Studie na pacientech s vysokým rizikem MDS založená na technologii RNA-seq (MDS&RNA-seq)

(1) Studijní populace (zahrnutá ve standardu): 120 pacientů (ve věku 16 až 80 let), kteří splnili diagnostická kritéria MDS na hematologickém oddělení a ambulancích čtyř družstevních nemocnic po červnu 2019. Diagnostická kritéria se vztahují k diagnóze WHO v roce 2016 MDS. Nová klasifikace; Skóre prognózy bylo založeno na MDS revidovaném prognostickém integrálním systému IPSS-R z roku 2012. V kontrolní skupině bylo 5 pacientů s počáteční akutní myeloidní leukémií (AML-M2a) a 5 zdravých lidských dobrovolníků dárců kostní dřeně. Pochopte účel této studie a podepište informovaný souhlas.

2) Sběr klinických informací: sběr anamnézy vybraných pacientů, rutinní klinické testy (včetně periferního krevního obrazu, sérového feritinu, VitB12, kyseliny listové, hladin EPO, nátěrů kostní dřeně a biopsií kostní dřeně, průtokové cytometrie kostní dřeně, cytogenetiky kostní dřeně, atd.) a sledování a pozorování účinnosti. Systematicky byly analyzovány klinické ukazatele, účinnost a prognóza pacienta a možné související geny.

(3) Metody výzkumu: Odebrané vzorky kostní dřeně budou extrahovány podle operačního procesu RAN-seq a bude extrahována celková RNA, test kvality a knihovna cDNA každé buňky vzorku, 30 milionů čtení na vzorek a Ilumina X10 PE150 bude sekvenován, hloubka sekvenování 9G čistá data. Poté, co jsou sekvenační data otestována a předána, jsou původní sekvenační data předzpracována: nezpracovaná data sekvenačního stroje jsou kvalitativně kontrolována, sekvenační fragmenty se sekvenačním konektorem jsou odstraněny a nekvalitní, fuzzy N báze, riboomeRNA jsou odstraněny. Sekvenování fragmentů s délkou menší než 20 atd.; Transkripce sekvenačních dat: genomické zarovnání předzpracovaných čtení a kontrola kvality po srovnání.

Analýza úrovně genové exprese: Kvantifikace úrovně genové exprese, distribuce úrovně genové exprese, korelační analýza biologické duplikace, shlukování úrovně mezi vzorky a analýza PCA.

Analýza diferenciálních expresních genů:

Bylo analyzováno obohacení GO a obohacení signálních drah různých genů a byly porovnány geny specificky zvýšené nebo snížené mezi normálními vzorky, vzorky AML a vzorky pacientů s MDS (včetně různých podtypů MDS). Predikce událostí na molekulární úrovni spojených s těmito rozdílnými genovými změnami (aktivace nebo inhibice signální dráhy) a hledání rozdílných genů, které mohou představovat chorobné procesy.

(4) Správa dat a statistika: Všechna data klinických informací se shromažďují a vkládají do počítače. Všechna data jsou zadávána pomocí databáze vytvořené Centrem klinického hodnocení a analýzy jednotky. Statistici zpracování dat nakonec dále plně ověřují a kontrolují úplnost a správnost dat před zadáním dat. Zadávání dat a jejich správu osobou odpovědnou za zřízení vyhrazené databáze, zadávání dat a správu by měli zadávat a korigovat dva správci dat. Po dokončení je pro statistické zpracování použit statistický softwarový balík SPSS 19.0 pro Windows.

Po dokončení statistiky klinických informací a výsledků sekvenační analýzy byla funkce „hloubkového učení“ počítače použita k dokončení stanovení dvou „standardů“ a jednoho „schéma“ pomocí analytických nástrojů, jako jsou rMATS a SURVIV.