Transkriptomiset allekirjoitukset mahalaukun adenokarsinoomassa (GAC)
perjantai 8. huhtikuuta 2022 päivittänyt: raghavendra, Sanjay Gandhi Postgraduate Institute of Medical Sciences
Transkriptomisten allekirjoitusten ja niiden merkityksen tutkiminen mahalaukun adenokarsinoomassa
Mahalaukun adenokarsinooma (GAC), joka muodostaa suurimman osan kaikista mahalaukun pahanlaatuisista kasvaimista, liittyy huonoon 25-30 %:n kokonaiseloonjäämiseen huolimatta hoitostrategioiden edistymisestä.
Useiden kasvaimen mikroympäristöön (TME) liittyvien tekijöiden uskotaan olevan tärkeä rooli tuumorin muodostumisessa ja hankitussa kemoresistenssissä hoidoilla, joita ei muuten käsitellä TCGA:n ja ACRG:n antamassa GAC:n kattavassa molekyyliluokituksessa.
Tässä tutkimuksessa tutkijat aikovat tehdä transkriptioprofiloinnin GAC-kasvainkudoksesta ja viereisestä normaalista kudoksesta tutkiakseen eri tavalla ilmentyviä geenejä näiden kahden välillä suhteessa TME:hen, mikä saattaa auttaa tunnistamaan geenien allekirjoituksia, jotka ovat kliinisesti merkittäviä mahalaukun adenokarsinooman selviytymistulokselle.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Rekrytointi
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Tämä mahalaukun adenokarsinooman tutkimus on sekä retrospektiivinen että tuleva, ja se suoritetaan SGPGIMS:ssä, Lucknow, Intia. Tutkimukseen otetaan mukaan kirurgisen gastroenterologian osastolla maharesektioon tehtäviä potilaita, joilla on diagnosoitu GAC patologian laitoksen endoskooppisen biopsian perusteella. Tutkimuksen retrospektiiviseen osaan tapaukset valitaan sairaalan tietojärjestelmästä ja potilaskertomuksista haettujen histologisten löydösten perusteella.
Näytteenottoa varten kirurgisesti leikatut tuoreet näytteet kerätään RNAlateriin ja säilytetään -80 ⁰C:ssa. Retrospektiivisia tapauksia varten arkistoidut formaliinikiinnitetyt parafiiniin upotetut (FFPE) kudoslohkot haetaan ja tarkistetaan histopatologisesti. Vahvistetun GAC-diagnoosin jälkeen kudokset käsitellään kasvaimen ja normaalin kudoksen saamiseksi kokeellista osaa varten.
RNA kasvaimesta ja normaalialueelta uutetaan FFPE-lohkoista ja tuoreista kudosnäytteistä. Koko transkriptominen seuraavan sukupolven sekvensointi suoritetaan onnistuneen laaduntarkistuksen, kirjaston valmistelun ja monistuksen jälkeen. Sekvensoinnista saadut geenin ilmentymistiedot analysoidaan bioinformaattisesti, jotta saadaan selville erilainen geeniekspressio kasvaimen ja viereisen normaalikudoksen välillä suhteessa TME:hen. Merkittävästi eri tavalla ilmentyneet geenit kasvaimen ja normaalien alueiden välillä merkitään ja tunnistetaan käyttämällä bioinformaattisia paketteja geenimerkintöjä varten. Tilastollisen analyysin avulla eri tavalla ilmentyvät geenit korreloidaan potilaan kliinisten ominaisuuksien ja tulosten kanssa, jotta voidaan tunnistaa TME-geenit, joilla on merkittävä ennustearvo.
Opintotyyppi
Havainnollistava
Ilmoittautuminen (Odotettu)
48
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskeluyhteys
- Nimi: Raghavendra Lingaiah
- Puhelinnumero: +91-522-2494250
- Sähköposti: raghulingaiah@gmail.com
Tutki yhteystietojen varmuuskopiointi
- Nimi: Shalini Singh
- Sähköposti: shal_singh@yahoo.co.uk
Opiskelupaikat
-
-
Uttar Pradesh
-
Lucknow, Uttar Pradesh, Intia, 226014
- Rekrytointi
- Sanjay Gandhi Postgraduate Institute of Medical Sciences
-
Ottaa yhteyttä:
- Raghavendra Lingaiah
- Puhelinnumero: +91-522-2494250
- Sähköposti: raghulingaiah@gmail.com
-
Ottaa yhteyttä:
- Shalini Singh
- Sähköposti: shal_singh@yahoo.co.uk
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
18 vuotta - 80 vuotta (Aikuinen, Vanhempi Aikuinen)
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Ei käytössä
Sukupuolet, jotka voivat opiskella
Kaikki
Näytteenottomenetelmä
Ei-todennäköisyysnäyte
Tutkimusväestö
Koehenkilöt, joilla on diagnosoitu distaalinen mahalaukun adenokarsinooma SGPGIMS:ssä, rekrytoidaan tähän tutkimukseen
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Potilaat, joiden kasvain on peräisin mahalaukun distaalisesta osasta
- Potilaat, joille tehtiin täydellinen tai osittainen mahalaukun poisto biopsiatutkimuksen jälkeen
- Seurannan saatavuus sädehoito- tai gastroosastolla
- Valittujen tapausten FFPE-gastrektomianäytekudosten saatavuus histopatologiassa
Poissulkemiskriteerit:
- Potilaat, joiden kasvain on peräisin vatsan proksimaalisesta osasta
- Potilaat, joilla on käytettävissä vain biopsia
- Potilaat, joiden seurantaa ei ole saatavilla
- FFPE-kudosblokkien puuttuminen
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Potilaat, joilla on mahalaukun adenokarsinooma
Tässä tutkimuksessa otetaan huomioon potilaat, joiden kasvain on peräisin mahalaukun distaalisesta osasta ja joille tehtiin täydellinen tai osittainen gastrektomia biopsiatutkimuksen jälkeen.
