän (NSCLC) molekyylisesti määriteltyjä alaryhmiä on olemassa ja niitä voidaan käyttää ennustamaan herkkyyttä kohdennetuille aineille (erlotinibi tai gefitinibi) tai sytotoksiselle kemoterapialle (pemetreksaatti, gemsitabiini, platinaaineet). Havainnot, joiden mukaan estrogeenireseptoreita esiintyy keuhkokasvaimissa ja että estrogeeni voi stimuloida keuhkosyöpien kasvua ja lisääntymistä in vitro ja in vivo, ovat provosoivia. Lisätutkimukset estrogeenien ja muiden sukupuolihormonien roolin arvioimiseksi keuhkosyövässä ovat perusteltuja.

Keuhkosyövän ennusteen ja hoidon ennustamisen molekyyliindikaattoreiden ymmärtäminen parantaisi lääkekehitystä ja potilaiden hoidon valintaa.

Arkistoitu parafiiniin upotettu ja tuore pakastettu NSCLC-kasvainkudos saadaan patologian laitoksen ja National University Tissue Repositoryn kautta. Kliinis-patologiset ominaisuudet saadaan tapausrekistereistä, Patologia- ja kudosarkistosta. DNA eristetään standarditekniikoilla. Geenien sekvensointi EGFR-signalointireitillä: EGFR, KRAS, ErbB2, ErbB3, MET, PI3K ja BRAF sekä FGFR4. Parafiiniin upotetusta kudoksesta hankitaan värjäämättömät objektilasit ja niille suoritetaan fluoresoiva in vitro -hybridisaatio (FISH) EML4- ja ALK-geenien murtopisteiden määrittämiseksi, kuten aiemmin on kuvattu. Snap-jäädytetyissä tapauksissa RNA uutetaan ja EML4-ALK-fuusiot varmistetaan käyttämällä RT-PCR:ää ja ennalta määritettyjä alukkeita. Analysoidakseen EGFR:n toiminnalle oletettavasti merkityksellisten proteiinien ilmentymistä (kuten EGFR, ErbB2, ErbB3, AKT, MET, STAT, ERK, MAPK, sykliini D1, C/EBPa), EGFR:n alavirran vaikutukset: solujen lisääntyminen (Ki-67) ), angiogeneesiä (CD34, VEGF-A), apoptoosia (bcl-2), etäpesäkkeitä ja hormonaalista vaikutusta (estrogeeni- ja progesteronireseptorit, aromataasi), TMA-teknologiaa hyödynnetään. Kasvainsuppressorigeenien PTEN ja C/EBPa tila analysoidaan.