Transcriptomische handtekeningen bij adenocarcinoom van de maag (GAC)

Dit onderzoek naar adenocarcinoom van de maag is zowel retrospectief als prospectief en zal worden uitgevoerd bij SGPGIMS, Lucknow, India. Patiënten die een maagresectie ondergaan op de afdeling chirurgische gastro-enterologie en bij wie op basis van de endoscopische biopsie op de afdeling pathologie de diagnose GAC wordt gesteld, worden geworven voor de studie. Voor het retrospectieve deel van de studie zullen gevallen worden geselecteerd op basis van histologische bevindingen uit het ziekenhuisinformatiesysteem en patiëntendossiers.

Voor monsterafname worden chirurgisch gereseceerde verse monsters verzameld in RNAlater en bewaard bij -80⁰C. Gearchiveerde in formaline gefixeerde, in paraffine ingebedde (FFPE) weefselblokken voor retrospectieve gevallen zullen worden opgehaald en histopathologisch beoordeeld. Na een bevestigde diagnose van GAC, zullen weefsels worden verwerkt om tumor- en normaal weefsel te verkrijgen voor het experimentele deel.

RNA uit de tumor en het normale gebied zal worden geëxtraheerd uit FFPE-blokken en verse weefselmonsters. Volledige transcriptomische sequencing van de volgende generatie zal worden uitgevoerd na een succesvolle kwaliteitscontrole, bibliotheekvoorbereiding en amplificatie. De genexpressiegegevens verkregen uit sequencing zullen bioinformatisch worden geanalyseerd om differentiële genexpressie tussen tumor en aangrenzend normaal weefsel in relatie tot TME op te helderen. De significant differentieel tot expressie gebrachte genen tussen de tumor en normale gebieden zullen worden geannoteerd en geïdentificeerd met behulp van bioinformatische pakketten voor genannotatie. Met behulp van statistische analyse zullen de differentieel tot expressie gebrachte genen worden gecorreleerd met de klinische kenmerken en uitkomst van de patiënt om TME-genen met significante prognostische waarde te identificeren.