RNA-seq-teknologiaan perustuva tutkimus korkean riskin MDS-potilaista (MDS&RNA-seq)

(1) Tutkimuspopulaatio (sisältyy standardiin): 120 potilasta (ikä 16–80 vuotta), jotka täyttivät MDS-diagnostiikan kriteerit neljän yhteistyösairaalan hematologian osastolla ja poliklinikoilla kesäkuun 2019 jälkeen. Diagnostiset kriteerit viittaavat WHO:n vuoden 2016 MDS-diagnoosiin. Uusi luokitus; Ennustepisteet perustuivat vuoden 2012 MDS-tarkistettuun IPSS-R-ennustejärjestelmään. Kontrolliryhmässä 5 potilasta, joilla oli alkuvaiheessa akuutti myelooinen leukemia (AML-M2a) ja 5 tervettä ihmisen luuytimen luovutusta. Ymmärrä tämän tutkimuksen tarkoitus ja allekirjoita tietoinen suostumuslomake.

2) Kliinisen tiedon keruu: valittujen potilaiden sairaushistorian kerääminen, rutiininomaiset kliiniset testit (mukaan lukien perifeerinen verenkuva, seerumin ferritiini, VitB12, foolihappo, EPO-tasot, luuydinnäytteet ja luuydinbiopsiat, luuytimen virtaussytometria, luuytimen sytogenetiikka, jne.) sekä seuranta- ja tehohavainnot. Potilaan kliiniset indikaattorit, teho ja ennuste sekä mahdollisesti havaitut geenit analysoitiin systemaattisesti.

(3) Tutkimusmenetelmät: Kerätyt luuydinnäytteet uutetaan RAN-seq-toimintaprosessin mukaisesti, ja kunkin näytesolun kokonais-RNA, laatutesti ja cDNA-kirjasto uutetaan, 30 miljoonaa lukua näytettä kohti ja Ilumina. X10 PE150 sekvensoidaan, sekvensointisyvyys 9G Clear Data. Kun sekvensointitiedot on testattu ja läpäissyt, alkuperäinen sekvensointidata esikäsitellään: sekvensointikoneen raakadataa ohjataan laadullisesti, sekvensointiliittimellä varustetut sekvensointifragmentit poistetaan ja huonolaatuiset, sumeat N-emäkset, riboomeRNA poistetaan. Sekvensointifragmentit, joiden pituus on alle 20 jne.; Sekvensointitietojen transkriptio: esikäsiteltyjen lukujen genominen kohdistus ja vertailun jälkeinen laadunvalvonta.

Geeniekspressiotason analyysi: geenien ilmentymistason kvantifiointi, geeniekspressiotason jakautuminen, biologisen päällekkäisyyden korrelaatioanalyysi, näytteiden välinen tason klusterointi ja PCA-analyysi.

Differentiaalinen ilmentymisgeenianalyysi:

Eri geenien GO-rikastuminen ja signaalireitin rikastuminen analysoitiin, ja geenejä, jotka olivat spesifisesti nousseet tai vähentyneet normaalinäytteiden, AML-näytteiden ja MDS-potilasnäytteiden välillä (mukaan lukien erilaiset MDS-alatyypit), verrattiin. Näihin erilaisiin geenimuutoksiin liittyvien molekyylitason tapahtumien ennustaminen (signaalipolun aktivointi tai esto) ja erilaisten geenien etsiminen, jotka voivat edustaa sairausprosesseja.

(4) Tiedonhallinta ja tilastot: Kaikki kliinisen tiedon tiedot kerätään ja syötetään tietokoneelle. Kaikki tiedot syötetään käyttämällä yksikön kliinisen arviointi- ja analyysikeskuksen perustamaa tietokantaa. Tietojenkäsittelytilastotyöntekijät vahvistavat ja tarkastavat lopulta edelleen täysin tietojen täydellisyyden ja tarkkuuden ennen tietojen syöttämistä. Erityisen tietokannan perustamisesta vastaavan henkilön suorittaman tietojen syöttämisen ja hallinnan, tietojen syöttämisen ja hallinnan tulee syöttää ja oikolukea kahden tietovastaavan toimesta. Valmistumisen jälkeen tilastolliseen käsittelyyn käytetään SPSS 19.0 for Windows -tilastoohjelmistopakettia.

Kliinisen tiedon tilastotietojen ja sekvensointianalyysitulosten valmistumisen jälkeen käytettiin tietokoneen "syvällisen oppimisen" toimintoa kahden "standardin" ja yhden "järjestelmän" luomiseen käyttämällä analyysityökaluja, kuten rMATS ja SURVIV.