Badanie pacjentów z MDS wysokiego ryzyka w oparciu o technologię RNA-seq (MDS&RNA-seq)

(1) Populacja badana (objęta standardem): 120 pacjentów (w wieku od 16 do 80 lat), którzy po czerwcu 2019 r. spełnili kryteria diagnostyczne MDS w oddziale hematologii i poradniach czterech szpitali spółdzielczych. Kryteria diagnostyczne odnoszą się do diagnozy WHO zawartej w MDS z 2016 roku. Nowa klasyfikacja; Wynik rokowania oparto na zmienionym przez MDS w 2012 r. zintegrowanym systemie prognostycznym IPSS-R. W grupie kontrolnej 5 pacjentów z początkową ostrą białaczką szpikową (AML-M2a) i 5 zdrowych ochotników dawców szpiku kostnego. Należy zrozumieć cel tego badania i podpisać formularz świadomej zgody.

2) Zbieranie informacji klinicznych: zbieranie historii medycznej wybranych pacjentów, Rutynowe badania kliniczne (m.in. morfologia krwi obwodowej, ferrytyna w surowicy, VitB12, kwas foliowy, poziomy EPO, rozmazy i biopsje szpiku kostnego, cytometria przepływowa szpiku kostnego, cytogenetyka szpiku kostnego, itp.) oraz obserwacje kontrolne i skuteczności. Systematycznie analizowano wskaźniki kliniczne, skuteczność i rokowanie pacjenta oraz wykryte możliwe powiązane geny.

(3) Metody badawcze: Zebrane próbki szpiku kostnego zostaną wyekstrahowane zgodnie z procesem operacyjnym RAN-seq, a całkowity RNA, test jakości i biblioteka cDNA każdej komórki próbki zostaną wyekstrahowane, 30 milionów odczytów na próbkę i Ilumina X10 PE150 zostanie zsekwencjonowany, głębokość sekwencjonowania 9G wyczyść dane. Po przetestowaniu i przekazaniu danych sekwencjonowania oryginalne dane sekwencjonowania są wstępnie przetwarzane: surowe dane maszyny do sekwencjonowania są kontrolowane jakościowo, fragmenty sekwencjonowania z łącznikiem sekwencjonowania są usuwane, a niskiej jakości, rozmyte zasady N, ryboomeRNA są usunięte. Fragmenty sekwencjonowania o długości mniejszej niż 20 itd.; Transkrypcja danych sekwencjonowania: dopasowanie genomowe wstępnie przetworzonych odczytów i kontrola jakości po porównaniu.

Analiza poziomu ekspresji genów: Kwantyfikacja poziomu ekspresji genów, Dystrybucja poziomu ekspresji genów, Analiza korelacji duplikacji biologicznych, Grupowanie poziomów między próbkami i Analiza PCA.

Analiza różnicowa ekspresji genów:

Przeanalizowano wzbogacenie GO i wzbogacenie szlaku sygnałowego różnych genów i porównano geny specyficznie zwiększone lub zmniejszone między normalnymi próbkami, próbkami AML i próbkami pacjentów z MDS (w tym różnymi podtypami MDS). Przewidywanie zdarzeń na poziomie molekularnym związanych z tymi zmianami genów różnicowych (aktywacja lub hamowanie szlaku sygnałowego) i poszukiwanie genów różnicujących, które mogą reprezentować procesy chorobowe.

(4) Zarządzanie danymi i statystyki: Wszystkie dane kliniczne są gromadzone i wprowadzane do komputera. Wszystkie dane wprowadzane są z bazy danych utworzonej przez Centrum Oceny i Analiz Klinicznych jednostki. Statystycy zajmujący się przetwarzaniem danych wreszcie w pełni weryfikują i sprawdzają kompletność i dokładność danych przed wprowadzeniem danych. Wprowadzanie danych i zarządzanie nimi przez osobę odpowiedzialną za utworzenie dedykowanej bazy danych, wprowadzanie danych i zarządzanie nimi powinno być wprowadzane i sprawdzane przez dwóch administratorów danych. Po zakończeniu do przetwarzania statystycznego używany jest pakiet oprogramowania statystycznego SPSS 19.0 dla systemu Windows.

Po ukończeniu statystyk danych klinicznych i wyników analizy sekwencjonowania, funkcja „dogłębnego uczenia się” komputera została wykorzystana do zakończenia ustanowienia dwóch „standardów” i jednego „schematu” przy użyciu narzędzi analitycznych, takich jak rMATS i SURVIV.