|
Kasvaimen mikroympäristöön liittyvien transkriptomisten allekirjoitusten tutkiminen, joilla on merkittävä rooli mahalaukun adenokarsinoomapotilaiden ennusteessa
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Mahalaukun adenokarsinooman transkriptioprofiili
Aikaikkuna: Potilaiden rekrytointijakso 6 kuukaudesta 5 vuoteen
|
Syöpä- ja normaalikudoksen geeniekspressiotietojen hankkiminen RNA-sekvensoinnin avulla
|
Potilaiden rekrytointijakso 6 kuukaudesta 5 vuoteen
|
|
Differentiaalinen geeniekspressioanalyysi mahalaukun adenokarsinoomassa
Aikaikkuna: Potilaiden rekrytointijakso 6 kuukaudesta 5 vuoteen
|
Määrittää eri tavalla ilmentynyt geeni kasvaimen ja normaalikudoksen välillä geeniekspressiotietojen bioinformaattisen analyysin avulla
|
Potilaiden rekrytointijakso 6 kuukaudesta 5 vuoteen
|
|
Kasvaimen mikroympäristön vaikutus mahalaukun adenokarsinooman geeniekspressioprofiiliin
Aikaikkuna: Potilaiden rekrytointijakso 6 kuukaudesta 5 vuoteen
|
Tunnistaa kasvaimen mikroympäristöön liittyviä geenejä ja niiden toiminnallisia annotaatioita bioinformaattisten pakettien avulla
|
Potilaiden rekrytointijakso 6 kuukaudesta 5 vuoteen
|
|
Kasvaimen mikroympäristöön liittyvien geenien korrelaatio potilaan kliinisten ominaisuuksien kanssa
Aikaikkuna: Potilaiden rekrytointijakso 6 kuukaudesta 5 vuoteen
|
Korreloida differentiaalisesti ilmennettyyn kasvaimen mikroympäristöön liittyvää geeniä potilaiden lopputulokseen, jotta voidaan tunnistaa geenit, jotka liittyvät merkittävästi kokonaiseloonjäämiseen
|
Potilaiden rekrytointijakso 6 kuukaudesta 5 vuoteen
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Potilaan riskin kerrostuminen perustuu geeniekspression ja kokonaiseloonjäämisen väliseen korrelaatioon
Aikaikkuna: Potilaiden rekrytointijakso 6 kuukaudesta 5 vuoteen
|
Potilaiden kerrostaminen mahalaukun adenokarsinoomapotilaiden kokonaiseloonjäämiseen liittyvien geenien allekirjoitusten perusteella
|
Potilaiden rekrytointijakso 6 kuukaudesta 5 vuoteen
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Tutkijat
- Päätutkija: Raghavendra Lingaiah, SGPGIMS
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Tutkimusta koskevien tietojen syöttämisestä vastaava henkilö toimittaa nämä julkaisut vapaaehtoisesti. Nämä voivat koskea mitä tahansa tutkimukseen liittyvää.
Yleiset julkaisut
- Ahn B, Chae YS, Kim CH, Lee Y, Lee JH, Kim JY. Tumor microenvironmental factors have prognostic significances in advanced gastric cancer. APMIS. 2018 Oct;126(10):814-821. doi: 10.1111/apm.12889.
- Zhang S, Zeng Z, Liu Y, Huang J, Long J, Wang Y, Peng X, Hu Z, Ouyang Y. Prognostic landscape of tumor-infiltrating immune cells and immune-related genes in the tumor microenvironment of gastric cancer. Aging (Albany NY). 2020 Sep 23;12(18):17958-17975. doi: 10.18632/aging.103519. Epub 2020 Sep 23.
- Qiu XT, Song YC, Liu J, Wang ZM, Niu X, He J. Identification of an immune-related gene-based signature to predict prognosis of patients with gastric cancer. World J Gastrointest Oncol. 2020 Aug 15;12(8):857-876. doi: 10.4251/wjgo.v12.i8.857.
- Ren N, Liang B, Li Y. Identification of prognosis-related genes in the tumor microenvironment of stomach adenocarcinoma by TCGA and GEO datasets. Biosci Rep. 2020 Oct 30;40(10):BSR20200980. doi: 10.1042/BSR20200980.
- Cai WY, Dong ZN, Fu XT, Lin LY, Wang L, Ye GD, Luo QC, Chen YC. Identification of a Tumor Microenvironment-relevant Gene set-based Prognostic Signature and Related Therapy Targets in Gastric Cancer. Theranostics. 2020 Jul 9;10(19):8633-8647. doi: 10.7150/thno.47938. eCollection 2020.
- Li T, Gao X, Han L, Yu J, Li H. Identification of hub genes with prognostic values in gastric cancer by bioinformatics analysis. World J Surg Oncol. 2018 Jun 19;16(1):114. doi: 10.1186/s12957-018-1409-3.
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Perjantai 6. elokuuta 2021
Ensisijainen valmistuminen (Odotettu)
Sunnuntai 6. huhtikuuta 2025
Opintojen valmistuminen (Odotettu)
Maanantai 6. lokakuuta 2025
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Torstai 31. maaliskuuta 2022
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Torstai 31. maaliskuuta 2022
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Perjantai 8. huhtikuuta 2022
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Perjantai 15. huhtikuuta 2022
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Perjantai 8. huhtikuuta 2022
Viimeksi vahvistettu
Perjantai 1. huhtikuuta 2022
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- 2021-240-PhD-EXP-42
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
EI
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Ei
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Ei
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .