Estudio en pacientes con SMD de alto riesgo basado en tecnología RNA-seq (MDS&RNA-seq)

(1) Población de estudio (incluida en el estándar): 120 pacientes (de 16 a 80 años de edad) que cumplieron con los criterios de diagnóstico de SMD en el departamento de hematología y en las consultas externas de los cuatro hospitales cooperativos después de junio de 2019. Los criterios diagnósticos se refieren al diagnóstico de la OMS del SMD de 2016. Nueva clasificación; La puntuación de pronóstico se basó en el sistema integral de pronóstico IPSS-R revisado de MDS de 2012. En el grupo de control, 5 pacientes con leucemia mieloide aguda inicial (AML-M2a) y 5 voluntarios sanos de donación de médula ósea humana. Comprender el propósito de este estudio y firmar un formulario de consentimiento informado.

2) Recopilación de información clínica: recopilación de antecedentes médicos de pacientes seleccionados, Pruebas clínicas de rutina (incluyendo hemograma periférico, ferritina sérica, VitB12, ácido fólico, niveles de EPO, frotis de médula ósea y biopsias de médula ósea, citometría de flujo de médula ósea, citogenética de médula ósea, etc.) y observaciones de seguimiento y eficacia. Se analizaron sistemáticamente los indicadores clínicos, la eficacia y el pronóstico del paciente y los posibles genes relacionados detectados.

(3) Métodos de investigación: las muestras de médula ósea recolectadas se extraerán de acuerdo con el proceso operativo RAN-seq, y se extraerá el ARN total, la prueba de calidad y la biblioteca de ADNc de cada celda de muestra, 30 millones de lecturas por muestra e Ilumina Se secuenciará X10 PE150, profundidad de secuenciación 9G Datos claros. Una vez que los datos de secuenciación se prueban y pasan, los datos de secuenciación originales se procesan previamente: los datos sin procesar de la máquina de secuenciación se controlan cualitativamente, los fragmentos de secuenciación con el conector de secuenciación se eliminan y las bases N difusas de baja calidad, riboomeRNA son removidos. secuenciar fragmentos con una longitud inferior a 20, etc.; Transcripción de datos de secuenciación: alineación genómica de lecturas preprocesadas y control de calidad posterior a la comparación.

Análisis del nivel de expresión génica: cuantificación del nivel de expresión génica, distribución del nivel de expresión génica, análisis de correlación de duplicación biológica, agrupación de niveles entre muestras y análisis PCA.

Análisis de genes de expresión diferencial:

Se analizaron el enriquecimiento de GO y el enriquecimiento de la vía de señal de diferentes genes, y se compararon los genes que aumentaron o disminuyeron específicamente entre muestras normales, muestras de AML y muestras de pacientes con SMD (incluidos varios subtipos de SMD). Predicción de eventos a nivel molecular asociados con estos cambios genéticos diferenciales (activación o inhibición de vías de señalización) y búsqueda de genes diferenciales que puedan representar procesos de enfermedades.

(4) Gestión de datos y estadísticas: todos los datos de información clínica se recopilan y se ingresan en la computadora. Todos los datos se ingresan utilizando la base de datos establecida por el Centro de Evaluación y Análisis Clínico de la unidad. Los estadísticos de procesamiento de datos finalmente verifican y verifican completamente la integridad y precisión de los datos antes de ingresarlos. La entrada y gestión de datos por parte de la persona responsable del establecimiento de una base de datos dedicada, la entrada y gestión de datos debe ser ingresada y revisada por dos administradores de datos. Una vez finalizado, se utiliza el paquete de software estadístico SPSS 19.0 para Windows para el procesamiento estadístico.

Después de completar las estadísticas de datos de información clínica y los resultados del análisis de secuenciación, se utilizó la función de "aprendizaje en profundidad" de la computadora para completar el establecimiento de dos "estándares" y un "esquema" utilizando herramientas de análisis como rMATS y SURVIV.