Исследование пациентов с МДС высокого риска на основе технологии RNA-seq (MDS&RNA-seq)

(1) Исследуемая популяция (включена в стандарт): 120 пациентов (в возрасте от 16 до 80 лет), которые соответствовали диагностическим критериям МДС в гематологическом отделении и поликлиниках четырех кооперативных больниц после июня 2019 года. Диагностические критерии относятся к диагнозу МДС 2016 года, установленному ВОЗ. Новая классификация; Оценка прогноза была основана на переработанной интегральной прогностической системе IPSS-R MDS 2012 года. В контрольной группе 5 пациентов с начальным острым миелоидным лейкозом (AML-M2a) и 5 ​​здоровых добровольцев-доноров костного мозга. Поймите цель этого исследования и подпишите форму информированного согласия.

2) Сбор клинической информации: сбор анамнеза отдельных пациентов, рутинные клинические тесты (включая анализ периферической крови, ферритин сыворотки, VitB12, фолиевую кислоту, уровни ЭПО, мазки костного мозга и биопсии костного мозга, проточную цитометрию костного мозга, цитогенетику костного мозга, и т. д.), а также последующее наблюдение и наблюдения за эффективностью. Были систематически проанализированы клинические показатели, эффективность и прогноз пациента, а также обнаруженные возможные родственные гены.

(3) Методы исследования: собранные образцы костного мозга будут извлечены в соответствии с операционным процессом RAN-seq, и будут извлечены общая РНК, тест качества и библиотека кДНК каждой ячейки образца, 30 миллионов прочтений на образец, и Ilumina X10 PE150 будет секвенирован, глубина секвенирования 9G очистить данные. После того, как данные секвенирования проверены и переданы, исходные данные секвенирования подвергаются предварительной обработке: необработанные данные секвенатора качественно контролируются, фрагменты секвенирования с коннектором секвенирования удаляются, а низкокачественные, нечеткие N-основания, рибоомеРНК удаляются. Секвенирование фрагментов длиной менее 20 и т. д.; Транскрипция данных секвенирования: геномное выравнивание предварительно обработанных прочтений и контроль качества после сравнения.

Анализ уровня экспрессии генов: количественная оценка уровня экспрессии генов, распределение уровней экспрессии генов, корреляционный анализ биологических дупликаций, кластеризация на уровне между образцами и анализ PCA.

Генный анализ дифференциальной экспрессии:

Было проанализировано обогащение ГО и обогащение сигнального пути различных генов, и сравнивались гены, специфически повышенные или пониженные в нормальных образцах, образцах ОМЛ и образцах пациентов с МДС (включая различные подтипы МДС). Прогнозирование событий на молекулярном уровне, связанных с этими дифференциальными изменениями генов (активация или ингибирование сигнального пути), и поиск дифференциальных генов, которые могут представлять болезненные процессы.

(4) Управление данными и статистика: все данные клинической информации собираются и вводятся в компьютер. Все данные вводятся с использованием базы данных, созданной Центром клинической оценки и анализа отделения. Наконец, статистики, занимающиеся обработкой данных, полностью проверяют и проверяют полноту и точность данных перед вводом данных. Ввод данных и управление ими лицом, ответственным за создание специальной базы данных, ввод данных и управление ими должны вводить и проверять два администратора данных. После завершения для статистической обработки используется программный пакет статистики SPSS 19.0 для Windows.

После завершения статистики данных клинической информации и результатов анализа секвенирования функция «углубленного обучения» компьютера использовалась для завершения создания двух «стандартов» и одной «схемы» с использованием инструментов анализа, таких как rMATS и SURVIV.