Studio su pazienti affetti da MDS ad alto rischio basato sulla tecnologia RNA-seq (MDS&RNA-seq)

(1) Popolazione in studio (inclusa nello standard): 120 pazienti (di età compresa tra 16 e 80 anni) che hanno soddisfatto i criteri diagnostici MDS nel reparto di ematologia e negli ambulatori dei quattro ospedali cooperativi dopo giugno 2019. I criteri diagnostici fanno riferimento alla diagnosi dell'OMS della MDS 2016. Nuova classificazione; Il punteggio della prognosi era basato sul sistema integrale prognostico IPSS-R rivisto da MDS del 2012. Nel gruppo di controllo, 5 pazienti con leucemia mieloide acuta iniziale (AML-M2a) e 5 volontari donatori di midollo osseo umano sano. Comprendere lo scopo di questo studio e firmare un modulo di consenso informato.

2) Raccolta di informazioni cliniche: raccolta di anamnesi di pazienti selezionati, test clinici di routine (inclusi emocromo periferico, ferritina sierica, VitB12, acido folico, livelli di EPO, strisci di midollo osseo e biopsie del midollo osseo, citometria a flusso del midollo osseo, citogenetica del midollo osseo, ecc.) e follow-up e osservazioni di efficacia, sono stati sistematicamente analizzati gli indicatori clinici, di efficacia e prognosi del paziente e i possibili geni correlati rilevati.

(3) Metodi di ricerca: i campioni di midollo osseo raccolti verranno estratti secondo il processo operativo RAN-seq e verranno estratti l'RNA totale, il test di qualità e la libreria di cDNA di ciascuna cellula campione, 30 milioni di letture per campione e Ilumina X10 PE150 sarà sequenziato, profondità di sequenziamento 9G dati chiari. Dopo che i dati di sequenziamento sono stati testati e approvati, i dati di sequenziamento originali vengono pre-elaborati: i dati grezzi della macchina di sequenziamento vengono controllati qualitativamente, i frammenti di sequenziamento con il connettore di sequenziamento vengono rimossi e le basi N sfocate di bassa qualità, riboomeRNA vengono rimossi. Frammenti di sequenziamento di lunghezza inferiore a 20, ecc.; Trascrizione dei dati di sequenziamento: allineamento genomico delle letture preelaborate e controllo di qualità post-confronto.

Analisi del livello di espressione genica: quantificazione del livello di espressione genica, distribuzione del livello di espressione genica, analisi della correlazione della duplicazione biologica, clustering del livello intercampione e analisi PCA.

Analisi del gene di espressione differenziale:

Sono stati analizzati l'arricchimento GO e l'arricchimento della via del segnale di diversi geni e sono stati confrontati i geni specificatamente aumentati o diminuiti tra campioni normali, campioni AML e campioni di pazienti affetti da MDS (inclusi vari sottotipi di MDS). Previsione di eventi a livello molecolare associati a questi cambiamenti genetici differenziali (attivazione o inibizione della via del segnale) e ricerca di geni differenziali che possono rappresentare processi patologici.

(4) Gestione dei dati e statistiche: tutti i dati delle informazioni cliniche vengono raccolti e inseriti nel computer. Tutti i dati vengono inseriti utilizzando il database stabilito dal Centro di valutazione e analisi clinica dell'unità. Gli statistici dell'elaborazione dei dati infine verificano e controllano ulteriormente la completezza e l'accuratezza dei dati prima dell'inserimento dei dati. L'inserimento e la gestione dei dati da parte della persona responsabile della creazione di un database dedicato, l'inserimento e la gestione dei dati devono essere inseriti e riletti da due responsabili dei dati. Dopo il completamento, il pacchetto software di statistiche SPSS 19.0 per Windows viene utilizzato per l'elaborazione statistica.

Dopo il completamento delle statistiche dei dati delle informazioni cliniche e dei risultati dell'analisi del sequenziamento, la funzione di "apprendimento approfondito" del computer è stata utilizzata per completare la definizione di due "standard" e uno "schema" utilizzando strumenti di analisi come rMATS e SURVIV.