Onderzoek naar MDS-patiënten met een hoog risico op basis van RNA-seq-technologie (MDS&RNA-seq)

(1) Studiepopulatie (inbegrepen in de standaard): 120 patiënten (leeftijd 16 tot 80 jaar) die voldeden aan de MDS-diagnostische criteria op de afdeling hematologie en poliklinieken van de vier coöperatieve ziekenhuizen na juni 2019. De diagnostische criteria verwijzen naar de WHO-diagnose van de MDS 2016. Nieuwe classificatie; De prognosescore was gebaseerd op het 2012 MDS herziene IPSS-R prognostische integrale systeem. In de controlegroep, 5 patiënten met initiële acute myeloïde leukemie (AML-M2a) en 5 gezonde menselijke beenmergdonatievrijwilligers. Begrijp het doel van dit onderzoek en onderteken een formulier voor geïnformeerde toestemming.

2) Klinische informatieverzameling: verzameling van de medische geschiedenis van geselecteerde patiënten, routinematige klinische tests (inclusief perifere bloedtelling, serumferritine, vitB12, foliumzuur, EPO-waarden, beenmerguitstrijkjes en beenmergbiopten, beenmergflowcytometrie, beenmergcytogenetica, enz.) en follow-up en werkzaamheidswaarnemingen. De klinische indicatoren, werkzaamheid en prognose van de patiënt en de mogelijk gerelateerde gedetecteerde genen werden systematisch geanalyseerd.

(3) Onderzoeksmethoden: de verzamelde beenmergspecimens zullen worden geëxtraheerd volgens het RAN-seq-werkproces, en de totale RNA-, kwaliteitstest- en cDNA-bibliotheek van elke monstercel zal worden geëxtraheerd, 30 miljoen aflezingen per monster en Ilumina X10 PE150 zal worden gesequenced, sequencing diepte 9G duidelijke gegevens. Nadat de sequentiegegevens zijn getest en goedgekeurd, worden de oorspronkelijke sequentiegegevens voorbewerkt: de onbewerkte gegevens van de sequentiemachine worden kwalitatief gecontroleerd, de sequentiefragmenten met de sequentieconnector worden verwijderd en de vage N-basen van lage kwaliteit, riboomeRNA zijn verwijderd. Sequentie van fragmenten met een lengte van minder dan 20, enz.; Transcriptie van sequentiegegevens: genomische uitlijning van voorverwerkte uitlezingen en kwaliteitscontrole na vergelijking.

Analyse van genexpressieniveau: kwantificering van genexpressieniveau, distributie van genexpressieniveau, analyse van biologische duplicatiecorrelatie, intersample-niveauclustering en PCA-analyse.

Differentiële expressie genanalyse:

De GO-verrijking en signaalroute-verrijking van verschillende genen werden geanalyseerd en de genen die specifiek verhoogd of verlaagd waren tussen normale monsters, AML-monsters en MDS-patiëntmonsters (inclusief verschillende MDS-subtypen) werden vergeleken. Voorspelling van gebeurtenissen op moleculair niveau geassocieerd met deze differentiële genveranderingen (activering of remming van signaalroutes), en zoeken naar differentiële genen die ziekteprocessen kunnen vertegenwoordigen.

(4) Gegevensbeheer en statistieken: alle klinische informatiegegevens worden verzameld en ingevoerd in de computer. Alle gegevens worden ingevoerd met behulp van de database die is opgezet door het centrum voor klinische evaluatie en analyse van de eenheid. Gegevensverwerkende statistici verifiëren en controleren eindelijk de volledigheid en juistheid van gegevens voordat gegevens worden ingevoerd. Gegevensinvoer en -beheer door de persoon die verantwoordelijk is voor het opzetten van een speciale database, gegevensinvoer en -beheer moeten worden ingevoerd en nagelezen door twee gegevensbeheerders. Na voltooiing wordt het statistische softwarepakket SPSS 19.0 voor Windows gebruikt voor statistische verwerking.

Na de voltooiing van de klinische informatiegegevensstatistieken en de resultaten van de sequentieanalyse, werd de "diepgaande leer" -functie van de computer gebruikt om de totstandkoming van twee "standaarden" en één "schema" te voltooien met behulp van analysetools zoals rMATS en SURVIV.