RNA-seq技術に基づくハイリスクMDS患者の研究 (MDS&RNA-seq)

(1) 対象患者数(基準に含まれる): 2019年6月以降に協力病院4病院の血液内科および外来でMDSの診断基準を満たした患者120名(16歳～80歳)。 診断基準は、2016 MDS の WHO 診断を参照します。 新しい分類;予後スコアは、2012 MDS 改訂 IPSS-R 予後統合システムに基づいていました。対照群では、最初の急性骨髄性白血病 (AML-M2a) の 5 人の患者と 5 人の健康なヒト骨髄提供ボランティア。 この研究の目的を理解し、インフォームド コンセント フォームに署名します。

2) 臨床情報収集: 選択された患者の病歴収集、定期的な臨床検査 (末梢血球数、血清フェリチン、VitB12、葉酸、EPO レベル、骨髄塗抹標本および骨髄生検、骨髄フローサイトメトリー、骨髄細胞遺伝学を含む)など）およびフォローアップと有効性の観察、患者の臨床指標、有効性と予後、および検出された可能性のある関連遺伝子を体系的に分析しました。

(3) 研究方法：採取した骨髄標本をRAN-seq操作手順に従って抽出し、サンプル細胞ごとにtotal RNA、Quality Test、cDNAライブラリーを抽出し、1サンプルあたり3,000万リード、イルミナX10 PE150 がシーケンスされ、シーケンス深度 9G クリア データ。 シーケンシング データがテストされて合格した後、元のシーケンシング データが前処理されます。シーケンシング マシンの生データが定性的に制御され、シーケンシング コネクタを含むシーケンシング フラグメントが削除され、低品質でファジーな N 塩基である riboomeRNA が除去されます。削除されます。 長さが 20 未満のシーケンス フラグメントなど。シーケンス データの転写: 前処理された読み取りのゲノム アラインメントと比較後の品質管理。

遺伝子発現レベル分析: 遺伝子発現レベル定量化、遺伝子発現レベル分布、生物学的重複相関分析、サンプル間レベル クラスタリング、および PCA 分析。

差次的発現遺伝子解析:

さまざまな遺伝子の GO 濃縮とシグナル経路濃縮を分析し、正常サンプル、AML サンプル、および MDS 患者サンプル (さまざまな MDS サブタイプを含む) の間で特異的に上昇または減少した遺伝子を比較しました。 これらの異なる遺伝子変化（シグナル経路の活性化または阻害）に関連する分子レベルのイベントの予測、および疾患プロセスを表すことができる異なる遺伝子の検索。

(4) データ管理と統計: すべての臨床情報データが収集され、コンピューターに入力されます。 すべてのデータは、ユニットの臨床評価および分析センターによって確立されたデータベースを使用して入力されます。 最後に、データ処理統計学者は、データ入力前にデータの完全性と正確性をさらに完全に検証およびチェックします。 専用データベースの構築責任者によるデータ入力・管理、データ入力・管理は2名のデータ管理者による入力・校正が必要です。 完成後、統計処理にはSPSS 19.0 for Windows統計ソフトウェアパッケージを使用しています。

臨床情報データの統計とシーケンシング解析結果が完成した後、コンピューターの「深層学習」機能を利用して、rMATSやSURVIVなどの解析ツールを用いて2つの「基準」と1つの「スキーム」の確立を完了しました。