Étude sur les patients atteints de SMD à haut risque basée sur la technologie RNA-seq (MDS&RNA-seq)

(1) Population étudiée (incluse dans la norme) : 120 patients (âgés de 16 à 80 ans) répondant aux critères diagnostiques du MDS dans le service d'hématologie et les consultations externes des quatre hôpitaux coopératifs après juin 2019. Les critères diagnostiques se réfèrent au diagnostic OMS du MDS 2016. Nouveau classement ; Le score pronostique était basé sur le système intégral pronostique IPSS-R révisé de 2012 par MDS. Comprendre le but de cette étude et signer un formulaire de consentement éclairé.

2) Collecte d'informations cliniques : collecte des antécédents médicaux de patients sélectionnés, tests cliniques de routine (y compris numération globulaire périphérique, ferritine sérique, VitB12, acide folique, taux d'EPO, frottis de moelle osseuse et biopsies de moelle osseuse, cytométrie en flux de moelle osseuse, cytogénétique de la moelle osseuse, etc.) et des observations de suivi et d'efficacité, Les indicateurs cliniques, l'efficacité et le pronostic du patient et les éventuels gènes apparentés détectés ont été systématiquement analysés.

(3) Méthodes de recherche : les échantillons de moelle osseuse collectés seront extraits selon le processus de fonctionnement RAN-seq, et l'ARN total, le test de qualité et la bibliothèque d'ADNc de chaque cellule échantillon seront extraits, 30 millions de lectures par échantillon et Ilumina X10 PE150 sera séquencé, profondeur de séquençage 9G clear Data. Une fois les données de séquençage testées et transmises, les données de séquençage d'origine sont prétraitées : les données brutes de la machine de séquençage sont contrôlées qualitativement, les fragments de séquençage avec le connecteur de séquençage sont supprimés et les bases N floues de faible qualité, riboomeRNA sont enlevés. Séquençage de fragments d'une longueur inférieure à 20, etc. ; Transcription des données de séquençage : alignement génomique des lectures prétraitées et contrôle qualité post-comparaison.

Analyse du niveau d'expression génique : quantification du niveau d'expression génique, distribution du niveau d'expression génique, analyse de corrélation de duplication biologique, regroupement au niveau inter-échantillons et analyse PCA.

Analyse différentielle des gènes d'expression :

L'enrichissement GO et l'enrichissement de la voie du signal de différents gènes ont été analysés, et les gènes spécifiquement augmentés ou diminués entre les échantillons normaux, les échantillons AML et les échantillons de patients MDS (y compris divers sous-types de MDS) ont été comparés. Prédiction des événements au niveau moléculaire associés à ces modifications génétiques différentielles (activation ou inhibition de la voie du signal) et recherche de gènes différentiels pouvant représenter des processus pathologiques.

(4) Gestion des données et statistiques : Toutes les données d'informations cliniques sont collectées et saisies dans l'ordinateur. Toutes les données sont saisies à partir de la base de données établie par le Centre d'évaluation et d'analyse clinique de l'unité. Enfin, les statisticiens du traitement des données vérifient et contrôlent davantage l'exhaustivité et l'exactitude des données avant la saisie des données. Saisie et gestion des données par la personne responsable de la constitution d'une base de données dédiée, la saisie et la gestion des données doivent être saisies et relues par deux gestionnaires de données. Une fois terminé, le progiciel de statistiques SPSS 19.0 pour Windows est utilisé pour le traitement statistique.

Après l'achèvement des statistiques de données d'informations cliniques et des résultats d'analyse de séquençage, la fonction "d'apprentissage approfondi" de l'ordinateur a été utilisée pour achever l'établissement de deux "normes" et d'un "schéma" à l'aide d'outils d'analyse tels que rMATS et SURVIV.