Studie zu Hochrisiko-MDS-Patienten basierend auf RNA-seq-Technologie (MDS&RNA-seq)

(1) Studienpopulation (im Standard enthalten): 120 Patienten (im Alter von 16 bis 80 Jahren), die die MDS-Diagnosekriterien in der Hämatologie und den Ambulanzen der vier kooperativen Krankenhäuser nach Juni 2019 erfüllten. Die diagnostischen Kriterien beziehen sich auf die WHO-Diagnose des MDS 2016. Neue Klassifizierung; Der Prognose-Score basierte auf dem 2012 von MDS überarbeiteten IPSS-R-Prognose-Integral-System. In der Kontrollgruppe befanden sich 5 Patienten mit initialer akuter myeloischer Leukämie (AML-M2a) und 5 gesunde menschliche freiwillige Knochenmarkspender. Verstehen Sie den Zweck dieser Studie und unterschreiben Sie eine Einwilligungserklärung.

2) Sammlung klinischer Informationen: Erhebung der Krankengeschichte ausgewählter Patienten, klinische Routinetests (einschließlich peripheres Blutbild, Serum-Ferritin, VitB12, Folsäure, EPO-Spiegel, Knochenmarkausstriche und Knochenmarkbiopsien, Knochenmark-Durchflusszytometrie, Knochenmark-Zytogenetik, usw.) und Nachsorge- und Wirksamkeitsbeobachtungen. Die klinischen Indikatoren, Wirksamkeit und Prognose des Patienten und der möglicherweise nachgewiesenen verwandten Gene wurden systematisch analysiert.

(3) Forschungsmethoden: Die gesammelten Knochenmarksproben werden gemäß dem RAN-seq-Betriebsprozess extrahiert, und die Gesamt-RNA, der Qualitätstest und die cDNA-Bibliothek jeder Probenzelle werden extrahiert, 30 Millionen Lesevorgänge pro Probe und Ilumina X10 PE150 wird sequenziert, Sequenzierungstiefe 9G, klare Daten. Nachdem die Sequenzierungsdaten getestet und bestanden wurden, werden die ursprünglichen Sequenzierungsdaten vorverarbeitet: Die Rohdaten der Sequenzierungsmaschine werden qualitativ kontrolliert, die Sequenzierungsfragmente mit dem Sequenzierungskonnektor werden entfernt und die minderwertigen, unscharfen N-Basen, riboomeRNA werden entfernt. Sequenzierung von Fragmenten mit einer Länge von weniger als 20 usw.; Transkription von Sequenzierungsdaten: genomisches Alignment von vorverarbeiteten Reads und Qualitätskontrolle nach dem Vergleich.

Analyse des Genexpressionsniveaus: Quantifizierung des Genexpressionsniveaus, Verteilung des Genexpressionsniveaus, Korrelationsanalyse biologischer Duplikationen, Clustering auf Intersample-Ebene und PCA-Analyse.

Differentielle Expressions-Genanalyse:

Die GO-Anreicherung und die Signalweg-Anreicherung verschiedener Gene wurden analysiert, und die zwischen normalen Proben, AML-Proben und MDS-Patientenproben (einschließlich verschiedener MDS-Subtypen) spezifisch erhöhten oder verringerten Gene wurden verglichen. Vorhersage von Ereignissen auf molekularer Ebene, die mit diesen differenziellen Genveränderungen (Signalwegaktivierung oder -hemmung) verbunden sind, und Suche nach differenziellen Genen, die Krankheitsprozesse darstellen können.

(4) Datenmanagement und Statistik: Alle klinischen Informationsdaten werden gesammelt und in den Computer eingegeben. Alle Daten werden in die Datenbank eingegeben, die vom Clinical Evaluation and Analysis Center der Abteilung eingerichtet wurde. Datenverarbeitungsstatistiker verifizieren und überprüfen schließlich die Vollständigkeit und Richtigkeit der Daten vor der Dateneingabe vollständig. Dateneingabe und -verwaltung durch die Person, die für die Einrichtung einer speziellen Datenbank verantwortlich ist, Dateneingabe und -verwaltung sollten von zwei Datenverwaltern eingegeben und Korrektur gelesen werden. Nach Abschluss wird das Statistik-Softwarepaket SPSS 19.0 für Windows für die statistische Verarbeitung verwendet.

Nach Abschluss der Statistiken der klinischen Informationsdaten und der Ergebnisse der Sequenzanalyse wurde die „In-Depth-Learning“-Funktion des Computers verwendet, um die Erstellung von zwei „Standards“ und einem „Schema“ unter Verwendung von Analysetools wie rMATS und SURVIV abzuschließen.