Undersøgelse af højrisiko MDS-patienter baseret på RNA-seq-teknologi (MDS&RNA-seq)

(1) Undersøgelsespopulation (inkluderet i standarden): 120 patienter (i alderen 16 til 80 år), som opfyldte MDS-diagnostiske kriterier i hæmatologisk afdeling og ambulatorier på de fire samarbejdssygehuse efter juni 2019. De diagnostiske kriterier refererer til WHO's diagnose af 2016 MDS. Ny klassifikation; Prognosescoren var baseret på det 2012 MDS-reviderede IPSS-R prognostiske integrerede system. I kontrolgruppen var 5 patienter med initial akut myeloid leukæmi (AML-M2a) og 5 raske humane knoglemarvsdonationer frivillige. Forstå formålet med denne undersøgelse og underskriv en informeret samtykkeerklæring.

2) Indsamling af klinisk information: indsamling af sygehistorie af udvalgte patienter, rutinemæssige kliniske tests (inklusive perifert blodtal, serumferritin, VitB12, folinsyre, EPO-niveauer, knoglemarvsudstrygninger og knoglemarvsbiopsier, knoglemarvsflowcytometri, knoglemarvscytogenetik, etc.) og opfølgning og effektobservationer. De kliniske indikatorer, effekt og prognose for patienten og de mulige relaterede gener påvist blev systematisk analyseret.

(3) Forskningsmetoder: De indsamlede knoglemarvsprøver vil blive ekstraheret i henhold til RAN-seq-driftsprocessen, og det samlede RNA, kvalitetstest og cDNA-bibliotek for hver prøvecelle vil blive ekstraheret, 30 millioner aflæsninger pr. prøve, og Ilumina X10 PE150 vil blive sekventeret, sekventeringsdybde 9G klare data. Efter at sekventeringsdataene er testet og bestået, forbehandles de originale sekventeringsdata: Rådata fra sekventeringsmaskinen kontrolleres kvalitativt, sekventeringsfragmenterne med sekventeringsforbindelsen fjernes, og de uklare N-baser af lav kvalitet, riboomeRNA er fjernet. Sekventering af fragmenter med en længde på mindre end 20 osv.; Transskription af sekventeringsdata: genomisk justering af forbehandlede læsninger og kvalitetskontrol efter sammenligning.

Analyse af genekspressionsniveau: Kvantificering af genekspressionsniveau, fordeling af genekspressionsniveau, biologisk duplikationskorrelationsanalyse, interprøveniveauklynger og PCA-analyse.

Differentiel ekspressionsgenanalyse:

GO-berigelsen og signalvejberigelsen af ​​forskellige gener blev analyseret, og generne specifikt hævet eller faldet mellem normale prøver, AML-prøver og MDS-patientprøver (herunder forskellige MDS-undertyper) blev sammenlignet. Forudsigelse af hændelser på molekylært niveau forbundet med disse differentielle genændringer (signalvejsaktivering eller -hæmning) og søg efter differentielle gener, der kan repræsentere sygdomsprocesser.

(4) Datahåndtering og statistik: Alle kliniske informationsdata indsamles og indtastes i computeren. Alle data indtastes ved hjælp af databasen etableret af enhedens kliniske evaluerings- og analysecenter. Databehandlingsstatistikere verificerer og kontrollerer endelig fuldstændigheden og nøjagtigheden af ​​dataene før dataindtastning. Dataindtastning og -styring af den person, der er ansvarlig for etableringen af ​​en dedikeret database, dataindtastning og -styring skal indtastes og korrekturlæses af to dataadministratorer. Efter færdiggørelsen bruges SPSS 19.0 til Windows statistik softwarepakke til statistisk behandling.

Efter færdiggørelsen af ​​klinisk informationsdatastatistik og sekventeringsanalyseresultater blev computerens "dybdelærings"-funktion brugt til at fuldføre etableringen af ​​to "standarder" og et "skema" ved hjælp af analyseværktøjer som rMATS og SURVIV.