Studie på MDS-pasienter med høy risiko basert på RNA-seq-teknologi (MDS&RNA-seq)

(1) Studiepopulasjon (inkludert i standarden): 120 pasienter (i alderen 16 til 80 år) som oppfylte MDS-diagnosekriteriene i hematologisk avdeling og poliklinikker ved de fire samarbeidssykehusene etter juni 2019. Diagnosekriteriene refererer til WHO-diagnosen for 2016 MDS. Ny klassifisering; Prognoseskåren var basert på det 2012 MDS-reviderte IPSS-R prognostiske integrerte systemet. I kontrollgruppen var 5 pasienter med initial akutt myeloid leukemi (AML-M2a) og 5 friske menneskelige benmargsdonasjoner frivillige. Forstå formålet med denne studien og signer et informert samtykkeskjema.

2) Innsamling av klinisk informasjon: innsamling av sykehistorie av utvalgte pasienter, rutinemessige kliniske tester (inkludert perifert blodtall, serumferritin, VitB12, folsyre, EPO-nivåer, benmargsutstryk og benmargsbiopsier, benmargsflowcytometri, benmargscytogenetikk, etc.) og oppfølging og effektobservasjoner. De kliniske indikatorene, effekten og prognosen til pasienten og de mulige relaterte genene som ble påvist ble systematisk analysert.

(3) Forskningsmetoder: Benmargsprøvene som samles inn vil bli ekstrahert i henhold til RAN-seq operasjonsprosessen, og det totale RNA, kvalitetstest og cDNA-bibliotek for hver prøvecelle vil bli ekstrahert, 30 millioner avlesninger per prøve, og Ilumina X10 PE150 vil bli sekvensert, sekvenseringsdybde 9G klare data. Etter at sekvenseringsdataene er testet og bestått, blir de originale sekvenseringsdataene forhåndsbehandlet: rådataene til sekvenseringsmaskinen kontrolleres kvalitativt, sekvenseringsfragmentene med sekvenseringskoblingen fjernes, og lavkvalitets, uklare N-baser, riboomeRNA er fjernet. Sekvensering av fragmenter med en lengde på mindre enn 20, etc.; Transkripsjon av sekvenseringsdata: genomisk justering av forhåndsbehandlede avlesninger og kvalitetskontroll etter sammenligning.

Analyse av genuttrykksnivå: Kvantifisering av genuttrykksnivå, distribusjon av genuttrykksnivå, biologisk dupliseringskorrelasjonsanalyse, interprøvenivåklynger og PCA-analyse.

Differensialekspresjonsgenanalyse:

GO-anrikningen og signalveiberikelsen av forskjellige gener ble analysert, og genene som spesifikt ble hevet eller redusert mellom normale prøver, AML-prøver og MDS-pasientprøver (inkludert forskjellige MDS-subtyper) ble sammenlignet. Forutsigelse av hendelser på molekylnivå assosiert med disse differensielle genendringene (aktivering eller hemming av signalveier), og søk etter differensielle gener som kan representere sykdomsprosesser.

(4) Datahåndtering og statistikk: All klinisk informasjonsdata samles inn og legges inn i datamaskinen. Alle data legges inn ved hjelp av databasen etablert av enhetens kliniske evaluerings- og analysesenter. Databehandlingsstatistikere verifiserer og kontrollerer endelig fullstendigheten og nøyaktigheten til dataene før datainntasting. Dataregistrering og administrasjon av den som er ansvarlig for etableringen av en dedikert database, dataregistrering og administrasjon bør legges inn og korrekturleses av to dataansvarlige. Etter fullføring brukes SPSS 19.0 for Windows statistikk programvarepakke for statistisk behandling.

Etter ferdigstillelse av klinisk informasjonsdatastatistikk og sekvenseringsanalyseresultater, ble datamaskinens «dybdelæring»-funksjon brukt for å fullføre etableringen av to «standarder» og ett «skjema» ved bruk av analyseverktøy som rMATS og SURVIV.