Estudo em pacientes com MDS de alto risco com base na tecnologia RNA-seq (MDS&RNA-seq)

(1) População do estudo (incluída no padrão): 120 pacientes (de 16 a 80 anos) que preencheram os critérios diagnósticos de SMD no departamento de hematologia e ambulatórios dos quatro hospitais cooperativos após junho de 2019. Os critérios diagnósticos referem-se ao diagnóstico da OMS da SMD 2016. Nova classificação; A pontuação de prognóstico foi baseada no sistema integral de prognóstico IPSS-R revisado de 2012 da MDS. No grupo de controle, 5 pacientes com leucemia mielóide aguda inicial (AML-M2a) e 5 voluntários saudáveis ​​de doação de medula óssea humana. Entenda o propósito deste estudo e assine um termo de consentimento informado.

2) Coleta de informações clínicas: coleta de histórico médico de pacientes selecionados, exames clínicos de rotina (incluindo hemograma periférico, ferritina sérica, VitB12, ácido fólico, níveis de EPO, esfregaços e biópsias de medula óssea, citometria de fluxo da medula óssea, citogenética da medula óssea, etc.) e observações de acompanhamento e eficácia. Os indicadores clínicos, eficácia e prognóstico do paciente e os possíveis genes relacionados detectados foram sistematicamente analisados.

(3) Métodos de pesquisa: As amostras de medula óssea coletadas serão extraídas de acordo com o processo operacional RAN-seq, e o RNA total, teste de qualidade e biblioteca de cDNA de cada célula de amostra serão extraídos, 30 milhões de leituras por amostra e Ilumina X10 PE150 será sequenciado, profundidade de sequenciamento 9G dados claros. Depois que os dados de sequenciamento são testados e aprovados, os dados de sequenciamento originais são pré-processados: os dados brutos da máquina de sequenciamento são controlados qualitativamente, os fragmentos de sequenciamento com o conector de sequenciamento são removidos e as bases N difusas de baixa qualidade, riboomeRNA estão removidos. Sequenciar fragmentos com comprimento inferior a 20, etc.; Transcrição de dados de sequenciamento: alinhamento genômico de leituras pré-processadas e controle de qualidade pós-comparação.

Análise de Nível de Expressão Gênica: Quantificação de Nível de Expressão Gênica, Distribuição de Nível de Expressão Gênica, Análise de Correlação de Duplicação Biológica, Agrupamento de Nível Interamostra e Análise PCA.

Análise de genes de expressão diferencial:

O enriquecimento de GO e o enriquecimento da via de sinal de diferentes genes foram analisados, e os genes especificamente aumentados ou diminuídos entre amostras normais, amostras de AML e amostras de pacientes com MDS (incluindo vários subtipos de MDS) foram comparados. Previsão de eventos de nível molecular associados a essas alterações genéticas diferenciais (ativação ou inibição da via de sinalização) e busca de genes diferenciais que possam representar processos de doença.

(4) Gerenciamento de dados e estatísticas: Todos os dados de informações clínicas são coletados e inseridos no computador. Todos os dados são inseridos no banco de dados estabelecido pelo Centro de Análises e Avaliações Clínicas da unidade. Os estatísticos de processamento de dados finalmente verificam e verificam completamente a integridade e precisão dos dados antes da entrada dos dados. A introdução e gestão dos dados pela pessoa responsável pela criação de uma base de dados dedicada, a introdução e gestão dos dados devem ser introduzidas e corrigidas por dois gestores de dados. Após a conclusão, o pacote de software estatístico SPSS 19.0 para Windows é usado para processamento estatístico.

Após a conclusão das estatísticas de dados de informações clínicas e dos resultados da análise de sequenciamento, a função de "aprendizagem aprofundada" do computador foi usada para concluir o estabelecimento de dois "padrões" e um "esquema" usando ferramentas de análise como rMATS e SURVIV.